株式交換の税務を徹底解説|適格要件や仕訳、税金がかからないケースとは

取締役 営業本部長
矢吹 明大

株式会社日本M&Aセンターにて製造業を中心に、建設業・サービス業・情報通信業・運輸業・不動産業・卸売業等で20件以上のM&Aを成約に導く。M&A総合研究所では、アドバイザーを統括。ディールマネージャーとして全案件に携わる。

株式交換は、現金を支払わずに会社を買収できる組織再編の有力なM&A手法ですが、税務・税金が複雑なので、正しく理解することが大切です。この記事では、株式交換における税務と課せられる税金、発生する仕訳などの実務を解説します。

目次

  1. 株式交換とは?株式移転との違い
  2. 株式交換のメリット・デメリットと実施する際の注意点
  3. 株式交換における税務の基本|適格・非適格の違い
  4. 株式交換で発生する可能性のある税金
  5. 株式交換の税務の実務
  6. 株式交換の手続きと税務申告に必要な書類
  7. 適格株式交換と判定されるための主要要件
  8. 株式交換における仕訳と会計処理
  9. 株式交換における繰越欠損金の取り扱い
  10. 株式交換の税務は専門家への相談が重要
  11. 株式交換の税務・税金まとめ
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1. 株式交換とは?株式移転との違い

株式交換

株式交換とは、親会社が子会社の株式を全て取得し、完全な支配関係を作るためのM&A手法の一つです。子会社の株式を現金で買い上げるのではなく、親会社の株式と交換することから株式交換と呼ばれています。

似た手法に株式移転がありますが、株式交換は親会社が存在しているのに対し、株式移転は親会社を新たに設立する点が異なります。

株式交換が選ばれる理由

株式交換は、近年の税制改正による緩和などもあって、子会社を買収するM&A手法として広まりつつあります。いろいろな買収手法がある中で、株式交換が選ばれる理由は主に以下の3つです。

【株式交換が選ばれる理由】

  • 現金を支払わずに会社を買収できる
  • 株主全員の同意を得なくても実施できる
  • 子会社の独立性を維持できる

現金を支払わずに会社を買収できる

株式交換は、親会社が現金を支払わずに子会社を買収できるのがメリットです。子会社に交付する親会社の株式は、すでに発行済みの株式でも新株を発行してかまいません。ただし、あまり新株を発行しすぎると、親会社の株価が下がってしまうリスクもあります。

親会社の株式以外にも、親会社のそのまた親会社の株式を、子会社に交付して株式交換することも可能です(三角株式交換)。これは海外の企業を買収するクロスボーダーM&Aでよく使われます。

近年の税制改正により、株式だけでなく一部現金を子会社に交付することも可能になりました。親会社が子会社に交付する対価に関して、以前より柔軟性が高くなっています。

株主全員の同意を得なくても実施できる

株式交換は、株主総会の特別決議、すなわち議決権の3分の2以上の賛成があれば実施できます。つまり、一部の株主が反対していても、大多数の賛成によって迅速な経営判断を下せる点が大きなメリットです。

少数株主の株式を強制的に取得する他の方法には「株式等売渡請求(特別支配株主による株式売渡請求)」がありますが、これは議決権の90%以上を保有する株主のみが行使できます。これと比較すると、株式交換はより少ない持株比率で完全子会社化(スクイーズアウト)を実現できる手法といえます。

もし当初の持株比率が3分の2に満たない場合でも、先にTOB(株式公開買付け)を実施して株式を買い集め、その後に株式交換を行う二段階買収という手法も可能です。
 

子会社の独立性を維持できる

企業を買収すると、それをよしとしない従業員がやめてしまったり、取引先が取引をやめてしまったりするケースもあります。

株式交換では子会社の株主が変わるだけなので、買収前に持っていた会社の独立性を維持でき、従業員や取引先の抵抗感を抑えることが可能です。

2. 株式交換のメリット・デメリットと実施する際の注意点

株式交換は多くのメリットがある一方で、デメリットや注意すべき点も存在します。円滑に手続きを進めるために、双方の側面を正しく理解しておきましょう。

株式交換の主なメリット

株式交換がM&Aの手法として選ばれる主なメリットは以下の3つです。

  • 買収資金が不要:親会社の株式を対価とするため、多額の現金を用意する必要がありません。
  • 迅速な経営統合:株主総会の特別決議で進められるため、株主全員の同意が不要です。これにより、迅速な意思決定と経営統合が可能になります。
  • 子会社の独立性維持:子会社の法人格は存続するため、組織文化や従業員の雇用を維持しやすく、統合後の混乱を最小限に抑えられます。

