株式譲渡益の課税とは?種類、仕組み、法人・個人における課税率の違いを解説

取締役
矢吹 明大

株式会社日本M&Aセンターにて製造業を中心に、建設業・サービス業・情報通信業・運輸業・不動産業・卸売業等で20件以上のM&Aを成約に導く。M&A総合研究所では、アドバイザーを統括。ディールマネージャーとして全案件に携わる。

株式を取得価額より高い価格で他者に譲渡した際に得られる株式譲渡益は、どのような仕組みで課税されるのでしょうか。今回は、個人や法人の株式譲渡益に対して課税される税金など、概要について解説します。株式譲渡益の課税について詳しく知りたい方は参考にしてみてください。

目次

  1. 株式譲渡益とは
  2. 株式譲渡益に対する課税の種類・仕組み
  3. 株式譲渡益の課税と確定申告
  4. 株式譲渡益の課税と納付時期
  5. 株式譲渡益の課税に関する注意点
  6. 株式譲渡益の課税に関する特例制度
  7. 相続した株式の譲渡益に対する課税
  8. 株式取引の配当金・分配金に対する課税
  9. 外国株式の譲渡益に対する課税について
  10. まとめ

1. 株式譲渡益とは

株式譲渡益とは、保有している株式を他者に譲渡した際に、売却した価格から購入した価格を差し引いて出た利益をいいますが、株式配当金とは何が異なるのでしょうか。

株式の種類には上場株式と一般株式などがありますが、それぞれ何をさすのでしょうか。概要と、それぞれの例を解説します。

株式配当金との違い

株式譲渡益と株式配当金との違いは、株式譲渡益が株そのものの売買で生じることに対し、株式配当金は保有によって法人から受けられる利益の分配である点です。
 
つまり株式配当金は、会社が利益を出していれば得られるため損失は出ませんが、株の売買では売却価額が購入価額を下回れば、損失が出る可能性があります。
 
課税の方法も異なります。株式譲渡益は、譲渡所得として申告分離課税が求められますが、配当金は申告分離課税や総合課税などがあり、いずれかを選択するのが可能です。
 
加えて株式譲渡益は、売買により損失が出る可能性があります。売買で損失が出た場合、確定申告により配当所得や譲渡益などと通算できるほか、残った損失も繰り越しできます。一方、株式配当金はこのような制度はありません。

上場株式と一般株式の違い

株式の定義は非常に幅広く、会社が発行する株式のほか、投資信託の受益権、社債的受益権、公社債、優先出資などがあります。株式には、上場株式と一般株式の種類があります。上場株式は、東証などの取引所に上場されている株式です。

主に、店頭売買登録銘柄として登録されている株式や、日本銀行出資証券、特定投資法人の投資口、外国金融商品市場で売買されている株式、金融証券取引所に上場している株式、国債や地方債などを含みます。一般的に取り引きをされている株式をイメージするとよいでしょう。

一般株式は、上場株式以外の非上場株式や私募株式投資信託の受益権などその他の株式をいいます。大きくは証券取引所などで取り引きされていない、私募の株式です。

2. 株式譲渡益に対する課税の種類・仕組み

株式の売買によって生じる株式譲渡益への課税の仕組みが気になる方もいるでしょう。課税の区分・種類、株式譲渡益に対する課税の仕組みに関して、それぞれ概要を解説します。

株式譲渡益の課税の区分・種類

株式譲渡益に対して課税される税金の区分としては、以下の3つがあります。

  1. 所得税
  2. 住民税
  3. 法人税

①所得税

個人が株式譲渡益を得た場合、譲渡益に対し所得税が課税されます。課税率は15%です。これは上場株式・一般株式ともに同様です。

②住民税

個人が株式譲渡益を得た場合、譲渡益に対して住民税5%が課税されます。つまり、個人の株式譲渡益に対しては合計で20%の課税率で課税されます。これは上場株式・一般株式ともに同様です。

③法人税

法人が株式譲渡益を得た場合、その他の損益も含めて法人全体の利益に対して法人税が課税されます。法人税は法人の課税所得により、累進課税方式で課税率が決定されます。

株式譲渡益に対する課税の仕組み

株式譲渡益に課税される仕組みは、基本的には取得価額と譲渡価額との差額を計算し、そこに課税率をかけることで計算されます。

個人の場合、法人の場合に分けて、株式譲渡益に対する課税の仕組みを紹介します。ただし、無償株式譲渡はやや特殊な事例となるため、下記リンクもご参考ください。

【関連】無償の株式譲渡の税金や手続き・契約書の書き方を解説!

