株式譲渡にかかる税金と費用の完全ガイド｜計算方法や節税の注意点を解説

株式譲渡は比較的手続きが簡単なM&A手法の1つで、大企業だけでなく中小企業の事業承継などでも多く利用されます。しかし、株式譲渡を行う際はさまざまな費用や手数料がかかるので、正しく理解しておくことが重要です。

もしも株式譲渡の費用・手数料を間違えて計算してしまうと、税金を必要以上に納税することになるほか、将来的に追徴課税されるおそれもあります。

株式譲渡の税金の計算方法は複雑なので、費用・手数料を正しく計算することはなおさら重要です。

株式譲渡とは、譲渡企業の株主が保有する株式を買い手企業へ譲渡することで、経営権を移転させるM&A手法です。現在、日本国内で行われる中小企業のM&Aにおいて、最もスタンダードな選択肢として定着しています。

資産や契約を個別に移転させる「事業譲渡」と比較して、株式譲渡は手続きが非常に簡便であり、成約までの期間を短縮できる点が大きなメリットです。特に経営資源の承継が急務となる2026年現在の事業承継シーンでは、このスピード感が重視されています。

株主が限定的な中小企業であれば、最短数週間での実行も珍しくありません。また、法人格そのものが引き継がれるため、許認可の再取得や従業員との個別契約の巻き直しといった煩雑な事務作業を最小限に抑えられます。税務面においても、個人株主が売却する場合、株式譲渡の税金は事業譲渡で発生する法人税等と比較して、手残りの資金を多く確保しやすい構造となっています。
 

株式譲渡については、以下の記事でも詳しく紹介しています。ぜひご一読ください。

株式譲渡によって得た譲渡益に対する税金は、譲渡価額から費用・手数料を引いた額に課せられます。株式譲渡を行うときは、費用と手数料がいくらかかるかを把握しておかなくてはなりません。

株式譲渡の費用・手数料には、証券会社の手数料など譲渡に際してかかったあらゆる費用が含まれます。ただし、M&A仲介会社などへの相談料や譲渡企業のデューデリジェンス費用は、費用・手数料に含める場合と含まない場合があるので注意が必要です。

株式譲渡の際の通信費や名義書換料など、少額なので費用・手数料に含めなくてもよいものもあります。

株式譲渡の費用・手数料として主なものは、M&A仲介会社などの専門家への相談費用と株式譲渡にかかる税金です。

株式譲渡の手続きでかかったお金は基本的に全て費用・手数料に含まれますが、まずは最も主要な費用・手数料となる、相談費用と税金を理解しておきましょう。

この章では、株式譲渡の際の相談先として考えられる、M&A仲介会社・弁護士・会計士・税理士の相談費用および譲渡所得の税金と株式を集約する際の税金を解説します。

株式譲渡は株主数の少ない中小企業であれば自身で行うことも不可能ではありませんが、トラブルを避けるためにも株式譲渡に詳しい専門家に相談するほうが無難です。

専門家に相談すると相談料などの費用・手数料がかかりますが、これら費用は株式の取得費用に組み込めることもあるので、どれくらいかかるかを把握しておくことが重要です。

株式譲渡の相談先としては、M&A仲介会社・弁護士・税理士・会計士などが考えられます。この章では、専門家へ株式譲渡の相談をしたときの費用・手数料を解説します。

M&A仲介会社は、譲渡希望者と譲受希望者の間に立って中立的に成約を支援する専門機関です。株式譲渡を検討する際の有力な相談先ですが、2026年現在は仲介会社の増加に伴い、料金体系の多様化と透明性が一段と進んでいます。

一般的な料金構造は、業務開始時の「着手金」、基本合意時点の「中間報酬」、最終成約時の「成功報酬」で構成されます。最近では、売り手の負担を軽減するために着手金や中間金を無料とする「完全成功報酬制」を採用する会社も増えていますが、一方で月額のリテイナーフィー（顧問料）が発生するケースもあります。

また、成功報酬の算出には「レーマン方式」が用いられることが一般的ですが、算出の基礎となる資産の範囲（移動総資産ベースか、株式価値ベースか）によって最終的な支払額が大きく変動します。後々のトラブルを避けるためにも、契約締結前にシミュレーションを依頼し、実質的なコストを明確にしておくことが不可欠です。