株式交換の主なデメリット

一方で、株式交換には以下のようなデメリットも考えられます。

  • 親会社の株価下落リスク:対価として新株を大量に発行すると、1株あたりの価値が希薄化し、株価が下落する可能性があります。
  • 株主構成の変化:親会社の株主が増えることで、経営権に影響が出たり、既存株主の持株比率が低下したりする場合があります。
  • 複雑な手続きと税務:株式交換は会社法に定められた手続きが必要であり、税務処理も複雑です。専門的な知識がなければ、想定外の課税リスクが生じることもあります。

株式交換を実施する際の注意点

株式交換を行う際は、特に以下の点に注意が必要です。

  • 株式の交換比率の算定:親会社と子会社の株式の交換比率を公正に算定する必要があります。算定が不適切だと、どちらかの株主が不利益を被り、トラブルの原因となります。
  • 債権者保護手続き:株式交換によって資本金や準備金が減少する場合など、一定のケースでは債権者保護手続きが求められます。
  • 反対株主への対応:株式交換に反対する株主には、株式買取請求権が認められています。会社は、反対株主が保有する株式を公正な価格で買い取る必要があります。

3. 株式交換における税務の基本|適格・非適格の違い

株式交換は親会社と子会社の間で行われるものですが、お互いの株式を交換するため株式を持っている株主も株式交換の当事者です。株式交換の税務を考えるときは、親会社・子会社・親会社の株主・子会社の株主といった四者の立場を考える必要があります。株式交換には税制上の優遇を受けられる「適格株式交換」と、優遇措置のない「非適格株式交換」があります。

この章では、適格株式交換と非適格株式交換、親会社と子会社、親会社の株主と子会社の株主というそれぞれの立場やケースについて、押さえておきたい税務のポイントを見ましょう。

適格株式交換と非適格株式交換

株式交換に伴う課税関係は、「適格株式交換」に該当するか「非適格株式交換」に該当するかで大きく異なります。適格株式交換とは、法人税法で定められた一定の要件(適格要件)を満たす株式交換を指し、これを満たさないものが非適格株式交換となります。

適格株式交換と判定されると、資産の移転を簿価で行い、譲渡損益の課税が繰り延べられるなど、税制上の優遇措置を受けられます。これにより、基本的には課税負担なく組織再編を進めることが可能です。

適格要件は、株式交換前の支配関係(完全支配関係、50%超の支配関係、共同事業)に応じて詳細に定められており、一般的に支配関係が弱いほど、満たすべき要件は厳しくなります。


【適格株式交換と非適格株式交換での課税】

  課税
適格株式交換 課税なし
非適格株式交換 課税あり(完全子会社・完全子会社の株主)

【適格要件を満たすための条件】
適格要件 完全支配関係(支配率100%) 支配関係(支配率50%以上) 共同事業目的(支配率50%未満)
(完全)支配関係の継続
株式以外の不交付
従業員の引き継ぎ
事業の継続
事業の関連性
株式の継続保有
規模・経営参画

適格・非適格株式交換の判定基準

適格株式交換は適格要件に当てはまる場合、非適格株式交換は適格要件に当てはまらない場合です。適格要件の要件は、株式交換直前の株式保有関係や株式交換後の株主・子会社運営見込みによって詳細に決まっていますが、だいたい次のケースで適格株式交換として扱われます。

  • 同一グループ内における企業の資本組み替え
  • 子会社の完全子会社化
  • 同等規模の会社同士の株式交換
  • 企業融合手段での株式交換
  • スクイーズアウトでの株式交換

【関連】株式交換の適格要件とは?適格要件の税制改正に関しても解説!