個人に対する課税の仕組み

個人の株式譲渡益に対しては、申告分離課税が適用されます。つまり、株式譲渡益は、その他の給与所得や事業所得などと区別して計算されることに加え、上場株式と一般株式も分離して計算し、課税金額を計算するのです。
 
計算方法としては、まず上場株式の譲渡損益と一般株式の譲渡損益をそれぞれ計算します。譲渡損益の計算方法は、下記のとおりです。
 

  • 株式などの譲渡による収入額−(株式などの取得価額+株式などを取得するために借りた負債の利子の金額+株式などの譲渡のために支払った委託手数料+その他の経費+管理費+手数料など各種経費に掛かる消費税など)
 
ただし、管理費を控除できるのは、株式譲渡益が事業所得か雑所得に該当する場合のみです。手数料などは、株式を取得する際にかかった経費は株式の取得価額に含まれます。
 
なお、株式譲渡益がどの所得に区分されるかは、個人の場合、基本的には譲渡所得に該当する場合が多いですが、営利を目的に継続的に行われていると判断される場合には事業所得や雑所得として扱われることがあります。懸念がある場合には専門家に確認を依頼するとよいでしょう。
 
それぞれの譲渡損益を計算したのち、マイナスの金額となった際には、上場株式などであれば配当などとの損益通算や繰り越し控除が可能であるため、配当所得などの計算に反映します。一般株式などの場合はなかったものとみなされ、今期の課税はありません。
 
株式譲渡益がプラスであった場合には、所得税15%・住民税5%の合計20%の税金が課税されます。2037年までは、復興特別所得税(課税率2.1%)が別途課税されるのです。

法人に対する課税の仕組み

法人の株式譲渡益は、総合課税方式により、株式譲渡益以外の損益と通算され、合計金額に対して所得金額に応じ29~42%の課税率で法人税が課税されます。
 
法人の株式譲渡益の計算方法は、譲渡金額−(取得原価+譲渡経費)です。譲渡経費や取得原価などの考え方は基本的に個人の場合と同様で、株式の取得に要した経費などは取得原価に算入されます。
 
なお、法人が株式を譲渡する場合、M&Aの手段として用いられることが多くあります。株式譲渡は他のM&Aに比べてメリットの多い手法です。株式譲渡によるM&Aを検討されている場合は、下記記事も参照ください。

【関連】株式譲渡とは?手続きからメリット・デメリット、税金に関して解説【成功事例あり】

株式譲渡益の課税率

株式譲渡益の課税率は、個人と法人によって異なります。それぞれ、どの程度の課税率で税金が計算されるのでしょうか。個人と法人に分けて整理しましょう。

法人に対する課税率

法人は株式譲渡益は総合課税方式により、その他の所得と通算のうえ合計所得に対して所得金額に応じ、29~42%の課税率で法人税が課税されます。
 
ただし、譲渡価額と時価の差額が著しく大きい場合は、取り扱いが異なる場合があります。譲渡価額が時価より著しく低い場合、売手の法人は譲渡価額と時価の差額が寄付金とみなされ、損金不算入の取り扱いを受ける可能性があるのです。

逆に譲渡価額が時価より著しく高い場合は、譲渡価額と時価の差額が受贈益として法人税の課税対象となる可能性があります。

個人に対する課税率

個人の株式譲渡益は譲渡所得として、所得税15%・住民税5%の合計20%が課税率として課税されます。東日本大震災からの復興財源の確保のため、2013年1月1日から2037年12月31日までは所得税額に対し、2.1%が追加的に課税されます。

3. 株式譲渡益の課税と確定申告

確定申告とは、所得にかかる税金の額を計算し、税金を支払うための手続きです。一定以上の所得を獲得していたり、譲渡所得を含む特定の所得を得ていたりする個人が行う必要があります。

株式譲渡益が発生した場合には、確定申告が必要なのでしょうか。確定申告が不要となる場合もあるのでしょうか。確定申告が必要な場合と確定申告が不要となる場合において概要を解説します。

