M&Aの株式譲渡における支払調書とは？提出義務や手続き、書き方を徹底解説

支払調書とは、税務署へ提出する法定調書のことです。法定調書は、所得税法・相続税法・租税特別措置法・内国税の適正な課税の確保を図るため、提出が義務付けられている資料です。

法定調書は全部で60種類（令和2年4月1日現在）あり、代表例に従業員の給与や役員報酬に関する「給与所得の源泉徴収票」や、報酬や投資信託の分配金の支払いに関する「支払調書」があります。

支払調書は株式譲渡が行われた際も提出が義務付けられています。この章では、株式譲渡の際の支払調書が必要な理由や提出先を解説しましょう。

株式譲渡の対価を支払う法人（譲受側）は、譲渡企業の上場・非上場に関係なく「株式等の譲渡の対価等の支払調書」を税務署に提出する義務があります。

株式譲渡は、譲渡側が保有する株式の譲渡と譲受側の対価の支払いによって成立する取引です。有償の株式譲渡の場合は譲渡側に所得税・住民税・復興特別所得税、無償あるいは時価の1/2未満の株式譲渡の場合は譲受側に贈与税が課せられます。

課税対象者は確定申告によって税額を申告して、期限内に納税します。これらの税金の申告内容が正しい内容か確かめるために、支払調書を提出して株式譲渡が行われたことを報告する必要があるでしょう。

国税庁が示す「株式等の譲渡の対価等の支払調書」の提出対象となる「株式等」は以下です。

• 株式（株主または投資主となる権利、株式・新株予約権の割当てを受ける権利を含む）
• 特別の法律による設立法人の出資者の持分、合名会社・合資会社または合同会社の社員の持分、協同組合等の組合員または会員の持分その他法人の出資者の持分
• 協同組織金融機関の優先出資に関する法律に規定する優先出資及び資産の流動化に関する法律に規定する優先出資
• 投資信託の受益権
• 特定受益証券発行信託の受益権
• 社債的受益権
• 公社債

「株式等の譲渡の対価等の支払調書」は、提出義務者である法人（譲受側）の所轄税務署へ提出します。所轄の税務署が不明な場合は、国税庁の公式サイトから確認できます。

「株式等の譲渡の対価等の支払調書」の提出期限は、株式譲渡が行われた翌年の1月31日までです。税務署に提出する際は、他の提出範囲の法定調書と法定調書の合計表を添付します。

特定口座の場合、「源泉徴収あり」と「源泉徴収なし」の2つがあります。どちらも「特定口座年間取引報告書」を使用し、簡易に確定申告ができるでしょう。上場株式等の配当金を特定口座（源泉徴収あり）にした場合は、支払通知書は提出せず特定口座年間取引報告書に記載されます。

一般口座の場合、以前は1回の支払金額が30万円以下であれば省略し、30万円を超える場合は支払調書を作成していました。しかし、2016年1月1日以後は「株式等の譲渡対価等の支払調書」の提出省略基準が廃止されたため、金額を問わず譲渡の支払調書の提出が必要です。

支払調書の作成や提出自体に費用はかかりません。また、法人税申告などとは異なり、提出が遅れても無申告加算税や延滞税は課されません。

ただし、提出期限を過ぎた場合は「1年以下の懲役または50万円以下の罰金」（所得税法第242条）が科せられるおそれがあります。株式譲渡を行った際は翌年1月31日までに準備を進めておき、速やかに提出することをおすすめします。

株式譲渡を行った場合は所轄の税務署へ支払調書を提出します。この章では、株式譲渡の際の支払調書の手続きを解説します。

株式譲渡の際の支払調書の提出は「株式等の譲渡の対価等の支払調書」と「株式等の譲渡の対価等の支払調書合計書」の2つの書類が必要です。

申請書様式・記載要領は、国税庁公式サイトよりPDFファイルをダウンロードできます。自由に使えるパソコンやスマートフォンがなくてダウンロードができなかったり、PDFファイルを印刷する手段がなかったりする場合は、最寄りの税務署から用紙を受け取れます。

株式譲渡の支払調書の手続き内容は以下のとおりです。以下の内容に沿って支払調書を作成して、株式譲渡が行われた翌年1月31日までに提出します。
 

株式等の譲渡の対価等の支払調書は、株式譲渡を行った際に税務署に提出する書類です。株式譲渡による支払い内容を伝えるために作成・提出が義務付けられています。

平成28年1月1日以降、支払調書には支払いを受ける個人のマイナンバー（個人番号）または法人の法人番号を記載することが義務付けられました。M&Aの株式譲渡では、譲渡側の株主（個人）からマイナンバーを提供してもらう必要があります。

しかし、株式譲渡の取引相手から個人番号の提供を拒否されるケースもあります。その際は、提供を求めた経緯などを記録・保存した上で空欄のまま提出することも認められていますが、まずは法令上の義務である旨を伝え、協力を求めることが重要です。