完全親会社と完全子会社

適格株式交換・非適格株式交換どちらの場合でも、完全親会社に税金はかかりません。完全子会社には、非適格株式交換で課税が発生することがあります。

完全親会社か完全子会社かによって、発生する税務が変わってくるのがポイントです。

【完全親会社と完全子会社に対する課税】

  課税
完全親会社 課税なし
完全子会社 課税あり(非適格株式交換の場合)

親会社・子会社の株主

適格株式交換・非適格株式交換どちらの場合も、親会社の株主に税金はかかりません。子会社の株主は、非適格株式交換で課税が発生することがあります。

子会社の株主も適格株式交換なら課税されず、非適格株式交換でも課税されないケースがあるでしょう。

【親会社・子会社の株主に対する課税】

  課税
親会社の株主 課税なし
子会社の株主 課税あり(非適格株式交換の場合)

4. 株式交換で発生する可能性のある税金

この章では、適格株式交換と非適格株式交換それぞれの場合について、株式交換の際に発生する税務・税金を簡潔に解説し、株式譲渡との関連性がわかりにくい消費税、資本金が増えたときの登録免許税も簡単に紹介します。

適格株式交換の場合

適格株式交換の場合、完全親会社・完全子会社およびそれらの株主に、課税は発生しません。株式交換を実施するときは、できるだけ適格要件を満たしたうえで、適格株式交換を実施するのが基本です。

【適格株式交換で課税が発生する者】

  • なし

非適格株式交換の場合

適格株式交換では完全親会社・完全子会社およびそれらの株主に課税は発生しませんが、非適格株式交換の場合は、完全子会社とその株主に課税が発生するケースがあります。

必ず課税が発生するわけではなく、条件によっては完全子会社・完全子会社の株主も課税されないケースがあります。完全親会社と完全親会社の株主は、非適格株式交換でも税金がかかりません。

【非適格株式交換で課税が発生する者】

  • 完全子会社
  • 完全子会社の株主

消費税について

株式の譲渡は消費税の非課税取引に該当するため、株式交換そのものに消費税は課されません。しかし、消費税の納税額を計算する際に用いる「課税売上割合」に影響を与える可能性があります。

課税売上割合が低下すると、仕入税額控除として控除できる金額が減少し、結果的に納付する消費税額が増加するケースがあるため注意が必要です。

【関連】株式譲渡・有価証券売却に消費税はかかる?計算方法、仕訳も解説| M&A・事業承継ならM&A総合研究所

登録免許税について

株式交換の対価として親会社が新株を発行し、その結果として資本金が増加した場合には、変更登記が必要です。この際、増加した資本金の額に対して0.7%(最低3万円)の登録免許税が課されます。

なお、自己株式を対価として交付するなど、資本金が増加しないケースでは登録免許税は発生しません。
 

5. 株式交換の税務の実務

この章では、株式交換で実際にどのような税金がかかるのか、株式交換における税務の実務を見ましょう。株式交換で完全親会社・完全親会社の株主・完全子会社・完全子会社の株主に発生する税金は下表になり、適格株式交換では課税が発生しないのに対し、非適格株式交換では、完全子会社と完全子会社の株主に課税が発生します。

ただし、課税は必ず発生するわけではなく、条件によっては非適格株式交換でも発生しないケースがあります。

【株式交換で発生する課税の有無】

  適格株式交換 非適格株式交換
完全親会社 課税なし 課税なし
完全親会社の株主 課税なし 課税なし
完全子会社 課税なし 課税あり(時価評価課税)
完全子会社の株主 課税なし 課税あり(譲渡損益)

適格株式交換の場合

適格株式交換では、完全親会社・完全親会社の株主・完全子会社・完全子会社の株主いずれも課税は発生しません。ただし、取得価額の算出など、実務上の注意点があることを覚えておきましょう。

完全親会社

適格株式交換において、完全親会社に課税される税金はありません。子会社の株主が50人未満の場合と50人以上の場合で、子会社株式の取得価額の算出方法が異なります。

子会社の株主が50人未満の場合

子会社の株主数が50人未満の場合は、株主一人ひとりの子会社株式における帳簿価額を調べ、それらを合計した額が取得価額です。

子会社の株主が50人以上の場合

子会社の株主数が50人以上の場合は、株主の帳簿価額を全て調べるのは手間がかかるため、前期末期の簿価純資産価額をもとに取得価額を算出します。

以前は、株式交換する直前の簿価純資産価額を改めて計算する必要がありましたが、税制改正により前期末期の簿価純資産価額を使用できるようになりました。

完全子会社

適格株式交換において、完全子会社に対する課税は発生しません。非適格株式交換では完全子会社に対して課税されるので、完全子会社が非課税になることは、適格株式交換におけるメリットの一つといえます。

