株式譲渡の税務の扱いは？譲渡益についてや注意点から税金対策まで解説！

株式譲渡とは、買い手に株式を売却することで会社の経営権を譲り渡すM&A手法です。手続きが簡単で売り手は手軽に現金を手にできること、株主が変わること以外に大きな変化がないので取引先や従業員に混乱が起こりにくいことなどがメリットになります。

一方で、全ての債権と債務がそのまま引き継がれるため、譲渡後に簿外債務が発覚するなどのトラブルが起こる可能性がある点がデメリットです。

上場株式を取得する場合、TOB（Take Over Bit＝株式公開買付け）や市場買付けなどの手法を使うことになります。TOBというと敵対的買収のイメージが強いですが、友好的買収にもTOBは有効な方法です。

市場買付けはTOBよりもシンプルな方法ですが、あまり大量の買付けを行うと株価が乱高下するリスクがあります。

非上場株式はTOBや市場買付けができないため、譲渡方法は必然的に相対取引です。中小企業などで経営者が株式のほとんどを保有している場合は手続きを比較的スムーズに進められますが、株主が複数に分散している場合は交渉手続きに時間がかかることがあります。

総合課税は、個人の所得についてさまざまな種類の所得を合算し、その合計額から所得税額を算出します。これに対して、他の所得と合算せず分離して課税する制度が分離課税です。分離課税は、源泉徴収される源泉分離課税と、自分で確定申告して納税する申告分離課税に分けられます。

所得税法では、所得の種類を分類しており、それは利子所得・配当所得・不動産所得・事業所得・給与所得・退職所得・山林所得・譲渡所得・一時所得の9種類です。これらは、総合課税・分離課税・どちらにもなり得るもの・どちらの課税方式にするか選択できるものがあります。

この章では、所得税法で定められる9つの所得のうち、総合課税の対象となる所得の一覧を解説します。ただし、必ず総合課税になるものだけでなく、条件次第で分離課税になるものも含めた説明です。

利子所得とは、預貯金や公社債の利子および公社債投資信託など、一部の投資信託の収益のことです。利子所得は多くの場合、分離課税ですが、源泉徴収ができない海外の預貯金の利子など一部の利子所得は総合課税となります。

配当所得とは、株や投資信託などの配当として得た所得のことです。利益の配当以外に剰余金の分配も配当所得に含まれますが、投資信託は、公社債投資信託などの配当が利子所得として扱われる一部の投資信託を除きます。

配当所得は、上場株式の配当を除き原則として総合課税です。また、配当額が一定額以下の場合は、確定申告をしなくてもよい「確定申告不要制度」もあります。

不動産所得とは、土地や建物など不動産の賃貸で得た所得のことです。土地や建物だけでなく、船舶や航空機の賃貸による収入も不動産所得に含まれます。不動産所得は全て総合課税です。

事業所得とは、製造業・サービス業などの事業で得た所得をさします。事業所得は一部の例外を除き、原則として総合課税です。ただし、不動産の貸し付けは、たとえ事業目的であったとしても不動産所得に分類され、山林の譲渡は山林所得に分類されます。

給与所得とは、会社や個人事業主に雇用されている従業員が労働の対価として得る所得をいいます。給与所得は全て総合課税です。会社員やアルバイトの給料は、この給与所得に該当します。

また、賞与は給与所得に含まれますが、退職金は退職所得という別の区分です。このように、雇用主から受け取る報酬の区分によって、給与所得に当てはまるかどうか変わってくる部分もあるので、注意が必要になります。

譲渡所得とは、土地や建物・株式などを譲り渡して得た所得です。山林の譲渡は譲渡所得にならず、山林所得という別の区分になります。土地・建物・株式以外の譲渡（ゴルフ会員権や骨とう品など）は総合課税になりますが、衣類や家具など生活必需品の譲渡は原則として非課税です。

一時所得とは、一時的な所得のうち、労働の対価や資産の譲渡ではないもの、営利目的でない行為から得られた所得です。たとえば、競輪や競馬を当てたときの払戻金、生命保険や損害保険の一時金や満期返還金、落とし物を拾ったときに落とし主からもらった報労金などが該当します。

