M&Aにおける株式譲渡と消費税の関係｜課税売上割合への影響と注意点

今回は、「株式譲渡・有価証券売却」と「消費税」の関係性を解説します。株式譲渡や有価証券売却をした際に消費税は発生するのか、消費税計算に与える影響はあるのかなどがテーマです。この章では、株式・有価証券の消費税などについて見ていきましょう。

まず、「株式・有価証券」とは何かを解説します。「株式」とは、企業が資金調達のために発行する有価証券であり、株主は企業の所有権の一部を保有することになります。2025年以降も、株式市場の動向は企業の資金調達に大きな影響を与えると予想されます。

企業は株式を発行し、個人や企業に購入してもらいます。個人・企業が株式を購入するために支払ったお金は、その株式を発行している企業の資金となるでしょう。

「有価証券」とは、財産的価値を持つ証券のことで「債券・手形・小切手」などをさします。「有価証券」の中には「株式」も含まれ、「株式」を保有している個人・法人の称号が「株主」です。

「株式譲渡」とはM&A手法の一つです。譲渡側企業の株主が保有する株式を第三者に譲渡することで、企業の経営権を移転することです。株式譲渡を実施すれば、譲渡側の株主（個人・経営者）は、株式の売却金額を取得できます。

「有価証券売却」とは、文字どおり「債券・株式・手形・小切手」などの有価証券を売却することです。有価証券を売却したことで得られた利益のことを「有価証券売却益」と呼びます。

M&A手法の一つに「事業譲渡」があります。事業譲渡は「株式譲渡」と文字が似ているため、混同されている方もいますが、両者は違うものです。

「事業譲渡」は、会社が持つ一部または全部の事業を譲渡することであり、株式譲渡と事業譲渡は「譲渡対象」が違います。株式譲渡は「株式」を譲渡するのに対し、事業譲渡は「事業（および事業にかかわる資産・人材・技術・取引先など）」を譲渡することです。

株式譲渡と事業譲渡における違いの一つが「税金」です。株式譲渡と事業譲渡では、発生する税金の種類が異なります。株式譲渡・事業譲渡それぞれにかかる税金は以下のとおりです。

事業譲渡を実施し、事業を売却・譲渡した場合は「法人税」が課せられます。これは、事業譲渡の売却代金を受け取るのが「譲渡側の企業」であるためです。

一方、M&Aスキームとして、株主が保有している株式を譲受側・買収側企業に売却・譲渡することで「株式譲渡」が実施された場合は、株主である個人にとって「株式売却益」を獲得できるため、「所得税」が発生します。

注目するべきことは、当記事のメインテーマでもある「株式譲渡・有価証券売却」と「消費税」の関係です。M&Aスキームにおいて、「消費税」が発生するのは「事業譲渡」が行われた場合です。「株式譲渡・有価証券売却」では「消費税」が発生しません。

「株式譲渡」であれ「事業譲渡」であれM&Aを検討されている場合は、自社内だけの検討に留めずM&Aの専門家に相談しましょう。

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無料相談を受け付けていますので、M&Aをご検討の際は、どうぞお気軽にお問い合わせください。

ここで「消費税」について確認しましょう。消費税とは消費に対して課せられる税金です。消費者が負担し、事業者が納税義務を負います。2024年10月1日より、インボイス制度が導入され、適格請求書発行事業者の登録が必要となりました。

消費者から支払われた消費税は、一度「事業者」が預かります。その後、事業者は消費税納付額の計算を行い、決定した消費税額を納付するのが規定です。

ちなみに、事業者の納付消費税額は、「消費者からすでに預かっている消費税額－すでに事業者が支払っている消費税（仕入れや経費支払いの際に発生）」で計算できます。

M&A手法の一つである「株式譲渡」では、消費税が発生しません。株式譲渡は株主である個人が株式売却金額を取得するため、「所得税」が発生します。

「有価証券売却」も、消費税は発生しません。「株式・債券・手形・小切手」などは「消費財」ではありません。有価証券の売却は「資本の移転」とみなされるため、消費税の対象とはならないでしょう。

納付すべき消費税を計算する場合、まず事業者が行った取引を3種類に分類します。その3種類とは、それぞれ「課税取引」「非課税取引」「不課税取引」です。

「課税取引」とは、「非課税取引」「不課税取引」のどちらにも当てはまらない取引のことをさし、消費税の課税対象となる取引です。

「非課税取引」とは、消費税が課せられない取引のことをさしています。その消費に対して税金としての負担を強いることが当てはまらないものや、政策的に消費税を課すべきでないものが、「非課税取引」です。

M&A手法で頻繁に利用される「事業譲渡」では消費税が発生しますが、「事業譲渡」において売却される資産のうち「土地の譲渡・売却」は「非課税取引」とみなされます。

事業譲渡では土地の譲渡時に発生する金額に対して、消費税がかかりません。

事業譲渡以外の場面でも、例えば「教科書の販売」は消費税が課せられません。「教育提供は国の根幹である」といった政策的な配慮が背景にあります。

株式の譲渡は、消費税法上、非課税取引に分類されます。これは、株式が消費税の課税対象となる「資産の譲渡」ではなく、「権利の譲渡」とみなされるためです。

「不課税取引」は、消費税の課税対象とはならない取引です。取引の結果、「対価を得ることがない取引」が不課税取引で、以下が当てはまります。

【不課税取引の例】

• 給与・賃金
• 寄付金・補助金
• 保険金
• 配当金
• 賠償金

ここからは、「株式譲渡・有価証券売却」時における消費税の計算方法を解説します。株式をはじめとした有価証券の売却は「資本の移転」であるため、「非課税取引」に当たると解説しました。

