M&Aに活用できる事業承継・引継ぎ補助金を解説！申請方法も【2024年最新】

中小企業のM&A・事業承継は、以前から国の重要な課題となっており、補助金制度もいくつか創設されています。

2024年においては、経済状況の変化や新たな課題に対応するため、補助金を活用したM&A・事業承継が注目されています。
特に、コロナ禍後の経営戦略の再構築を支援する補助金が提供されており、中小企業が安定した成長を遂げるための重要な手段となっています。
最新の補助金制度を把握し、適切に活用することが、企業の持続可能な発展に不可欠です。

事業承継・引継ぎ補助金は、事業承継を契機として新しい取り組みを行う中小企業者および個人事業主に対して国が支援する制度です。

中小企業者・個人事業主に対して、その取り組みに必要となる経費の一部補助を行い、事業再編、事業統合に伴う経営資源の引き継ぎに要する経費の一部を補助します。

したがって、事業承継・引継ぎ補助金は中小企業の事業承継、事業再編・事業統合を促進し、経済の活性化を図るのが目的です。

令和3年度補正予算における事業承継・引継ぎ補助金とともに、令和4年度当初予算における同補助金の公募も実施されています。違いは、補助対象者や補助事業の要件、補助率や補助上限額などです。なお、同じ事業で両方に申請はできないため注意しましょう。

経営革新事業は、経営者の交代や事業再編・事業統合によって事業承継を行った中小企業者が、事業承継を契機として経営革新に関する取り組みの際に、設備投資や販路開拓にかかる費用の一部を補助する事業です。

経営革新に関する取り組みとは、新商品の開発、商品の生産、販売の方式の導入、事業転換による新分野への進出、販路拡大や新市場開拓、生産性向上などが含まれるでしょう。経営革新事業には、創業支援型（Ⅰ型）、経営者交代型（Ⅱ型）、M&A型（Ⅲ型）があります。

【経営革新事業】

• 【Ⅰ型】創業支援型
• 【Ⅱ型】経営者交代型
• 【Ⅲ型】M&A型

事業承継・引継ぎ補助金（経営革新）の「【Ⅰ型】創業支援型」は、M&Aや事業承継を活用して新しい事業を始めようとする事業者を支援する補助金です。

M&A・事業承継で譲受した経営資源を使って、新しい事業への進出や、新しい商品・サービスの開発などを行うことで、令和4年度当初予算では最大500万円までの補助金を受け取れます。

事業承継・引継ぎ補助金（経営革新）の「【Ⅱ型】経営者交代型」は、親から子への親族内事業承継などを支援する補助金です。

単に事業承継するだけではなく、事業承継を契機として経営革新に取り組む事業者を支援の対象としています。補助金の額は【Ⅰ型】創業支援型と同じで、令和4年度当初予算では最大500万円までの補助金を受け取れるでしょう。

事業承継・引継ぎ補助金（経営革新）の「【Ⅲ型】M&A型」は、M&Aを契機に新たな事業を展開しようとする事業者を支援する補助金です。【Ⅲ型】M&A型は補助金の上限額も令和4年度当初予算では最大500万円までの補助金を受け取れます。

専門家を活用してM&Aや事業承継を行う際の補助金は、買い手支援型と売り手支援型の2種類です。

【専門家を活用してM&Aや事業承継を行う際の補助金】

• 【Ⅰ型】買い手支援型
• 【Ⅱ型】売り手支援型

事業承継・引継ぎ補助金（専門家活用）の【Ⅰ型】買い手支援型は、M&Aを活用して経営革新を行う事業者のための補助金です。

令和4年度当初予算では補助金の上限は400万円、補助率は費用の2分の1までとなっています。シナジー効果を生かして地域経済に貢献することなどが補助金申請の要件です。

事業承継・引継ぎ補助金（専門家活用）の【Ⅱ型】売り手支援型は、M&Aで会社を売却する事業者を支援する補助金です。

地域経済をけん引する事業を行っていることなどが補助金申請の要件となり、令和4年度当初予算では補助金の上限は400万円、補助率は費用の2分の1までとなっています。

廃業・再チャレンジ事業は、名前の通り廃業・再チャレンジを行う中小企業者を支援する事業です。今回より、この再チャレンジを目的とする廃業も補助対象となりました。

M&Aや事業承継ではなく、自前で設備投資を行いたい企業もあるでしょう。
そういった企業は、2024年に公募されている設備投資の補助金を活用するのがおすすめです。
申請できるものがないかをチェックしておくとよいでしょう。