一部の例外を除き、一時所得は総合課税です。一時所得は他の所得と違い、所得の全額ではなく2分の1のみを総所得に加えるという特徴があります。

雑所得とは、所得税法で定められている所得のうち、どの所得にも属さない所得のことです。一例としては、公的年金・執筆や講演などで得た一時的な所得・仮想通貨やFXなどで得た利益・ネットオークションで物を売って得た利益などがあります。

雑所得は、源泉分離課税される一部の例外を除き、原則として総合課税です。

続いて、前述の総合課税の所得の中から、条件次第で総合課税にならないものを紹介します。申告分離課税になるもの・源泉分離課税になるもの・総合課税か分離課税か選択できるものなど、ひと口に分離課税といっても種類があるので注意が必要です。

最も身近な利子所得である預貯金の利子をはじめ、公社債の利子・公社債投資信託の収益など、ほとんどの利子所得は分離課税です。利子所得は原則として源泉分離課税ですが、特定公社債の利子など、申告分離課税か源泉分離課税かを選択できる利子所得もあります。

配当所得は原則として総合課税ですが、上場株式の配当のみ、総合課税か申告分離課税かを選べます。また、上場株式の場合、配当の金額によらず確定申告不要制度を利用可能です。

事業所得は原則として総合課税ですが、事業として株式や先物取引をして所得を得た場合、例外的に申告分離課税となります。

譲渡所得は基本的には総合課税ですが、土地や建物、株式の譲渡は申告分離課税となっています。タイミングよく土地や建物の譲渡を行うことで、租税回避に利用されるのを防ぐためです。

一時所得のうち、懸賞金付預貯金の懸賞金・一時払養老保険の差益など一部の所得は源泉分離課税です。申告分離課税や総合課税との選択は不可であるため、これらについて確定申告を行えず、自動的に源泉徴収されて納税完了となります。

雑所得のうち、株取引や先物取引・金融類似商品の利益・原稿料や講演料などは分離課税です。原稿料や講演料などは源泉分離課税ですが、先物取引の所得は申告分離課税となります。

株式譲渡の費用・手数料については、下記の記事でも紹介しています。あわせてご覧ください。

株式譲渡の譲渡益（譲渡所得）は、総合課税ではなく分離課税になるので、株式譲渡によるM&Aを実施する際は、分離課税について理解しておくことが大切です。

しかし、分離課税は総合課税に比べてなじみが薄いので、あまり詳しくない方も多いのではないでしょうか。そこでこの章では、分離課税とは何かについて詳しく解説します。

分離課税とは、総合課税の対象となる所得に合算せず、分離して税額を計算する課税方式のことです。

株式の譲渡益や利子所得といった一時的な収入は、その年の所得を大幅に上げてしまうことがあり、これを総合課税で課税すると税金が高くなり過ぎることがあります。分離課税は、一時的に得た大きな所得によって税金が高くなり過ぎるのを防ぐ制度です。

分離課税はそれぞれ独自の税率が設定されており、総合課税とは税率が異なるのが特徴です。たとえば、株式譲渡の譲渡所得の税率は2022（令和4）年11月現在、一律20.315%で、累進課税の所得税とは全く異なる税率となっています。税率の内訳は以下のとおりです。

• 所得税15%
• 住民税5%
• 復興特別所得税0.315%（2037｟令和19｠年までの時限税）

分離課税は納税方法の違いによって、以下の2つの種類に分けられます。

• 申告分離課税
• 源泉分離課税

申告分離課税は、確定申告で納税する分離課税です。源泉徴収はされないので、自分で申告して納税しなければなりません。たとえば、株式や不動産の譲渡益などは、申告分離課税で納税することになります。

所得を受ける時点で税金が源泉徴収されるのが、源泉分離課税です。こちらは申告分離課税と違って、確定申告をする必要はありません。利子所得や投資信託の収益などは、源泉分離課税で納税されます。

株式譲渡の譲渡益にかかる税率は、上場株式か非上場株式かで違いはありません。譲渡価額から必要経費を引いた譲渡所得に、税金が課されます。ただし、個人と法人では課税内容は異なるものです。

