会社譲渡の税金まとめ！株式譲渡と事業譲渡どちらが節税対策になる？

会社譲渡とは、「株式譲渡」のことです。会社譲渡企業の株主が第三者に株式譲渡をすることで、経営権を譲受側に引き渡します。中小企業の場合、オーナー経営者が全株式を保有しているケースが多く、譲受側は全株式取得が可能です。

株式譲渡では、対価は現金と決まっています。合併などのように、対価に株式は用いられません。

会社譲渡（株式譲渡）では株主が変わるだけなので、会社名や会社の保有する債権債務、取引先契約や許認可などの資産は全て包括承継されます。対外的に目に見える部分の変化は、ほとんどありません。

事業譲渡は、売り手企業の事業とそれに関連する資産、権利義務を選別して売買するM&A取引です。譲渡対象を選別できるので、特定承継とも呼ばれます。

仮に売り手が全事業を売却したとしても、会社の経営権（株式）は譲渡対象にならないので、法人格はそのまま売り手の手元に残るのが特徴です。

会社譲渡（株式譲渡）の場合、譲渡側に税金が発生します。譲渡側は、個人の場合と法人の場合があり、それぞれ異なる課税内容です。個人の場合は所得税と住民税、法人の場合は法人税が発生します。

所得税は、会社譲渡をする側が個人の場合にかかります。会社譲渡の所得税は株式を売却したときに得た譲渡所得（＝利益分）に対して課税され、株式売却額から取得代金とM&A手数料などを引いたものが譲渡所得です。

• 譲渡所得=株式譲渡額－（株式取得代金+M&A手数料）

住民税も所得税と同様で、会社譲渡側が個人の場合にかかる税金です。住民税は、譲渡所得に対し税率5%となっています。

法人税は、会社譲渡の株主が法人の場合にのみ課税される税金です。法人税とひと言でくくられていますが、実際には法人税、法人住民税、法人事業税、地方法人税、特別法人事業税を合わせて法人税と呼んでいます。それら4種の法人税を合わせた実効税率は、2023（令和5）年9月現在、約31%です。

法人の株式譲渡益（法人の場合は譲渡所得と言わない）の計算方法は、個人の場合と変わりません。ただし、法人税は、株式譲渡益への分離課税ではなく、他の損益と通算した利益額に課税されます。仮に損金額の方が大きく決算が赤字であれば、その年度は課税を受けません。

実際に会社譲渡したときにかかる税金の計算例は、以下のとおりです。会社譲渡の際に、どの程度の税金がかかりどの程度、手元に残るのか、会社譲渡額が2億5,000万円という前提条件で計算しています。

【会社譲渡側が個人の場合】

まず、株式譲渡は譲渡側が個人の場合と法人の場合がありますが、事業譲渡は譲渡側は法人です。法人の場合、株式譲渡でも事業譲渡でも課税内容は同じ（＝法人税）で税率も変わりません。

単純比較ができる問題ではありませんが、税率だけを比較するならば、個人が株式譲渡するケースが一番、税率が低いのは、前章の計算例でも明らかです。

会社譲渡（株式譲渡）にかかる税金の概要を理解したところで、節税対策を解説します。節税は度を過ぎてしまうと脱税となるため、一般的な税金対策の方法を活用しましょう。

退職金による会社譲渡（株式譲渡）の節税対策とは、譲渡金額の一部をあえて退職金として受け取ることで、形式上は本来より安い譲渡金額に退職金が上乗せされることになり、譲渡額が上がるわけではありません。

会社譲渡所得と退職金にかかる税金はそれぞれ別に計算されるので、一定以上の金額で退職金を受け取ると節税効果が生まれます。ただし、退職金にかかる税金も所得税や住民税なので退職金を大きくしてしまうと、逆に税金を多く支払う可能性もあるので注意が必要です。

第三者割当増資は、株主であるかどうかにかかわらず、特定の第三者に新株を受けられる権利を与えて増資をすることです。新株を交付して増資することで、税金をかけずに持ち株比率を下げて経営権を引き渡せます。

会社分割は、会社の一部あるいは全事業を切り離し他の会社に引き渡すM&A手法です。会社を売却するときに、買収側が必要としない資産が含まれることもあります。例を挙げると、社宅の土地や社長の車など、オーナー経営者のもので会社名義のものです。

買収側にはほとんど使い道がないといえます。そこで、会社分割を併用すれば、これらの資産を他のグループ会社へ移すことが可能です。オーナー経営者は必要な資産を保有でき、買収側も要らない資産を買収せずにすみます。

ここでは、発行会社に株式譲渡を行う際の税金について見ていきましょう。

個人・法人が持つ株式を、株式の発行会社に売却する取引は、発行会社にとって自己株式の取得です。支払われる対価は、利益剰余金を原資とするので税務上配当（みなし配当）として扱われます。