2024年に申請できる設備投資の主な補助金には以下の4つがあります。以前に申請したことがある場合も2024年現在の制度を確認しましょう。

【2024年の設備投資の補助金一覧】

• ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金
• 事業再構築補助金
• IT導入補助金2024
• サプライチェーン対策を目的とする国内投資促進事業補助金

ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金とは、新しい商品やサービスのための設備投資を支援する補助金です。実際の活用事例としては、果樹園による急速冷凍機の購入、寝具店による寝心地を計測する機器の購入などがあります。

M&Aや事業承継を行う必要はなく、要件を満たす中小企業なら申請できます。

事業再構築補助金とは、新型コロナ対応をきっかけに、大胆な事業再構築を行おうとする事業者を支援する補助金です。こちらもM&Aや事業承継は関係なく、自社単独での事業転換などに活用できます。
例えば、デジタル化の促進やオンライン営業の強化、新たな商品やサービスの開発・導入、生産プロセスの見直しや効率化のための設備投資などに対して補助金が支給されることがあります。

2022年は、コロナ禍における「原油価格・物価高騰等総合緊急対策」に基づき、原油価格・物価価格高騰で影響を受けている事業者を対象とした特別枠の創設が実施されました。

また、令和4年10月、全国平均31円の最低賃金引き上げのタイミングで、影響を受ける事業者の再構築を支援するため、「最賃売上高等減少要件」「最低賃金要件」などを緩和しました。

事業再構築補助金は、これまで審査の遅延や重複、不正案件の見落としなどの問題が報告されてきました。2024年の事業再構築補助金では、AIを活用して審査体制を強化することが計画されており、今後、類似した案件もAIと人手によって慎重に審査される見通しです。

IT導入補助金2024とは、ITツールを導入する中小企業を支援する補助金制度です。ITの導入により、中小企業の業務を効率化することを目的としています。

この補助金は、生産性の伸び率が1年後3%以上、3年後9%以上と具体的に決められており、これを満たすような数値目標の計画を提出する必要があります。導入できるツールは、この補助金制度に登録されているものだけとなっているので注意が必要です。

サプライチェーン対策を目的とする国内投資促進事業補助金とは、コロナによって浮き彫りになった、日本のサプライチェーンの弱さを改善するための補助金です。この補助金は大企業も対象となるのが特徴となっています。

設備投資の補助金を活用する際は、メリットとデメリットの両面を見て判断することが大切です。

設備投資の補助金は、どれも原則として返済不要なのが大きなメリットです。借入と違って返済計画を立てなくてよいので、積極的な設備投資を行えます。公的な補助金の審査に通った実績は、ほかからの融資を受けるときにプラスになることもあります。

設備投資の補助金のデメリットは、長い期間かけて複雑な手続きと審査を行わなければならないことです。審査の条件、事業計画の立案や書類の作成などは、初めて申請する場合は分かりにくい部分もあります。

審査は必ず通るわけではないので、申請に使った労力が無駄になる可能性があるのもデメリットです。

補助金は原則返済不要ですが、条件によっては返済しなければならない場合もあるのも注意点です。そのほか、補助金には法人税がかかることや、入金は事業開始後になるので事業資金は別に用意する必要があるでしょう。

M&Aや事業承継の補助金は誰でも申請できるわけではなく、要件を満たす事業者だけが対象となります。要件の詳細は公式サイトで確認していただきたいですが、ここでは主な要件を紹介して、どのような事業者が事業承継・引継ぎ補助金の対象となるかを見ます。

M&Aや事業承継後の新たな取り組み支援のための補助金の対象となる要件は、Ⅰ型・Ⅱ型・Ⅲ型で細かい違いがあるので、ここでは共通する主な要件を紹介します。

まず、M&Aや事業承継で引き継ぐのは、「有機的一体としての経営資産」でなければなりません。つまり、設備や不動産だけの引き継ぎは対象外となります。

そのほかには、M&A・事業承継を通して、新商品の開発や新事業への進出などを行う必要があります。単にM&A・事業承継をして、今までどおりの事業を引き継ぐだけでは申請できません。

