株式交換の税務・税金まとめ！税務の実務に関しても解説！

株式交換とは、親会社が子会社の株式を全て取得し、完全な支配関係を作るためのM&A手法の一つです。子会社の株式を現金で買い上げるのではなく、親会社の株式と交換することから株式交換と呼ばれています。

似た手法に株式移転がありますが、株式交換は親会社が存在しているのに対し、株式移転は親会社を新たに設立する点が異なります。

株式交換は、近年の税制改正による緩和などもあって、子会社を買収するM&A手法として広まりつつあります。いろいろな買収手法がある中で、株式交換が選ばれる理由は主に以下の3つです。

【株式交換が選ばれる理由】

• 現金を支払わずに会社を買収できる
• 株主全員の同意を得なくても実施できる
• 子会社の独立性を維持できる

株式交換は、親会社が現金を支払わずに子会社を買収できるのがメリットです。子会社に交付する親会社の株式は、すでに発行済みの株式でも新株を発行してかまいません。ただし、あまり新株を発行しすぎると、親会社の株価が下がってしまうリスクもあります。

親会社の株式以外にも、親会社のそのまた親会社の株式を、子会社に交付して株式交換することも可能です（三角株式交換）。これは海外の企業を買収するクロスボーダーM&Aでよく使われます。

近年の税制改正により、株式だけでなく一部現金を子会社に交付することも可能になりました。親会社が子会社に交付する対価に関して、以前より柔軟性が高くなっています。

株式交換は、株主の議決権における3分の2以上の賛成があれば実施可能です。3分の1未満の議決権の反対があっても、その反対を押し切って株式交換を実行できます。

少数株主の保有株式を強制的に取得する方法として、他に「株式等売渡請求」がありますが、これは議決権の90%以上を持つ株主しか実行できません。それに比べると、株式交換はかなり敷居が低い取得方法といえます。

仮に3分の2以上の賛成が得られそうにない場合、まずTOB（公開買い付け）で3分の2以上の議決権を得てから、改めて株式交換を実施することも可能です。

企業を買収すると、それをよしとしない従業員がやめてしまったり、取引先が取引をやめてしまったりするケースもあります。

株式交換では子会社の株主が変わるだけなので、買収前に持っていた会社の独立性を維持でき、従業員や取引先の抵抗感を抑えることが可能です。

株式交換は親会社と子会社の間で行われるものですが、お互いの株式を交換するため株式を持っている株主も株式交換の当事者です。株式交換の税務を考えるときは、親会社・子会社・親会社の株主・子会社の株主といった四者の立場を考える必要があります。株式交換には税制上の優遇を受けられる「適格株式交換」と、優遇措置のない「非適格株式交換」があります。

この章では、適格株式交換と非適格株式交換、親会社と子会社、親会社の株主と子会社の株主というそれぞれの立場やケースについて、押さえておきたい税務のポイントを見ましょう。

株式交換でかかる税金は、適格株式交換か非適格株式交換かで変わります。適格株式交換とは「適格要件」という一定の条件を満たす株式交換のことで、適格要件を満たさない株式交換は非適格株式交換です。適格株式交換は税制面で非適格株式交換より優遇されており、基本的には課税なしで組織再編できます。

適格要件をまとめると下表になりますが、親会社が子会社をどれくらい支配しているかによって、必要となる要件が変わってくるのが注意点です。支配率が低いほど条件が厳しくなります。

【適格株式交換と非適格株式交換での課税】

適格株式交換は適格要件に当てはまる場合、非適格株式交換は適格要件に当てはまらない場合です。適格要件の要件は、株式交換直前の株式保有関係や株式交換後の株主・子会社運営見込みによって詳細に決まっていますが、だいたい次のケースで適格株式交換として扱われます。

• 同一グループ内における企業の資本組み替え
• 子会社の完全子会社化
• 同等規模の会社同士の株式交換
• 企業融合手段での株式交換
• スクイーズアウトでの株式交換

適格株式交換・非適格株式交換どちらの場合でも、完全親会社に税金はかかりません。完全子会社には、非適格株式交換で課税が発生することがあります。

完全親会社か完全子会社かによって、発生する税務が変わってくるのがポイントです。

【完全親会社と完全子会社に対する課税】

適格株式交換・非適格株式交換どちらの場合も、親会社の株主に税金はかかりません。子会社の株主は、非適格株式交換で課税が発生することがあります。

子会社の株主も適格株式交換なら課税されず、非適格株式交換でも課税されないケースがあるでしょう。

【親会社・子会社の株主に対する課税】

この章では、適格株式交換と非適格株式交換それぞれの場合について、株式交換の際に発生する税務・税金を簡潔に解説し、株式譲渡との関連性がわかりにくい消費税、資本金が増えたときの登録免許税も簡単に紹介します。