弁護士事務所で必ずしも株式譲渡を取り扱ってくれるとは限りませんが、中には株式譲渡やM&Aに強い事務所もあります。もしも相談したいと思えるM&A仲介会社が見つからない場合は、株式譲渡に詳しい弁護士がいる弁護士事務所に相談するのもよいでしょう。

弁護士事務所に株式譲渡を依頼したときの費用・手数料は、事務所によって個別に設定されていることが多いです。

M&A仲介会社では着手金・中間金・成功報酬といった大まかな枠組みがありますが、弁護士事務所での株式譲渡の費用は個々の事例によって応相談となります。弁護士事務所に株式譲渡を依頼するときは、最初の相談で費用・手数料を詳しく聞いておくことが大切です。

税理士事務所や公認会計士事務所にも、株式譲渡を得意にしているところがあります。もしも株式譲渡が得意な税理士・会計士を知っているなら、そこに相談するのもよい選択肢です。

税理士や会計士に株式譲渡の相談をした場合の費用・手数料は、各事務所が設定している料金体系に従います。税理士や会計士に株式譲渡の相談をするときは、まず料金体系を確認しておくことが重要です。

税理士事務所や公認会計士事務所では株式譲渡の料金を独立して設定しているところは少ないので、相続税申告・贈与税申告といった譲渡の形態によって費用・手数料を決めていくことになるのが一般的です。

ここでは、株式譲渡にかかる税金として、譲渡所得の税金と複数の株主から株式を集約する際の税金を解説します。

• 譲渡所得の税金
• 株式を集約する際の税金

株式譲渡による所得は、譲渡価額から「取得費」と「譲渡費用（仲介手数料など）」を差し引いて計算します。2026年現在の税制においても、他の所得と合算せず分離して計算する申告分離課税が適用されます。

特筆すべきは、取得費が不明な場合の扱いです。先代から引き継いだ株式などで取得価額が証明できない場合、譲渡価額の5％を取得費とする「概算取得費」の適用が可能ですが、現在の高値圏にある株価水準では、実際の取得費よりも著しく低くなるため、株式譲渡の税金負担が重くなる傾向にあります。

税率は所得税15.315％（復興特別所得税含む）と住民税5％の合計20.315％です。2025年以降のデジタル化推進により、確定申告はe-Taxによるオンライン申請が標準となっており、納税手続きもダイレクト納付やクレジットカード納付などのキャッシュレス決済が一般的です。所得税は譲渡翌年の3月15日までに申告・納付し、住民税は例年6月以降に通知されます。
 

中小企業では経営者が株式のほとんどを保有していることも多いですが、中には親族やその他の関係者に分散している会社もあります。その場合、株式譲渡を行う前にまず株式を集約しなければなりません。

集約する際は株主が時価で譲渡して所得税と住民税を払うことになりますが、相続したり贈与したりした場合は相続税や贈与税が適用されます。

現在は株式を額面で買い取ることはほぼありませんが、もしも額面で買い取った場合は実際の価格（時価）と大きく差が出ることも想定されます。その場合は差額が贈与とみなされ、贈与税がかかる可能性もあるので注意が必要です。

株式譲渡の税金を最適化し、手残りのキャッシュを最大化するためには、事前のプランニングが欠かせません。現在の市場環境で特に注目されている3つの視点を紹介します。

株式譲渡の前に「株式交換」や「会社分割」といった組織再編を行うことで、税負担を繰り延べたり、事業部門を整理して譲渡価値を高めたりすることが可能です。適格要件を満たせば課税を回避できるため、グループ企業を持つ経営者にとって不可欠な検討事項となっています。
 

譲渡企業の役員として退職する場合、株式の譲渡対価の一部を「役員退職金」として受け取る手法が広く活用されています。退職所得には「退職所得控除」があり、さらに他の所得と分離して課税されるため、株式譲渡所得として全額受け取るよりも、トータルの税負担を軽減できる効果があります。
 

2024年3月末に特例承継計画の提出期限を終えた「事業承継税制の特例措置」ですが、2026年現在は、すでに認定を受けた企業が「贈与・相続」から「その後の株式譲渡」へ移行する際の税務処理が重要局面を迎えています。譲渡によって納税猶予が打ち切りになるリスクを精査し、実行タイミングを見極める必要があります。