みなし配当は、簡単にいうと、会社から株主が配当金を受け取っていないのに、受け取ったとみなされて課税されることです。

みなし配当は、受取配当金として営業外利益に計上されます。しかし、税務では、一定金額を所得から引くことが可能です。発行会社側で配当金から徴収された源泉所得税額は、法人税額から控除できます。

個人が株式を発行法人に売却しても、みなし配当です。所得税法で、みなし配当は配当所得に区分され、総合課税として確定申告しなければなりません。確定申告で、所得税から一定額が控除を受けられます。

ただし、株式を発行会社以外に売却するときの譲渡所得（分離課税）とは違うことを知っておきましょう。

事業譲渡は会社譲渡（株式譲渡）とは違い、会社を残したうえで一部の事業のみを譲渡します。事業譲渡によってかかる主な税金は2種類あり、法人税と消費税です。買収側には、不動産取得税、登録免許税が発生する場合もあります。

事業譲渡では、譲渡側に法人税（法人税、法人住民税、法人事業税、地方法人税、特別法人事業税）が課されます。課税内容は、会社譲渡の場合と同様です。実効税率約31%（2023年9月現在）も変わりません。

事業譲渡の譲渡対象に消費税課税資産が含まれている場合、買収側に消費税が発生します。買収対価の支払い時に消費税分を加算して譲渡側に渡し、納付は譲渡側が行う決まりです。具体的な消費税課税資産は、以下のようなものがあります。

• 土地以外の有形固定資産
• ソフトウェア
• 商標
• 特許権
• 意匠権
• 棚卸資産
• のれん

• 土地
• 有価証券
• 売掛金、貸付金などの債権

不動産の売買を実施した際、一定要件のもとで不動産の購入者に課される税金が、不動産取得税です。事業譲渡では、不動産が譲渡対象になることもありますから、その場合は、固定資産税評価額の4%の税率で不動産取得税が発生します。

事業譲渡で不動産を取得した場合、登記の書き換えを行う必要が生じます。その際に発生するのが登録免許税です。登録免許税は、固定資産税評価額の2％の税率となっています。

ここでは、事業譲渡を実施する際に可能な節税対策を考えます。譲渡側・譲受側に分けて見てみましょう。

事業譲渡で譲渡側に課される税金は法人税です。法人税は、年度内の損益を通算した利益分に課される税金ですから、利益額を減らせばそれだけ課税額が減りますし、赤字決算であれば課税自体を受けません。そこで取り得る節税対策としては、以下のようなものがあります。

• 多額の特別損失を計上する
• 大規模な設備投資などを実施し支出を増やす
• 譲渡価額を譲渡資産の簿価と同額程度にして事業譲渡益自体をゼロにする

事業譲渡で譲受側に発生する税金は消費税です。譲受対象に消費税課税資産があれば消費税は必ず発生しますので、消費税に対する節税対策は難しいでしょう。消費税課税資産とは、土地以外の有形固定資産、ソフトウェア、商標、特許権、意匠権、棚卸資産、のれんなどです。

この中で着目したいのが、のれんになります。のれんは、減価償却の対象となるので、最大20年間（実際には5年程度が多い）にわたって、均等償却ができるため、その間、節税効果を得られるでしょう。

会社譲渡における税金や節税方法を解説しました。数%とはいえ、会社譲渡の場合は数百万円の差が生まれることもあります。節税などに関することは専門家に相談しましょう。ここでは、会社譲渡（株式譲渡）・事業譲渡などの税金に詳しいM&A仲介会社を紹介します。

中小企業のM&Aに数多く携わっているM&A総合研究所では、税務はもちろんのこと、M&Aの経験や知識が豊富なM&Aアドバイザーが案件をフルサポートします。

M&A総合研究所の料金体系は、成約するまで完全無料の「完全成功報酬制」です（※譲渡企業様のみ。譲受企業様は中間金がかかります）。随時、無料相談を受け付けていますので、会社譲渡をご検討の際は、どうぞお気軽にお問い合わせください。

会社譲渡にかかる税金は、手法などにより100万円以上の差が生まれることもあり、しっかり理解して会社譲渡をどのように行うのか考えなければなりません。

税率だけを見れば、事業譲渡よりも個人の会社譲渡（株式譲渡）の方が低いでしょう。しかし、会社譲渡を行って全て引き渡すのか、会社を残して事業の一部を引き渡すのかは、金銭以外の要素も関係するので、一概に会社譲渡を選択した方がよいとは言い切れません。

できるだけお金を手元に残したいのであれば税金に注意して、会社譲渡をするべきか事業譲渡をするべきか専門家に相談しましょう。