適格株式交換の場合、完全親会社・完全子会社およびそれらの株主に、課税は発生しません。株式交換を実施するときは、できるだけ適格要件を満たしたうえで、適格株式交換を実施するのが基本です。

【適格株式交換で課税が発生する者】

• なし

適格株式交換では完全親会社・完全子会社およびそれらの株主に課税は発生しませんが、非適格株式交換の場合は、完全子会社とその株主に課税が発生するケースがあります。

必ず課税が発生するわけではなく、条件によっては完全子会社・完全子会社の株主も課税されないケースがあります。完全親会社と完全親会社の株主は、非適格株式交換でも税金がかかりません。

【非適格株式交換で課税が発生する者】

• 完全子会社
• 完全子会社の株主

株式の譲渡自体に消費税は課せられませんが、決算で納税する消費税額を算出するときに、株式の譲渡額が関係してきます。これにより、株式交換を行うと納税する消費税額が増えることがあります。

株式交換により会社の資本金が増加すると、資本金の増加登記をしなければなりません。資本金の増加登記には、増加した資本金における0.7%の登録免許税がかかります。

この章では、株式交換で実際にどのような税金がかかるのか、株式交換における税務の実務を見ましょう。株式交換で完全親会社・完全親会社の株主・完全子会社・完全子会社の株主に発生する税金は下表になり、適格株式交換では課税が発生しないのに対し、非適格株式交換では、完全子会社と完全子会社の株主に課税が発生します。

ただし、課税は必ず発生するわけではなく、条件によっては非適格株式交換でも発生しないケースがあります。

【株式交換で発生する課税の有無】

適格株式交換では、完全親会社・完全親会社の株主・完全子会社・完全子会社の株主いずれも課税は発生しません。ただし、取得価額の算出など、実務上の注意点があることを覚えておきましょう。

適格株式交換において、完全親会社に課税される税金はありません。子会社の株主が50人未満の場合と50人以上の場合で、子会社株式の取得価額の算出方法が異なります。

子会社の株主数が50人未満の場合は、株主一人ひとりの子会社株式における帳簿価額を調べ、それらを合計した額が取得価額です。

子会社の株主数が50人以上の場合は、株主の帳簿価額を全て調べるのは手間がかかるため、前期末期の簿価純資産価額をもとに取得価額を算出します。

以前は、株式交換する直前の簿価純資産価額を改めて計算する必要がありましたが、税制改正により前期末期の簿価純資産価額を使用できるようになりました。

適格株式交換において、完全子会社に対する課税は発生しません。非適格株式交換では完全子会社に対して課税されるので、完全子会社が非課税になることは、適格株式交換におけるメリットの一つといえます。

株式交換は完全子会社の株主が持っている株式と、完全親会社の株式を交換するので、完全親会社の株主は株式交換前と後で何も変化がありません。

したがって、適格株式交換において、完全親会社の株主に税金は課せられません。

完全子会社の株主は、非適格株式交換の場合に税金がかかるケースがありますが、適格株式交換では税金はかかりません。

非適格株式交換では、完全子会社と完全子会社の株主に課税が発生するケースがあります。完全親会社における取得価額の算出方法が、適格株式交換のときと異なるのが注意点です。

非適格株式交換の場合も適格株式交換のときと同様、完全親会社に税金はかかりません。完全子会社株式の取得価額は時価で算定されます。帳簿価額や簿価純資産価額を使用した適格株式交換のときと、算定方法が異なるのが注意点です。

適格株式交換では、子会社の株主数が50人未満か50人以上かで算定方法が異なりましたが、非適格株式交換の場合は、子会社の株主数に関係なく時価で算定します。

【完全親会社が完全子会社株式を取得する際の取得価額の算定方法】

適格株式交換では完全子会社に課税されませんが、非適格株式交換では一部の資産を時価評価して課税されます。株式交換は、子会社にとって株主が変わるだけなので課税されないように見えますが、実際は非適格株式交換のときのみ課税が発生するので注意しましょう。

【時価評価課税の対象となる資産】

• 固定資産（土地や建物など）
• 有価証券（売買目的のものを除く）
• 金銭債権（手形や売掛金など）
• 繰延資産

非適格株式交換の場合も適格株式交換と同様、完全親会社の株主に税金は課せられません。

非適格株式交換では、完全子会社の株主が対価として完全親会社の株式以外に現金を得たときに、譲渡損益が発生します。完全親会社の株式のみを得た場合は、非適格株式交換でも税金はかかりません。