また、譲渡価額が適正価額と異なる場合は課税内容が変わります。状況によって、贈与税やみなし譲渡所得税など、所得税以外の税が課されるケースがあるのです。以下では、譲渡側と譲受側、個人の場合と法人の場合に分けて、株式譲渡の税務を解説します。

まずは、譲渡側、つまり株式を売却する側の税務を、個人の場合と法人の場合に分けて解説します。

個人が株式譲渡する場合、原則として譲渡所得税20.315％がかかります（住民税含む、2022年11月現在）。ただし、適正価額より高く譲渡した場合、その差額分に対して課せられるのは所得税ではなく贈与税です。

法人に対して適正価額より安く譲渡した場合、または個人に対して適正価額の2分の1未満で譲渡した場合は、みなし譲渡所得税が適用され、適正価額で譲渡したときと同じ額の税金が課されます。

法人が株式を譲渡した場合、その譲渡益に対して法人税が課されます。ただし、株式譲渡益単独に課税されるのではなく、他の損益と通算した金額への課税です。法人の場合、適正価額より安く譲渡した場合は、その差額分を損金に算入します。

続いて、譲受側、つまり株式を買う側の税務を、個人の場合と法人の場合に分けて解説します。

個人が株式を譲受する場合、原則として課税はされません。ただし、適正価額より安く譲受した場合は、譲渡側が個人ならみなし贈与税、譲渡側が法人なら所得税が課されます。

法人が株式を譲受した場合、適正価額なら課税はされません。適正価額より安く譲受した場合は、その差額分に対して法人税がかかります。適正価額より高く譲受した場合は、差額分は損金に算入です。

株式譲渡の税金については、下記の記事でも紹介しています。あわせてご覧ください。

外国の上場株式の取引で利益が出た場合、分離課税の扱いです。税率も含め、国内株式の譲渡所得の場合と何ら違いはありません。外国株式で配当金を得た場合の課税は特殊です。まず、当該国の税率で配当金から源泉徴収されます。

そして、外国で源泉徴収されて得た金額に対し、さらに国内でも源泉徴収される二重課税です。ただし、外国税額控除の手続きを取れば現地で源泉徴収された金額を控除できます。

外国株式の譲渡所得は、国内株式取引と同様、原則的に確定申告しなければなりません。ただし、例外的に確定申告不要のケースもありますので、その扱いについては口座を開設している証券会社に個別で問い合わせるといいでしょう。

株式譲渡の譲渡所得があった場合に、確定申告が必要となるのは以下のケースです。

• 給与所得以外に20万円超の譲渡所得がある場合

• 上場株式の売買取引を源泉徴収ありの特定口座で行っている場合

ここまでに、株式譲渡の譲渡益の税務は状況によって変わる部分があるので、注意して正しい方法で計算する必要があることを紹介しました。株式譲渡では、それ以外にも注意すべき点がありますので、特に以下の3点を解説します。

• 譲渡損失を出した際の注意
• みなし配当に関する注意
• M&Aで分散した株式を集めるときの税金

株式譲渡で譲渡損失が出た場合、確定申告で繰越控除の手続きが必要です。繰越控除をすることで、翌年以降3年間、譲渡益を損失と相殺して申告できるようになります。ただし、繰越控除が適用されるのは上場株式の場合だけで、非上場株式には適用されません。

非上場株式でも、「エンジェル税制」の対象となっている企業の場合、特例で損失の繰越控除が受けられる場合があります。エンジェル税制とは、ベンチャー企業を支援するための税制上の優遇措置です。株式譲渡で損失が出たときに、繰越控除ができるかどうか確認しておきましょう。

非上場会社の株主が会社に株式を譲渡した場合、「みなし配当」と呼ばれる所得が生じ、課税の対象となるケースがあるので注意しましょう。みなし配当とは、厳密な意味での配当ではありませんが、事実上、配当とみなされる金銭の授受のことです。

1株当たりの資本金を上回る額で株式を譲渡した場合、上回った分はみなし配当となり課税の対象になります。みなし配当は、非上場株式に適用される課税方式です。上場株式にはみなし配当はなく、通常の譲渡所得が課税されます。

親族などに株式が分散しているときは、M&Aを円滑に行うために前もって株式を買い集めることもあり、買取価格として額面と相続税評価額がよく用いられます。会社設立時に設定した株式発行価格が額面で、ほとんどの場合かなり安価な金額です。