非課税取引が多ければ多いほど、「自社の消費税納税額は少なくなる」と思われるかもしれませんが、そうではありません。消費税の計算過程では「課税売上割合」が重要になるからです。

消費税を計算する際は、「課税売上割合」の数値を算出します。基本的に、この課税売上割合が高いほど（95％以上）、消費税の納税額が低くなります。「課税売上割合」の算出方法は以下です。

【課税売上割合の算出方法】
課税売上割合＝課税売上高÷（課税売上高＋非課税売上高）

「課税売上高」は、「課税取引」に当たる取引で発生した売上高の合計です。「非課税売上高」は「非課税取引」の売上高で、株式譲渡・有価証券売却などで発生した金額は「非課税売上高」に当たります。

なぜ「課税売上割合」を算出する必要があるのでしょうか。その理由は、その事業者が「支払った消費税」を正確に算出するためです。事業者が納税すべき消費税額は「預かった消費税－支払った消費税」によって求められます。

ただし、実際には「支払った消費税」を全額差し引けるわけではありません。「課税売上割合」が95％以上の場合に限って、全額を差し引けます。「課税売上割合」が95％未満の場合、「控除できない消費税」が発生してしまうでしょう。

課税売上割合の計算式では、分母に「非課税売上高」があります。株式譲渡や有価証券の売却は「非課税取引」です。株式譲渡・有価証券売却の金額が大きくなるほど計算式の分母が大きくなるため、「課税売上割合」は小さくなります。

非課税取引である株式譲渡の割合が増加すると、課税売上割合は減少します。これにより、仕入控除税額が制限され、結果として納付すべき消費税額が増加する可能性があります。

ここで、株式譲渡・有価証券売却をした際の「仕訳」について見ていきましょう。株式・有価証券を売却した場合は、売却する株式・有価証券の「帳簿価格」と株式・有価証券の「売却金額」における差額を「有価証券売却益（損）」勘定を使って記帳します。

例えば、帳簿価格が「500」の有価証券を「1,000」で売却（売却手数料100）した際の仕訳は以下です。

【有価証券売却時の仕訳例（売却益の場合）】

有価証券を売却した際は「支払手数料」が発生し、これに「消費税」が課せられます。「仮払消費税：10」は「支払手数料：100」に対する消費税となるでしょう。

ちなみに、「有価証券の売却」には消費税がかからないため、「仮受消費税」は0です。

続いて、帳簿価格が「500」の有価証券を「200」で売却（売却手数料100）した際の仕訳は以下になります。

【有価証券売却時の仕訳例（売却損の場合）】

ここでも、支払手数料に対して「消費税」が発生しているため、「支払手数料」に対する「仮払消費税」が10発生しています。

この章では、「株式譲渡・有価証券売却」時の消費税に関する注意点を見ていきましょう。注意点は以下の3点です。

• 株式譲渡による課税売上割合への影響を把握する
• 簡易課税制度適用時の注意点を確認する
• グループ内取引における消費税の取扱いに留意する

まずは「非課税売上高」の割合に注意することです。M&Aによる株式譲渡や有価証券の売却で発生した売上高は「非課税売上高」に当たります。

非課税売上高が大きくなると「課税売上割合」の値は小さくなり、「控除できない消費税」が発生する可能性があるからです。

「有価証券の売却」に関して、例外規定があります。株式市場における株式などの有価証券売買は、その性質上、毎日取引を行っている個人も多いでしょう。つまり、1年を通して「取引額が極端に大きくなってしまう」危険性があります。

「有価証券の売却」に関して、課税売上割合の計算時に「課税売上割合における計算式の分母に入れる」のは「売却額・譲渡額の5％」だけでよい規定があります。

これは、M&Aで「事業譲渡」をした際に注意すべきポイントです。「のれん代（営業権）」は「課税資産（消費税の対象となる資産）」の扱いとなります。

事業譲渡で多額の「のれん代（営業権）」を譲渡した場合は、消費税額が大きくなってしまう危険性があります。M&Aの際は、「のれん代（営業権）」に注意しましょう。

株式譲渡・有価証券売却における消費税の相談先をお探しの際は、ぜひM&A総合研究所にお任せください。

M&A総合研究所では、知識や経験の豊富なM&Aアドバイザーが、親身になって案件をフルサポートします。料金体系は、成約するまで完全無料の「完全成功報酬制」です（※譲渡企業様のみ。譲受企業様は中間金がかかります）。

無料相談を受け付けていますので、どうぞお気軽にお問い合わせください。

今回は、「株式譲渡・有価証券売却」における消費税への影響を解説しました。株式譲渡自体は消費税の非課税取引ですが、課税売上割合に影響を与えるため、企業全体の消費税負担額に変化が生じる可能性があります。M&Aを検討する際には、この点も考慮に入れておくことが重要です。

株式譲渡は消費税以外にも、法人税や所得税など、様々な税金に影響を及ぼします。M&Aを成功させるためには、これらの税務上の影響を事前に理解し、適切な対策を講じることが重要です。

株式譲渡によって譲渡益が生じた場合、譲渡企業には法人税が課税されます。譲渡益は、譲渡価額から取得価額と譲渡費用を差し引いて計算されます。税率は、2024年4月1日現在で23.2%です。

株式を譲渡した株主には、譲渡益に対して所得税が課税されます。譲渡益は、譲渡価額から取得価額と譲渡費用を差し引いて計算されます。税率は、譲渡益の金額や株主の属性によって異なります。
 

株式譲渡は複雑な税務上の問題を伴うため、税理士などの税務アドバイザーに相談することをお勧めします。税務アドバイザーは、最適な税務戦略の立案や申告手続きのサポートなど、M&Aを円滑に進めるための支援を提供します。