株式譲渡益の確定申告は必要

確定申告が必要な人の条件は、「配当所得、不動産所得、事業所得、給与所得、退職所得、譲渡所得、山林所得、一時所得、雑所得」を得た個人と定められています。
 
株式譲渡益は、このうちの譲渡所得に該当するため、基本的には確定申告が必要である点です。

確定申告をしなくても良い場合

ただし、株式譲渡益は確定申告が必要なわけではなく、確定申告が不要であるケースが4つあります。それぞれ概要を解説しましょう。

  1. 譲渡損が発生している場合
  2. 源泉徴収ありの特定口座の場合
  3. 所得控除額よりも低い場合
  4. NISAなどでの運用の場合

①譲渡損が発生している場合

確定申告が不要なケースは譲渡損が発生している場合です。譲渡損が発生している場合で複数の口座を保有し、利益が出ている口座と損失が出ている口座の株式譲渡損益を通算する方法で、支払う税金を少なくできます。

そのため確定申告が必要ですが、すべての口座で損失が出ている場合、譲渡所得が発生しないため確定申告の必要はありません
 
なお、過去3年以内に譲渡損失の繰り越し控除をしている場合は、確定申告が必要となるため注意してください。

損失ばかりだったからといって確定申告を行わないでいると、前年までに繰り越した損失が無効となり、翌年益が出た場合に相殺ができなくなるため、確定申告をしましょう。

配当金・分配金は申告分離課税を選択して確定申告をすると、上場株式などの譲渡損失と損益通算が可能です。

②源泉徴収ありの特定口座の場合

確定申告が不要なケースの2つ目が源泉徴収ありの特定口座を利用している場合です。
 
株式の売買には、一般口座を利用するケースと特定口座を利用するケースがあります。一般口座では、個人で年間取引報告書を作成し、確定申告によって税金を納付しなくてはなりません。
 
一方、特定口座を利用する場合には、取引している証券会社が年間取引報告書を作成してくれます。

特定口座には源泉徴収なしのタイプと、源泉徴収ありのタイプがありますが、源泉徴収なしの場合には、証券会社が作成した年間取引報告書をベースとして、自分で確定申告を行う必要があるのです。
 
源泉徴収ありの特定口座を利用する場合、年間の取り引きをベースとして証券会社が売却益などから納めるべき税金を源泉徴収してくれるため、確定申告が不要となります。
 
ただし、譲渡益が20万円以下の場合には、譲渡所得にかかる税金を納めなくてもよいため、小額で運用している場合などは、払わなくてよい税金を支払ってしまう可能性もあることには留意が必要です。自身の取引金額なども勘案しながら、適切な口座を選択しましょう。

③所得控除額よりも低い場合

3つ目は所得控除額より譲渡所得が低いケースです。源泉徴収ありの特定口座の場合で説明したとおり、譲渡所得は年間20万円以下の場合、譲渡所得にかかる税金を納める必要はないため、確定申告を行わなくて良いのです。
 
給与所得以外の所得(副業における不動産運用での所得など)がある場合には、その所得も足して20万円以下かどうかを判断しなければなりません。しかし、株式投資のみを行っており、その譲渡益が20万円以下なら確定申告はしなくて良いです。

ただ、上記の3つのケースでも、複数の口座間の損益通算をするためなど、確定申告を必要とするケースもあります。できる限り手間を減らしたい場合は、特定口座を開設しましょう。

特定口座を開設すると、年間取引報告書が翌年1月末までに本人へ交付されるので、それを基に確定申告を行うと1年間の上場株式などの取引の詳細を計算する必要がありません。

④NISAなどでの運用の場合

確定申告が不要なケースの4つ目はNISAなどで運用している場合です。NISAは、2014年から始まった制度です。2023年までの間の口座開設により、5年間、毎年120万円の非課税投資枠が与えられ、その年に120万円投資した株価が値上がりした場合の利益が非課税となります。
 
NISA口座での取引は、利益は基本的に非課税となるため、確定申告は不要です。損失が出た場合も、NISA口座で出た損失は、他の所得の利益と相殺できないため、その調整を行うための確定申告も不要となります。