問題となるケースは個人番号がわからないといった理由により、株式等の譲渡の対価等の支払調書を提出しなかったり、虚偽の内容を記載してしまったりしたときです。未提出や虚偽申告は罰則対象なので注意が必要です。

そのほか、記載項目に特別な注意点はありません。各項目に株式譲渡取引の当事者の情報や取引に準じた内容を記載します。

【株式等の譲渡の対価等の支払調書の記載項目】

• 支払または交付を受ける者の住所（居所）または所在地
• 支払または交付を受ける者の氏名または名称および個人番号または法人番号
• 支払者または交付者の所在地
• 支払者または交付者の名称および法人番号
• 交付の取扱者の所在地
• 交付の取扱者の所在地および法人番号
• 区分：弁護士・税理士報酬、原稿料・さし絵料等といった名称で報酬・料金・支払先業務内容を記入
• 細目：弁護士・税理士報酬の場合は事件名、原稿料・さし絵料では支払い回数などを記入
• 番号
• 銘柄または名称
• 支払または交付確定年月日
• 事由
• 株数（口）または額面金額（千円）
• 支払金額または交付金額（千円）：原則、当該年度で確定している消費税を含めた支払合計額を記入
• 源泉徴収税額（千円）：当該年度中に源泉徴収するべき所得税と復興特別所得税の合計額を記入

支払調書合計表は、支払調書の種類ごとに添付が義務付けられている書類です。株式等の譲渡の対価等の支払調書を提出する際は、支払件数・支払金額・源泉徴収税額などの総額を記載した「株式等の譲渡の対価等の支払調書合計表」を添付します。

【株式等の譲渡の対価等の支払調書合計表の記載項目】

• 提出者の所在地
• 提出者の氏名または名称および法人番号
• 代表者の氏名および代表印
• 合計表作成担当者の氏名
• 区分（個人一般分・個人株式交換分・法人分）
• 支払件数、支払金額、源泉徴収税額

株式等の譲渡の対価等の支払調書と合計表の作成が終わったら、所轄の税務署へ提出しましょう。用紙で提出する場合は所轄の税務署へ送付・持参の2とおりの方法があります。

株式等の譲渡の対価等の支払調書を含めた法定調書は、e-Taxで電子申告することも可能です。e-Taxには申請書様式から送信機能まで備わっているので、ダウンロードや持参する必要がなくなります。

なお、平成30年度の税制改正により令和3年分の申告から、法定調書の電子申告義務化が「法定調書ごとに1,000枚以上ある場合」から「法定調書ごとに100枚以上ある場合」に引き下げられます。

該当事業者はe-Taxを使用して送付する方法、または光ディスクなど（CD、DVD）を使用して提出する方法でなければなりません。

M&A・株式譲渡は取引自体の手続きや交渉が大変であり、税務署へ提出する書類まで気が回らないことも多いでしょう。未提出や申告内容に不備があると罰則を受けるおそれもあるので、専門家のサポートを受けるのがおすすめです。

M&A総合研究所は、中堅・中小規模のM&A仲介を手掛ける会社です。中小企業のM&A仲介における豊富な実績があり、株式譲渡に関するノウハウを豊富に蓄積しています。支援実績の豊富なM&Aアドバイザーが親身になってフルサポートしますので、M&Aが初めての場合も安心して進めていただけます。

M&A総合研究所の料金体系は、成約するまで完全無料の「完全成功報酬制」です（※譲渡企業様のみ。譲受企業様は中間金がかかります）。無料相談は電話・Webより受け付けていますので、M&A・株式譲渡にお悩みの際はお気軽にM&A総合研究所までご連絡ください。

株式譲渡で支払調書を作成・提出する際には、いくつか注意すべき点があります。特に間違いやすいポイントを3つ解説します。

支払調書の提出義務は、株式を買い取って対価を支払った「譲受側（買い手）」の法人にあります。株式を売却して対価を受け取った「譲渡側（売り手）」には提出義務はありません。譲渡側は、譲渡によって得た所得について、自身で確定申告を行う必要があります。譲受側は、誰に、いくら支払ったかを税務署に報告する役割を担います。

支払調書には、支払いを受ける相手（譲渡側の株主）のマイナンバーを記載する必要があります。しかし、相手からマイナンバーの提供を拒否されるケースも考えられます。その場合は、提供を求めた経緯などを記録・保存した上で、空欄のまま提出しても罰則の対象にはなりません。ただし、安易に空欄で提出するのではなく、法令上の義務であることを説明し、協力を求める姿勢が重要です。

支払調書を期限内に提出しなかったり、偽りの記載をして提出したりした場合、所得税法第242条の規定により「1年以下の懲役または50万円以下の罰金」が科される可能性があります。加算税や延滞税がないからといって軽視せず、正確な内容の書類を必ず期限内に提出することが重要です。

株式譲渡の際の支払調書は、税務署が各事業者の確定申告内容と照らし合わせるために利用される重要な書類です。

株式譲渡の際は手続きに追われてしまって、後々に提出する書類を見落としてしまいがちです。不備なく全ての手続きを完了させるためには、専門家に相談しておくことをおすすめします。