完全親会社の株主

株式交換は完全子会社の株主が持っている株式と、完全親会社の株式を交換するので、完全親会社の株主は株式交換前と後で何も変化がありません。

したがって、適格株式交換において、完全親会社の株主に税金は課せられません。

完全子会社の株主

完全子会社の株主は、非適格株式交換の場合に税金がかかるケースがありますが、適格株式交換では税金はかかりません。

非適格株式交換の場合

非適格株式交換では、完全子会社と完全子会社の株主に課税が発生するケースがあります。完全親会社における取得価額の算出方法が、適格株式交換のときと異なるのが注意点です。

完全親会社

非適格株式交換の場合も適格株式交換のときと同様、完全親会社に税金はかかりません。完全子会社株式の取得価額は時価で算定されます。帳簿価額や簿価純資産価額を使用した適格株式交換のときと、算定方法が異なるのが注意点です。

適格株式交換では、子会社の株主数が50人未満か50人以上かで算定方法が異なりましたが、非適格株式交換の場合は、子会社の株主数に関係なく時価で算定します。

【完全親会社が完全子会社株式を取得する際の取得価額の算定方法】

  算定方法
適格株式交換 帳簿価額・簿価純資産価額
非適格株式交換 時価

完全子会社

適格株式交換では完全子会社に課税されませんが、非適格株式交換では一部の資産を時価評価して課税されます。株式交換は、子会社にとって株主が変わるだけなので課税されないように見えますが、実際は非適格株式交換のときのみ課税が発生するので注意しましょう。

【時価評価課税の対象となる資産】

  • 固定資産(土地や建物など)
  • 有価証券(売買目的のものを除く)
  • 金銭債権(手形や売掛金など)
  • 繰延資産

完全親会社の株主

非適格株式交換の場合も適格株式交換と同様、完全親会社の株主に税金は課せられません。

完全子会社の株主

非適格株式交換では、完全子会社の株主が対価として完全親会社の株式以外に現金を得たときに、譲渡損益が発生します。完全親会社の株式のみを得た場合は、非適格株式交換でも税金はかかりません。

完全親会社から交付された対価(完全親会社の株式と現金の価額)と、親会社に譲渡した完全子会社株式の時価を比べて、完全親会社から交付された対価のほうが高い場合はその差額に税金が課せられます。

課せられる税金の種類は、完全子会社の株主が個人の場合は所得税、法人の場合は法人税です。法人税は他の事業所得と損益通算します。

【非適格株式交換における完全子会社の株主に対する課税】

完全親会社から受け取る対価 課せられる税金
株式のみ なし
金銭を含む 所得税・法人税

6. 株式交換の手続きと税務申告に必要な書類

株式交換に際しては、以下に記載した書類が必要です。債権者保護手続きが必要な場合や、親会社と子会社の管轄法務局が違う場合などには、別途関係書類が必要になるケースもあります。

株式交換において完全親会社が株式のみを交付した場合は、資本金が増減しないので登記は必要ありません。

【株式交換の手続きに必要な書類】

  • 株式交換契約書
  • 事前開示書類
  • 株券等提出公告と株主への通知
  • 株主総会招集通知
  • 事後開示書類

【株式交換の登記に必要な書類】
  • 株式交換契約書
  • 株主総会議事録
  • 株券提供公告の実施を証明する書類
  • 資本金の計上証明書
  • 株主名簿
  • 子会社の印鑑証明書
  • 司法書士への委任状

【関連】株式交換の法務手続きまとめ!期間やスケジュールはどれぐらい?【図解あり】| M&A・事業承継ならM&A総合研究所

7. 適格株式交換と判定されるための主要要件

株式交換では、税制上有利な適格株式交換を実施するために、適格要件を満たすことが重要です。この章では、完全支配関係・支配関係・共同事業目的それぞれの場合について、必要となる適格要件を見ましょう。

【適格要件を満たすための条件】

適格要件 完全支配関係(支配率100%) 支配関係(支配率50%以上) 共同事業目的(支配率50%未満)
(完全)支配関係の継続
株式以外の不交付
従業員の引き継ぎ
事業の継続
事業の関連性
株式の継続保有
規模・経営参画

完全支配関係での要件

完全支配関係での適格要件は、株式交換後も完全支配関係が継続すること、親会社から子会社の株主に交付される対価は親会社の株式のみであることの2つです。

株式以外の不交付は、税制改正で条件によっては現金を交付してもよいと制度が変更されています。

【完全支配関係での要件】

  • 完全支配関係の継続
  • 株式以外の不交付

支配関係での要件

支配関係での適格要件は以下の4つです。完全支配関係のときと同じ2つの要件に加え、完全子会社の従業員が株式交換後も引き続き従事すること、株式交換前に行っていた事業が株式交換後も継続されることといった条件があります。