株式譲渡益の課税に関する相談はM&A総合研究所へ

M&A総合研究所は、多様なご相談に対応しております。事業売却など株式譲渡益の取扱いを懸念されている場合は、ぜひご相談ください。

M&Aに関する知識や経験が豊富なM&Aアドバイザーが案件をフルサポートいたします。料金体系は成約するまで完全無料の「完全成功報酬制」です。(※譲渡企業様のみ。譲受企業様は中間金がかかります。)

会社売却・事業譲渡に関して、無料相談をお受けしておりますのでお気軽にお問い合わせください。

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4. 株式譲渡益の課税と納付時期

株式譲渡の税金は平成25年〜令和19年まで、所得税、住民税、復興特別所得税が課税されます。所得税及び復興特別所得税は翌年の3月15日までに確定申告を行い納税するのです。住民税は確定申告後の4月〜5月頃に住民税の納付書が郵送されます。

このように株式譲渡に関する税金であっても、納付期限が異なるので注意が必要です。納付期限を過ぎてしまうと延滞税や追徴課税が課されるため気をつけましょう。

【関連】株式譲渡した際の確定申告方法!かかる税金や必要書類の書き方を解説!

5. 株式譲渡益の課税に関する注意点

株式譲渡は譲渡益に税金が課されます。そのため、基本的に譲渡側の方に税金が発生し、譲受側には基本的に税金は発生しません。しかし親族に対する株式譲渡の場合は、相続税に該当するとみなされるケースもあるので注意しましょう。

具体的に、相続税に該当するとみなされた場合、譲受側も取得額に対して10%〜55%の税金がかかります。株式を時価の半分未満で譲渡する場合は、時価との差額に対して贈与税が発生します。無償で譲渡した場合も同様に贈与税が発生するので注意が必要です。

譲受側も税金が発生するケースがあるため、事前に専門家に相談しながら進めていくようにしましょう。

6. 株式譲渡益の課税に関する特例制度

中小企業の事業承継時、相続または贈与する場合は事業承継税制といった特例があります。これは事業承継問題に対応するための平成30年に設けられた新制度です。

中小企業の株式を相続または贈与する際に会社の事業を引き継ぐ場合、非上場株式に対して課税される相続税や贈与税が全て猶予される制度になります。これは複数の株主、代表者である3人までの後継者であれば対象です。そのため、親族だけでなく第三者への承継も適用可能です。

この特例制度は非常に複雑であり、取り消しされるおそれがあるなど注意すべきポイントが多くあるので、専門家に相談しながら進めるのが良いでしょう。

7. 相続した株式の譲渡益に対する課税

株式の譲渡所得を求めるうえで、困難なのが取得費です。例えば家族から相続した株式であると、取得費がわからないケースもあります。ここでは、相続した株式の譲渡益に対する課税に関して解説します。

相続した株式の取得費とは

相続した株式があった場合の取得費は株式を被相続人が購入した際の取得価額です。

引き継ぐ際に一度評価しているため、相続した際の評価額でもいいのではないと思うかもしれません。しかし、相続時の評価額は相続税を計算するものです。相続税は資産としての価値に課税されます。

税金の種類が違うため、株式金額の考え方も異なるのです。

取得費を求める方法

相続により株を取得した場合は、被相続人の取得費を引き継ぎます。取得費を求める方法は、以下のとおりです。取得費には、株式を購入した際にかかった費用のほか、手数料や消費税も含まれます。

株式などを譲渡した際の譲渡所得などの金額は、譲渡価額から取得費と売却手数料などを差し引いて計算します。

  • 1株あたりの取得費
〔(取得単価×取得株式数)+購入時の手数料など+消費税〕 ÷株式数
  • 譲渡株式の取得費
 1株あたりの取得費×譲渡する株式数

株式を購入するにあたって、2回以上にわたって同一銘柄を購入するケースでは、以下の方法で計算します。総平均法に準ずる方法とは、株式を異なるごとに区分し、その種類の同じもので計算する方法です。

(A+B)÷(C+D)=1株あたりの価額

A=株式をはじめに購入した際の購入価額総額
B=株式をはじめに購入した後から譲渡時までの購入価額の総額
C=Aの株式などの総数
D=Bの株式などの総数

取得費を調べる手段

譲渡した株式の取得費が不明な場合、譲渡所得の計算ができません。その際は以下の方法で取得費がわかるでしょう。

  • 証券会社から交付される「取引報告書」で確認する
  • 証券会社の「顧客勘定元帳」より、取得費に関する問い合わせをする

顧客勘定元帳は、顧客の株式取引、売買および入出金の履歴が記載された法定帳簿です。金融機関は、顧客勘定元帳を10年間保存する必要があるため、10年以内に被相続人が取得したものであれば、購入先の証券会社に問い合わせが可能です。
  • 被相続人の手帳や預金通帳から取得価額をリサーチする
  • 取得時期を基に取得費を算定する