相続税評価額は、理論上、時価に近い額となっています。額面で買い取って時価とかなりの差が出るときは、差額が贈与と見なされて贈与税がかかるケースもあるでしょう。相続税評価額で買い取れば問題はありませんが、買取価格が高額となるのを避けられません。

贈与税を支払っても額面で買い取るほうが全体のコストが低いこともあるので、どちらを選ぶかは専門家に相談して検討することをおすすめします。

株式譲渡の譲渡所得に対する課税額は、制度を活用することで節税できる場合があります。代表的な対策は以下の2つです。

• 株式譲渡の節税方法
• 譲渡損の申告

M&Aでオーナー経営者が自社株式を売却する場合、買い手と交渉して対価の一部は会社からの退職金として受け取ると節税できる場合があります。株式譲渡の対価を全額、通常どおりM&Aの対価として受け取れば、その譲渡所得（利益）に20.315%の課税です。

一方、買い手と同意した株式譲渡の対価について、一部を減額しM&Aの対価として受け取ります。減額した金額分は、売却した元の自社を退職する手当として受け取ると、退職金への課税率は一定額までは20.315%未満の税率であり、その分を節税できるのです。

買い手としては出費額は変わらないので、この支払方法に応じてくれるでしょう。退職金の税率の計算を正確に行わないとうまく節税できないので、この方法を実施する場合は税理士への相談をおすすめします。

上場株式取引を複数の口座で行っている場合、そのうちの1つの口座でも譲渡損が出ているのであれば、確定申告を行うことで節税になります。源泉徴収ありの口座で上場株式を取引している場合、確定申告の必要はありません。

ただし、利益が出た場合に源泉徴収されるだけで、譲渡損のある口座は何もしていない状態です。この場合、譲渡損の口座も含めて確定申告することによって、損益通算された金額に対する課税額が適用されるため、源泉徴収された分から還付を受けられます。

相続または贈与により株式譲渡が行われたときに限り、税金に関する特例が2つあります。

• 事業承継税制
• 取得費加算の特例

相続・贈与による自社株式の譲渡が行われるのは、一般に、前経営者から親族である後継者に事業承継したケースです。この場合、株式を譲渡した側（前経営者）は課税を受けません。課税を受けるのは株式を譲受した側（後継者）で、課される税金は相続税または贈与税です。

事業承継税制を活用すると、後継者は相続税または贈与税の納税猶予措置を受けられ、最終的には免除も可能となります。ただし、そのためには都道府県知事から認可を受けるための手続きを行い、いくつかの経営状態に関する要件を満たさねばなりません。

手続きに関しては、士業事務所などの経営革新等支援機関のサポートを得る必要もあります。該当するケースであれば、中小企業庁のホームページに経営革新等支援機関のリストが公表されているので、一度、いずれかの機関に相談してみるとよいでしょう。

取得費加算の特例とは、相続または遺贈により譲受した株式、土地、建物などの資産を、定められた期限のうちに譲渡した場合に適用される特例です。まず、通常の株式譲渡所得額の計算方法は以下のように決まっています。

• 株式譲渡所得＝譲渡対価－（株式取得費＋株式譲渡に関する手数料）

• 相続開始のあった日の翌日から、相続税の申告期限の翌日以後3年を経過する日まで

株式譲渡にはさまざまな注意点があるため、M&Aの際には専門家への相談が欠かせません。相談先の専門家をお探しでしたら、M&A総合研究所にご連絡ください。

M&A総合研究所では、株式譲渡に精通したM&Aアドバイザーが、クロージングまで一括してフルサポートいたします。料金体系は、完全成功報酬制（※譲渡企業のみ）です。

無料相談はお電話・Webより随時お受けしておりますので、M&Aをご検討の際は、お気軽にお問い合わせください。

個人の株式譲渡の税務では、譲渡益は総合課税ではなく分離課税になること、譲渡価額によって税務が違ってくる場合があること、損失が出た際の繰越控除やみなし配当に注意することなどがポイントです。

株式譲渡の譲渡益について正しく理解して、譲渡における税金の申告がスムーズにいくように心がけましょう。