この章では、株式譲渡の譲渡益に関する注意点を解説します。

1. 譲渡益は申告分離課税
2. 上場株式等と一般株式等
3. 取得費の扱い

株式譲渡の譲渡益の税金は申告分離課税です。申告分離課税とは、他の所得と合算せずに譲渡益を個別に計算して税額を算出する制度です。

これに対して、給与所得や事業所得などは、すべての所得を合計して税額を算出する総合課税が適用されます。「申告」とは、確定申告で納税することで、これに対して源泉徴収で納税する分離課税を源泉分離課税といいます。

申告分離課税が適用される所得は、株式譲渡の譲渡益以外に土地建物の譲渡益や山林所得、先物取引の所得などです。このような所得は一時的に大きな額になることがあるため、総合課税では税金が高額になる可能性があり、それを避けるために株式譲渡の譲渡益などには分離課税が適用されています。

上場株式等とは、上場株式に加えJ-REIT（上場不動産投資信託）・上場新株予約権付社債・公募株式投資信託の受益権などを含めたものです。対して、一般株式等とは、非上場株式や私募株式投資信託の受益権など、上場株式等に当てはまらない株式等をさします。

税務上、株式は「上場株式等」と「一般株式等（非上場株式など）」に区分されます。2026年現在、両者の税率は一律20.315％ですが、依然として両者間での損益通算は認められていません。

つまり、オーナー経営者が自身の非上場株式を売却して損失が出たとしても、保有している上場株式の配当金や売却益と相殺して税金を減らすことはできない仕組みです。M&Aを伴う株式譲渡の税金を計算する際は、この区分を明確に分け、一般株式等の枠組みの中で利益と費用を精査する必要があります。

株式譲渡の譲渡益を計算するときは、取得費を正しく把握しておくことが重要です。取得費があいまいだと、少なく見積もりすぎて税金を不要に多く支払ってしまったり、逆に納税額が足りずに後で追徴されてしまったりする可能性があります。

株式譲渡における取得費とは、その株式を買い入れた際の購入代金のほか、購入時に支払った委託手数料、さらには名義書換料などの付随費用を含めた合計額を指します。株式譲渡の税金を算出する際、この取得費が大きければ大きいほど、課税対象となる譲渡益を圧縮できるため、正確な把握が求められます。

特に2026年現在では、過去の証券会社とのやり取りや銀行振込明細のデジタルデータもエビデンスとして重視されるようになっています。また、相続や遺贈によって取得した株式の場合は、原則として「前所有者の取得価額」を引き継ぐことになります。相続時に支払った相続税の一部を取得費に加算できる「相続税額の取得費加算の特例」の適用期限など、時制に合わせた判断が必要です。


そこで本章では、それぞれのケースについて株式譲渡の取得費がどのようになるか解説します。

• 相続・遺贈・贈与での取得
• 特定譲渡制限付株式などを取得した場合
• 新株予約権などで取得した株式
• 無料で取得した株式
• その他で取得した株式
• 複数回に渡り取得した場合
• 概算取得費について
• 調査費用について
• 取得費の価額調整

現金や不動産などと同様に、株式も保有者が死亡した際は子供などの親族に相続されます。自分は株式を持っていないから関係ないと思っていても、相続などの思わぬ形で保有する可能性もあります。

遺贈とは、遺言によって遺言者が指定した人に財産を譲ることです。遺贈を利用すれば、例えば遺言者に子供がいたとしても、その子供以外の孫や親族などに株式を譲ることが可能です。

株式は生前贈与などを利用して、子供などに贈与もできます。株式の生前贈与は、相続税対策としても有効です。

相続・遺贈・贈与で株式を取得した場合、亡くなった親や親族がその株式を購入したときの価格が取得費用となります。相続した時点での時価ではないので注意しましょう。

近年は従業員や役員に給与や賞与として現金ではなく株式を支給する「株式報酬制度」を導入する会社が増えています。特定譲渡制限付株式は、こういった株式報酬として従業員や役員に渡される報酬の1つで、一定期間売却できない制限がついた株式です。