株式の発行会社や名義書き換えを行った証券代行会社に、株式名簿や複本、株式異動証明書を確認してもらえれば、その時期の相場を基に取得費を算出できます。

取得費が不明な場合の対処法

前述で説明した手順でリサーチしても取得費がわからないケースもあります。その際は、以下の方法で取得費を計算しましょう。この方法は、実際の取得費がわかっている場合でも使えます。

  • 譲渡対価×5%

例えば、1株当たり1万円の株式100株分のケースで考えてみましょう。実際の取得費が2万円だったとします。上記の方法で計算すると取得費は5万円です。

このような場合は譲渡所得を少なくできる5万円を取得費にするのが可能です。しかし通常、5%で取得費を計算すると、利益は多額になってしまいます。正確な取得費をリサーチした方が良いでしょう。

取得費加算の特例について

相続した株式譲渡をする場合は、取得費加算の特例があります。この方法は、上場株式と非上場株式のどちらも活用可能です。

取得費加算の特例は、譲渡した株式に対応した相続税額を取得費に加算できる制度です。取得費が増加すれば譲渡所得は減少するため、課税額を抑えられます。

なお、株式譲渡をする場合は、相続税の申告期限の翌日から3年以内に行わなければならず、確定申告も必要となります。

【関連】会社の相続のポイントを解説!経営者の親が亡くなった時にやるべきことは?

8. 株式取引の配当金・分配金に対する課税

株式取引の配当金・分配金に対する課税に関して詳しく解説しましょう。

配当金・分配金の課税率

上場株式の配当金・分配金は支払いを受ける際に、申告不要制度を選択していれば所得税・住民税が源泉徴収されるため、確定申告は不要です。源泉徴収は20%の税率が適用されます。

復興財源確保法により、令和19年まで譲渡益・配当などの所得税額に対し、2.1%の復興特別所得税がかかります。

申告分離課税による譲渡損失との通算

配当金・分配金は申告分離課税を選択して確定申告すると、上場株式などの譲渡損失と損益通算が可能となります。この際、配当所得に課税されている10%が「配当控除」として還付されるでしょう。

特定口座を利用の際は、ある一定の条件を満たすと配当金・分配金・利金と、特定口座で発生した譲渡損益を通算するのが可能です。

  • 特定口座を源泉徴収ありにしている
  • 源泉徴収口座内配当などの受入開始届出を行っている
  • 配当金の受け取り方法の株式数比例配分方式を選択している

配当控除の適用について

配当金・分配金は総合課税を選択して確定申告すると、配当控除の適用が受けられます。総合課税を選択した場合の税率は累進課税です。外国株式、不動産投資信託、信用取引の配当金相当額には配当控除の適用は受けられません。

9. 外国株式の譲渡益に対する課税について

外国株式とは、国外で発行された株式になります。ここでは、上場外国株式などの税金に関して概要を説明しましょう。

外国株式の税金は、原則として国内株式と同様の扱いになります。しかし、外国で課税される額との調整や外貨の円換算といった点が違いますので注意が必要です。

国外・国内で上場する外国株式の譲渡所得は、税率20%で申告分離課税が適用されます。外国株式の配当金は、国外で源泉徴収された税金がある場合、税引後の配当金に対して国内でも源泉徴収されます。確定申告を行うと、外国税額控除の適用を受けるのも可能です。

10. まとめ

株式譲渡益は、個人と法人で課税率や課税の仕組みが異なります。特に個人の場合は、NISAなどの制度もあり、確定申告が不要となるケースもあるため、積極的に制度を活用して、税金を計算する手間を省けるでしょう。
 
逆に法人では、他の所得と損益を通算したり、損失を繰り越したりするため、計算が複雑になるケースがあります。譲渡価額によっては寄付金扱いや受贈益とみなされる場合があるため、専門家による確認が必要です。

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