Ⅱ型・Ⅲ型の場合は、M&Aや事業承継で事業を引き継ぐ後継者が、経営者としてある程度の実務経験を積んでいる・知識を有していることも必要になります。

専門家を活用してM&Aや事業承継を行う際の補助金の対象となる要件は、買い手と売り手でそれぞれ違います。

買い手の主な要件は、M&A・事業承継を通してシナジー効果を得て、地域社会に貢献することなどです。売り手は地域社会をけん引する会社であること、M&A・事業承継後にその事業が継続されることなどが要件となっています。

廃業・再チャレンジ事業の対象は、「併用申請」と単独で申請を行う「再チャレンジ申請」に分かれており、要件が異なります。

単独で再チャレンジ申請を行う場合は、補助事業期間中に廃業していることが必要です。併用申請の場合は、対象となる事業承継・M&Aあるいは廃業が補助事業期間内に完了していなければなりません。

事業承継・引継ぎ補助金は、「jGrants」といった電子申請システムを使います。アカウント作成には申請書や印鑑証明などが必要であり、期間が2〜3週間かかるので注意しましょう。

経営革新の場合は、電子申請の前に認定支援機関へ事業計画などを相談し、確認書を受け取る必要があるでしょう。

令和4年度当初予算のスケジュールは、二次申請の受付が8月15日までとなっており、公募期間は終了しています。この後は9月中旬〜下旬までに交付の決定があり、補助金の交付手続きは2023年2月上旬以降（予定）となっています。

事業継承・引継ぎ補助金を利用する際には、補助対象事業かどうかを確認する必要があります。

公式のWebサイトには公募要領も公開されていますので、すぐに確認することができます。補助対象事業・自身の交付申請類型を見てどの事業が対象になっているかを事前に確認しておきましょう。

補助申請を決めたら、gBizIDプライムアカウントを取得する必要があります。

gBizIDプライムアカウントの取得には2~3週間かかるケースもあるので事前に申請しておくことをおすすめします。既にgBizIDプライムアカウントを取得している場合はjGrantsを利用して電子申請が可能です。gBizIDプライムアカウントの取得には以下の情報が必要になります。

• 法務局が発行した印鑑証明書または地方公共団体が発行した印鑑登録証明書の原本
• 法人代表者印または個人事業主の実印を押印した申請書
• 法人代表者自身または個人事業主自身のメールアドレス
• 法人代表者自身または個人事業主自身」のSMSが受信できる電話番号

gBizIDプライムアカウントの取得が完了したら、gGrantsを利用して電子申請を行います。

必要書類が揃っていればその場で書類を提出します。審査の結果は、中小企業庁・事務局のHPにおいて交付決定社の公表がなされます。また、採否結果の通知はgGrants上で行われます。

交付決定通知が行われれば、補助対象事業を実施します。

実施してから所定手続きで実績の報告を行う必要があります。交付決定通知が行われたとしても補助事業期間外に契約・支払いをした場合は補助対象経費として認定されません。必ず期間中に契約・支払いを行うようにしてください。

実績報告を受けてから補助金が交付されます。

交付については原則、15日以内に実績報告書等を提出し、実施した事業内容の検査・経費内容を担当者が確認します。その後に補助金の額が確定し、精算支払いという流れになります。

M&Aや事業承継に活用できるのは補助金だけでなく、税金を軽減できる制度もあります。補助金以外の制度も活用していくことで、より有利なM&A・事業承継を行えます。中小企業M&Aで活用したい主な制度は以下の3つです。

【M&Aや事業承継に活用したい制度】

• 事業承継税制
• 中小企業・小規模事業者の再編・統合等に係る税負担の軽減措置
• 中小企業の経営資源の集約化に資する税制（経営資源集約化税制）

事業承継税制とは、中小企業が相続や贈与で株式を後継者に譲渡する際に、相続税や贈与税を猶予・免除する制度です。事業承継税制は平成30年に条件を緩和した特例措置が追加され、大変使いやすい制度となりました。一般措置と特例措置の主な違いは下表の通りです。