株式報酬制度といえばこれまで株式交付信託やストックオプションが主流でしたが、法改正で特定譲渡制限付株式が利用しやすくなったことを受けて、現在は特定譲渡制限付株式を導入する会社のほうが多くなっています。

上場企業に勤めている人は、今後自分が働いている会社にも導入される可能性があるので、取得費を知っておくことが重要です。特定譲渡制限付株式などの取得費は、譲渡制限が解除された日の価額が取得費です。

新株予約権はストックオプションとも呼ばれ、特定譲渡制限付株式と同様に株式報酬としても利用されています。

新株予約権とは、あらかじめ決められた価格（権利行使価格）で株式を購入できる権利のことです。例えば、権利行使価格が1,000円だった場合、株価が1,500円のときに権利を行使すれば差額の500円が利益です。

新株予約権で取得した株式は、権利を行使した日の価額が取得費となります。発行法人の株主等として与えられた新たな払い込みや給付をしないで取得した新株予約権は、取得費がゼロです。

新たな払い込みや給付をしないで取得した株式の取得費は、ゼロです。

上記で解説した4つの方法以外で取得した株式は、取得した時点でその株式を取得するために通常要する価額を取得費とすると定められています。

通常要する価額がいくらになるかはっきりしない場合は、M&A仲介会社や会計士・税理士などの専門家に相談しましょう。

上場株式の価格は随時変化するので、時間を開けて取得した場合、自分が保有している株式の取得価額がばらばらになることがあります。

複数回に渡り取得した株式の取得費は「総平均法に準ずる方法」で計算すると定められており、例えばある株式を1,000円で1株購入し、後日1,100円で1株購入した場合は、平均の1,050円が1株あたりの取得費です。

国税庁の公式サイトに掲載されている正確な計算式は以下のとおりです。

【複数回に渡り取得した場合の取得費の計算方法（総平均法に準ずる方法）】

• （A＋B）÷（C＋D）＝1単位あたりの金額

古くから保有している株式の場合、あらゆる手を尽くしても取得価額がわからないことがあります。その場合は、売却額の5%を取得費用とできる概算取得費と呼ばれる制度を利用できます。

ただし、概算取得費を適用すると売却額の95%が課税対象です。株式の取得費用はほとんどの場合売却額の5%以上あるはずなので、概算取得費を適用すると多くの場合で損になります。

実際の取得費用が売却額の5%未満だった場合は、概算取得費を適用して節税もできます。

M&Aによる法人から法人への株式譲渡の場合、株式を購入する側の会社が株式を売却する側の会社を調査する「デューデリジェンス」を行います。

デューデリジェンスの費用は高額になることもあり、これを取得費に含められるかどうかは重要です。このような調査費用は、株式を購入する意思決定後に行われた場合のみ取得費に含められます。

一方で意思決定をする前、つまり株式を購入すべきかどうか決定するために行われた調査費用は、取得費に含められません。

どの時点で意思決定したかが重要ですが、通常は取締役会で決議したときを意思決定の日時とします。調査費用を取得費に含める場合は、取締役会の議事録などを保存しておく必要があります。

取得費の計算にあたり、通常であれば「1株の価額×株数」で算出します。しかし、下記のいずれかに該当する場合は、1株の価額が調整され、取得費が通常の計算式で算出された金額とは異なる場合があります。

• 同一種類の株式を株主割当てによって取得した
• 株式などの分割または併合が行われた
• 株式分配によって完全子法人の株式などを取得した（平成29年4月以後に行われるもの）
• 課税の繰延の対象となる分割型分割によって分割承継会社の株式などを取得した
• 課税の繰延の対象となる合併によって合併会社の株式などを取得した
• 課税の繰延の対象となる株式交換によって株式交換完全親会社の株式などを取得した
• 課税の繰延の対象となる株式移転によって株式移転完全親会社の株式などを取得した

どれほどの調整となるかはケースによって異なるため、上記に該当する場合は専門家に相談しましょう。

株式譲渡における譲渡所得の計算方法は、株式を譲渡して得た金額（譲渡価額）から、取得費や委託手数料などの必要経費を引いた金額です。上場株式等・一般株式どちらの場合でも計算式は同じです。