完全親会社から交付された対価（完全親会社の株式と現金の価額）と、親会社に譲渡した完全子会社株式の時価を比べて、完全親会社から交付された対価のほうが高い場合はその差額に税金が課せられます。

課せられる税金の種類は、完全子会社の株主が個人の場合は所得税、法人の場合は法人税です。法人税は他の事業所得と損益通算します。

【非適格株式交換における完全子会社の株主に対する課税】

株式交換に際しては、以下に記載した書類が必要です。債権者保護手続きが必要な場合や、親会社と子会社の管轄法務局が違う場合などには、別途関係書類が必要になるケースもあります。

株式交換において完全親会社が株式のみを交付した場合は、資本金が増減しないので登記は必要ありません。

【株式交換の手続きに必要な書類】

• 株式交換契約書
• 事前開示書類
• 株券等提出公告と株主への通知
• 株主総会招集通知
• 事後開示書類

• 株式交換契約書
• 株主総会議事録
• 株券提供公告の実施を証明する書類
• 資本金の計上証明書
• 株主名簿
• 子会社の印鑑証明書
• 司法書士への委任状

株式交換では、税制上有利な適格株式交換を実施するために、適格要件を満たすことが重要です。この章では、完全支配関係・支配関係・共同事業目的それぞれの場合について、必要となる適格要件を見ましょう。

【適格要件を満たすための条件】

完全支配関係での適格要件は、株式交換後も完全支配関係が継続すること、親会社から子会社の株主に交付される対価は親会社の株式のみであることの2つです。

株式以外の不交付は、税制改正で条件によっては現金を交付してもよいと制度が変更されています。

【完全支配関係での要件】

• 完全支配関係の継続
• 株式以外の不交付

支配関係での適格要件は以下の4つです。完全支配関係のときと同じ2つの要件に加え、完全子会社の従業員が株式交換後も引き続き従事すること、株式交換前に行っていた事業が株式交換後も継続されることといった条件があります。

従業員の引き継ぎは、おおむね80%以上の従業員が引き続き完全子会社で働く見込みであることが、条件です。

【支配関係での要件】

• 支配関係の継続
• 株式以外の不交付
• 従業員の引き継ぎ
• 事業の継続

共同事業目的での適格要件は以下の7つです。支配関係の4つの要件に加えて、さらに3つの要件が追加されます。

【共同事業目的での要件】

• 支配関係の継続
• 株式以外の不交付
• 従業員の引き継ぎ
• 事業の継続
• 事業の関連性
• 株式の継続保有
• 規模、もしくは経営参画

株式交換により財産が増減して簿記上の取引が発生した場合は、それを仕訳して会計処理しなければなりません。この章では、株式交換の仕訳・会計処理を簡潔に説明します。

【株式交換における仕訳・会計処理の有無】

完全親会社の株式交換の仕訳・会計処理は、企業会計基準委員会が公表している「企業結合に関する会計基準」「企業結合会計基準及び事業分離等会計基準に関する適用指針」に従います。

これらの基準・指針にない取引は、別途「金融商品に関する会計基準」などを参考に仕訳しましょう。

【完全親会社が仕訳・会計処理で従う基準・指針】

• 企業結合に関する会計基準
• 企業結合会計基準及び事業分離等会計基準に関する適用指針

完全子会社は、株式交換によって株主が変わるだけなので仕訳は生じません。

完全親会社の株主も株式交換で何ら変化がないので、基本的に仕訳は生じません。

完全子会社の株主の仕訳・会計処理は、企業会計基準委員会が公表している「事業分離等に関する会計基準」「企業結合会計基準及び事業分離等会計基準に関する適用指針」に従います。

これらの基準・指針にない取引は、別途「金融商品に関する会計基準」などを参考に仕訳しましょう。

【完全子会社の株主が仕訳・会計処理で従う基準・指針】

• 事業分離等に関する会計基準
• 企業結合会計基準及び事業分離等会計基準に関する適用指針

この章では、株式交換と繰越欠損金を見ましょう。繰越欠損金とは、過去に生じた損失をいいます。当事各社が持っていた繰越欠損金は、適格株式交換でも非適格株式交換でも、引き続きその会社で用いることが可能です。

株式交換の税務は複雑なので、会計士・税理士など専門家のサポートを受けることをおすすめします。株式交換によるM&Aの相談先をお探しの際は、ぜひM&A総合研究所へお任せください。M&A総合研究所では、株式交換によるM&Aに精通したM&Aアドバイザーが案件をフルサポートします。

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株式交換の税務は複雑であるため、ほとんどの場合、会計士や税理士など専門家の助けを借りることになります。しかし、経営者自身も株式交換の税務に関する知識を身に付けておくことが重要です。

株式交換の税務を理解して、納得のいく株式交換が実施できるように備えましょう。