事業承継税制の注意点としては、猶予の条件を満たし続けているかを確認するために、数年に一度書類の届出などをしなければならないことです。もし条件を満たさなくなったら猶予が取り消されるだけでなく、利息が上乗せされて課税されます。事業承継税制を利用する際は、こういったデメリットも踏まえて判断することが大切です。

【事業承継税制の一般措置と特例措置の違い】

事業承継税制の一般措置とは、特例措置が創設される前から行われている制度で、こちらが事業承継税制の基本となります。一般措置は特例措置と違い、猶予・免除の対象となる株式が3分の2まで、相続税は80%までしか猶予されないなどのデメリットがあります。

一方、特例承継計画の提出が不要だったり、適用期限がなかったりなどのメリットもあるでしょう。

事業承継税制の特例措置とは、一般措置のデメリットを踏まえ、活用しやすいように改良された制度です。一般措置と比べると、全株式が猶予・免除の対象となり、相続税も100%猶予されるなどのメリットがあります。

そのほか、後継者が複数人でも申請可能であることや、雇用の確保要件が弾力化しているのもメリットです。デメリットは、特例承継計画の提出が必要な点と、2023年3月31日までに特例承継計画を提出しなければならない点が挙げられます。

中小企業や小規模事業者がM&Aや事業承継を行う際に生じる、登録免許税や不動産取得税を軽減する制度です。

全額控除ではありませんが、条件によって税金の一部を控除できます。申請には経営力向上計画の提出が必要なので手間がかかりますが、M&A・事業承継の際に不動産の売買を伴う場合は申請したほうが有利です。

登録免許税とは、登記や認可などの手続きの際に収める税金のことです。この制度では、合併・分割・事業譲渡を使って事業承継を行った場合に、不動産の所有権の移転登記の登録免許税が減税されます。

減税率はどのM&A手法を使ったかによって変わってきます。具体的には、事業譲渡が2%から1.6%へ減税、合併が0.4%から0.2%、分割が2%から0.4%へ減税となるでしょう。

不動産取得税とは、不動産を取得した際にかかる税金のことです。この制度では、事業譲渡の場合のみ不動産取得税の軽減を受けられます。軽減の内容は、不動産価格の6分の1相当額を課税標準から控除となっており、納める税金がおおむね6分の5になります。

合併と分割の場合は軽減措置がありませんが、合併はそもそも不動産取得税がかからないので問題ありません。分割も一定の要件を満たすと非課税になる制度があるので、こちらの軽減措置は適用されません。

中小企業の経営資源の集約化に資する税制（経営資源集約化税制）とは、M&Aの際に税制優遇やリスクヘッジを行える制度です。特に、準備金の積立てはこの制度の特色といえるので、積極的な活用が期待されます。

経営資源集約化税制の内容は主に以下の3点です。株式の取得価額を準備金として損金にできるのが特色で、もし売り手に簿外債務などが発覚した場合、準備金を取り崩して対応できるようになります。

【経営資源集約化税制の内容】

• 取得価額の一部を準備金にしてリスクに備えられる
• 設備投資の一部を税額控除または全額即時償却
• 給与の引き上げに対する税額控除

取得価額を準備金とするための要件としては、経営力向上計画の認定を受けることや、株式の取得価額が10億円以下であることなどがあります。

【準備金制度を利用するための要件】

• 経営力向上計画の認定
• 取得価額が10億円以下
• 取得した株式を事業年度終了日まで継続保有する
• 青色申告をしている中小企業者である

準備金の適用期間は5年間のみで、これを過ぎると6年目から10年目にかけて準備金を取り崩すことになるのが注意点です。つまり、準備金の制度はあくまでリスクヘッジのためのもので、売り手に何も問題がなければ最終的に損も得もしないでしょう。

この制度の申請は基本的にM&Aの手続きと同時進行で行う必要があるので、スケジュールをしっかり立てておくことが重要になります。

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M&Aや事業承継に関する補助金制度は、2024年においても注目されています。
特に、経済状況の変化や新たな課題に対応するため、中小企業が安定した成長を遂げるための重要な手段とされています。
事業承継・引継ぎ補助金や経営革新事業など、さまざまな補助金制度が設けられており、それぞれが事業再編や統合に必要な経費の一部を支援します。

これらの補助金を有効に活用すれば、低コストでM&Aを実現することが可能です。そのため、制度の動向を常にチェックしておくことが重要となります。