従業員の引き継ぎは、おおむね80%以上の従業員が引き続き完全子会社で働く見込みであることが、条件です。

【支配関係での要件】

  • 支配関係の継続
  • 株式以外の不交付
  • 従業員の引き継ぎ
  • 事業の継続

共同事業目的での要件

共同事業目的での適格要件は以下の7つです。支配関係の4つの要件に加えて、さらに3つの要件が追加されます。

【共同事業目的での要件】

  • 支配関係の継続
  • 株式以外の不交付
  • 従業員の引き継ぎ
  • 事業の継続
  • 事業の関連性
  • 株式の継続保有
  • 規模、もしくは経営参画

「事業の関連性」は、親会社と子会社の事業が互いに関連している要件です。複数の事業がある場合は、そのうちの一つに関連性があれば十分です。

「株式の継続保有」は、対価として交付された完全親会社の株式を、子会社の旧株主が継続して保有する見込みであるという要件になります。全ての株主が保有する必要はなく、最低50%以上が継続保有されれば適格要件を満たせる可能性があります。

「規模、もしくは経営参画」は、完全親会社と完全子会社の規模が5倍以内であること、または完全子会社の役員が株式交換後もやめずに経営に参加することの、どちらか一つを満たさなければなりません。

【関連】株式交換の適格要件とは?適格要件の税制改正に関しても解説!

8. 株式交換における仕訳と会計処理

株式交換により財産が増減して簿記上の取引が発生した場合は、それを仕訳して会計処理しなければなりません。この章では、株式交換の仕訳・会計処理を簡潔に説明します。

【株式交換における仕訳・会計処理の有無】

対象者 仕訳の有無
完全親会社 仕訳あり
完全子会社 仕訳なし
完全親会社の株主 仕訳なし
完全子会社の株主 仕訳あり

完全親会社の仕訳・会計処理

完全親会社の株式交換の仕訳・会計処理は、企業会計基準委員会が公表している「企業結合に関する会計基準」「企業結合会計基準及び事業分離等会計基準に関する適用指針」に従います。

これらの基準・指針にない取引は、別途「金融商品に関する会計基準」などを参考に仕訳しましょう。

【完全親会社が仕訳・会計処理で従う基準・指針】

  • 企業結合に関する会計基準
  • 企業結合会計基準及び事業分離等会計基準に関する適用指針

完全子会社の仕訳・会計処理

完全子会社は、株式交換によって株主が変わるだけなので仕訳は生じません。

完全親会社の株主の仕訳・会計処理

完全親会社の株主も株式交換で何ら変化がないので、基本的に仕訳は生じません。

完全子会社の株主の仕訳・会計処理

完全子会社の株主の仕訳・会計処理は、企業会計基準委員会が公表している「事業分離等に関する会計基準」「企業結合会計基準及び事業分離等会計基準に関する適用指針」に従います。

これらの基準・指針にない取引は、別途「金融商品に関する会計基準」などを参考に仕訳しましょう。

【完全子会社の株主が仕訳・会計処理で従う基準・指針】

  • 事業分離等に関する会計基準
  • 企業結合会計基準及び事業分離等会計基準に関する適用指針

9. 株式交換における繰越欠損金の取り扱い

この章では、株式交換と繰越欠損金を見ましょう。繰越欠損金とは、過去に生じた損失をいいます。当事各社が持っていた繰越欠損金は、適格株式交換でも非適格株式交換でも、引き続きその会社で用いることが可能です。

10. 株式交換の税務は専門家への相談が重要

株式交換の税務は複雑なので、会計士・税理士など専門家のサポートを受けることをおすすめします。株式交換によるM&Aの相談先をお探しの際は、ぜひM&A総合研究所へお任せください。M&A総合研究所では、株式交換によるM&Aに精通したM&Aアドバイザーが案件をフルサポートします。

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11. 株式交換の税務・税金まとめ

株式交換の税務は複雑であるため、ほとんどの場合、会計士や税理士など専門家の助けを借りることになります。しかし、経営者自身も株式交換の税務に関する知識を身に付けておくことが重要です。

株式交換の税務を理解して、納得のいく株式交換が実施できるように備えましょう。

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