計算式自体は簡単ですが、譲渡価額や取得費がいくらになるかは事例によってわかりにくいこともあるので注意しましょう。

国税庁の公式サイトに掲載されている、正確な計算式は以下のとおりです。

• 総収入金額（譲渡価額）−必要経費（取得費＋委託手数料等）

株式譲渡を行う際は、以下のポイントを押さえておきましょう。

1. 税金のことも考えて計画する
2. 専門家に相談する際は費用や手数料をチェックする
3. 株式が分散している際は集約しておく

株式譲渡は会社を売却して資金を得る手段として有用ですが、後で税金を引かれることを考慮したうえで、最終的に得られる資金がいくらになるか計画しておく必要があります。

税金が思った以上にかかったせいで、予定していた金額が手に入らない事態は避けなければなりません。株式譲渡では、株主が個人の場合は所得税、法人の場合は法人税と種類が変わってきますし、譲渡価額や取得費がわかりにくいケースもあります。

株主が経営者1人の零細企業なら個人で手続きすることも可能かもしれませんが、基本的にはM&A仲介会社や会計士・税理士などの専門家のサポートを得ながら進めていく必要があります。

株式譲渡ではほとんどの場合、M&A仲介会社や会計士・税理士・弁護士などの専門家に相談することになりますが、その際に費用・手数料がいくらかかるかはきちんとチェックしておく必要があります。

M&A仲介会社では着手金・中間金・成功報酬などを設定していることが多いので、どの時点で料金が発生するか理解しておかないと、後でトラブルになるおそれがあります。

着手金や中間金は最終的に成約に至らなくても返金されないので、無駄になってしまう可能性があることを計算に入れておきましょう。

M&A仲介会社の成功報酬としてよく採用されている「レーマン方式」と呼ばれる料金体系は、初めて見る人にとっては若干わかりにくいことがあります。最初に相談する時点で、納得がいくまで料金体系について質問しておきましょう。

会計士・税理士・弁護士事務所では、月額報酬を設定しているところもあります。手続きが長引くほど料金がかかるので、最終的に思わぬ金額にまで膨らむこともあります。

零細企業では株主が経営者とその家族だけのケースも多いですが、少し規模の大きい会社だと株主が複数に分散していることも少なくありません。

株式譲渡を行う際は、まず分散している株式を集約しておくことが重要です。特に株式の譲渡に反対する株主がいる場合は、慎重に交渉を進めていく必要があります。

株主に反対されたり所在がわからなかったりして、どうしても株式の集約ができない場合は、スクイーズアウトと呼ばれる手法で少数株主を排除することもあります。

スクイーズアウトとは株主の同意を得ずに株式を集約する手法のことで、特別支配株主の株式等売渡請求制度や株式併合などが利用されることが多いでしょう。

株式譲渡による税金の支払い方法ですが、所得税と復興特別所得税は確定申告をして税務署で支払いをします。期限は確定申告書の提出期限と同じ3月15日で、当日が土日祝日の場合は翌日です。

納付方法は、税務署で直接現金納付するほか口座振替・クレジットカード払い・コンビニ払いなどが利用可能です。

住民税は各市町村が税額を計算し、6月頃に納付通知が郵送されますが、個人で納付する普通徴収と勤めている会社の給料から天引きされる特別徴収があります。

普通徴収は数回に分けて納付し、特別徴収は12カ月分に分けて納付します。納付方法は市町村によって異なることもあるので、各自治体に問い合わせるなどして確認しておきましょう。

株式譲渡を検討中の場合は、ぜひM&A総合研究所へご相談ください。M&A総合研究所は、中堅・中小企業のM&Aを主に取り扱っており、株式譲渡の知識と経験が豊富なM&Aアドバイザーによるフルサポートを提供しています。

料金体系は完全成功報酬制（※譲渡企業様のみ。譲受企業様は中間金がかかります）で、着手金は譲渡企業様・譲受企業様とも完全無料です。相談も無料ですので、株式譲渡をお考えの場合はぜひM&A総合研究所へお問い合わせください。

本記事では、株式譲渡の費用や手数料を解説しました。株式譲渡は譲渡所得や税金の計算がわかりにくいことがあるので、M&A仲介会社など専門家のサポートを受けつつ、スムーズに手続きを進めましょう。