事業承継・引継ぎ補助金を解説！申請方法やスケジュール【2025年最新】

事業承継・引き継ぎ補助金は、中小企業や小規模事業者が事業の再編や統合、M&Aなどを通じて経営を引き継ぐ際に、その後の取り組みにかかる費用の一部を支援する制度です。

例えば、事業承継やM&A、企業グループ化を行った後に、新たな設備を導入したり、新市場への展開を図ったりする場合の費用が補助対象となります。また、M&Aに必要な専門家への相談費用なども支援の対象です。経営の革新や成長を目指す企業にとって、活用しやすい制度となっています。

この補助金が設けられた背景には、中小企業の経営者の高齢化と後継者不足という深刻な問題があります。現在、多くの中小企業では60〜70代の経営者が多くを占めており、そのうちの多くが後継者未定のままとなっています。

特に、業績が安定している黒字企業であっても、後継者がいないことを理由にやむなく廃業するケースが増加しています。こうした状況を受けて、企業の存続と日本経済の安定を支えるためには、円滑な事業承継が欠かせません。

事業承継・引き継ぎ補助金は、そうした承継の実現と、事業の持続的な発展を後押しするために設けられた制度です。

【第10次公募】は、令和5年度補正予算に基づき実施された「事業承継・引継ぎ補助金」の臨時追加募集です。交付申請は2024年7月1日（月）から7月31日（水）17:00まで受け付けており、すでに終了しています。

交付決定は8月末から9月初頭にかけて行われ、事業の実施期間は交付決定日から2024年11月22日（金）まででした。実績報告は原則として2024年8月29日（木）から11月25日（月）までに提出が必要でした。

また、2024年11月29日に閣議決定された令和6年度補正予算案では、「中小企業生産性革命推進事業」の一環として、「事業承継・M&A補助金」の新設が盛り込まれました。名称の変更が行われる可能性はあるものの、来年度も同様の補助金公募が実施される見込みです。

事業承継・引継ぎ補助金は、企業が直面するさまざまな状況やニーズに応じて支援を行うため、「経営革新枠」「専門家活用枠」「廃業・再チャレンジ枠」の3つの枠組みで構成されています。

このうち「経営革新枠」はさらに、「創業支援類型」「経営者交代類型」「M&A類型」の3つに分類され、それぞれの事業形態に合った支援を提供します。

また「専門家活用枠」では、「買い手支援類型」と「売り手支援類型」に分かれ、M&Aに関わる専門家の活用にかかる費用などを補助対象としています。これらの制度により、中小企業が事業の引き継ぎや再出発を円滑に進められるよう、より柔軟で実効性のあるサポートが可能となっています。

本章では、事業承継・引継ぎ補助金の類型ごとの要件と補助額を解説します。なお、本章で紹介する内容は、10次公募時点の情報です。

経営革新枠とは、事業承継やM&Aを経た中小企業が設備投資や販路開拓などの経営革新に取り組む際に、その費用の一部を補助する制度です。

令和5年度補正予算からは、複数の中小企業を子会社化し、グループ全体で生産性向上を目指す場合に活用できる「グループ申請」も新たに導入されました。

承継の方法に応じて、以下の3つの支援類型があります。

他社の経営資源を引き継いで新たに創業する場合が対象です。主な要件は以下のとおりです。

• 支援対象期間内に法人設立または個人事業主として開業すること
• 廃業予定者から設備や従業員、顧客などをまとめて引き継ぐこと（部分的な引き継ぎは対象外）

親族や従業員などに事業を承継するケースが対象です。主な要件は、以下のとおりです。

• 親族や従業員による承継（事業再生含む）であること
• 特定創業支援事業など、一定の支援・知識を受けていること

株式譲渡や事業譲渡などを通じて第三者が事業を引き継ぐ場合に適用されます。主な要件は、以下のとおりです。

• 事業再編や事業統合によるM&Aであること
• 連携創業支援事業者などから支援を受け、経営知識・経験があること

• 補助率： 1/2または2/3
• 補助上限額： 通常600万円（賃上げ実施で800万円まで引き上げ）

専門家活用枠は、M&A（合併・買収）を進める際に必要となる専門家への依頼費用を補助する制度です。以下のような費用が補助対象となります。

• ファイナンシャル・アドバイザー（FA）や仲介業者への報酬
• デューデリジェンス（財務・法務などの企業調査）
• セカンドオピニオンの取得費用
• 表明保証保険の保険料 など

• M&Aを通じて他社の経営資源を受け継ぐ予定の中小企業が対象
• 補助率：2/3

• 自社の経営資源をM&Aによって譲渡する予定の中小企業が対象
• 補助率：1/2または2/3

廃業・再チャレンジ枠は、事業承継やM&Aに関連して発生する廃業費用を補助する制度です。原状回復費や在庫処分費など、廃業に伴うさまざまな経費が対象となります。

この枠は、「経営革新枠」や「専門家活用枠」との併用も可能で、柔軟な活用ができる点が特長です。

【補助内容】

• 補助率：1/2 または 2/3
• 補助上限額：150万円

• 一部事業の廃業を伴う事業承継・M&A：M&Aや事業承継の過程で、一部の事業を整理・廃業する必要がある場合に対象
• M&A不成立による廃業と再スタート：M&Aが成約に至らず廃業を選択せざるを得なかったが、新たな事業に再チャレンジしようとする場合も補助対象

廃業・再チャレンジ事業は、名前の通り廃業・再チャレンジを行う中小企業者を支援する事業です。今回より、この再チャレンジを目的とする廃業も補助対象となりました。

事業承継・引継ぎ補助金は、「jGrants」といった電子申請システムを使います。アカウント作成には申請書や印鑑証明などが必要であり、期間が2〜3週間かかるので注意しましょう。

経営革新の場合は、電子申請の前に認定支援機関へ事業計画などを相談し、確認書を受け取る必要があるでしょう。

事業継承・引継ぎ補助金を利用する際には、補助対象事業かどうかを確認する必要があります。

公式のWebサイトには公募要領も公開されていますので、すぐに確認することができます。補助対象事業・自身の交付申請類型を見てどの事業が対象になっているかを事前に確認しておきましょう。

補助申請を決めたら、gBizIDプライムアカウントを取得する必要があります。

gBizIDプライムアカウントの取得には2~3週間かかるケースもあるので事前に申請しておくことをおすすめします。既にgBizIDプライムアカウントを取得している場合はjGrantsを利用して電子申請が可能です。gBizIDプライムアカウントの取得には以下の情報が必要になります。

• 法務局が発行した印鑑証明書または地方公共団体が発行した印鑑登録証明書の原本
• 法人代表者印または個人事業主の実印を押印した申請書
• 法人代表者自身または個人事業主自身のメールアドレス
• 法人代表者自身または個人事業主自身」のSMSが受信できる電話番号

gBizIDプライムアカウントの取得が完了したら、gGrantsを利用して電子申請を行います。

必要書類が揃っていればその場で書類を提出します。審査の結果は、中小企業庁・事務局のHPにおいて交付決定社の公表がなされます。また、採否結果の通知はgGrants上で行われます。

交付決定通知が行われれば、補助対象事業を実施します。

実施してから所定手続きで実績の報告を行う必要があります。交付決定通知が行われたとしても補助事業期間外に契約・支払いをした場合は補助対象経費として認定されません。必ず期間中に契約・支払いを行うようにしてください。

実績報告を受けてから補助金が交付されます。

交付については原則、15日以内に実績報告書等を提出し、実施した事業内容の検査・経費内容を担当者が確認します。その後に補助金の額が確定し、精算支払いという流れになります。

M&Aや事業承継ではなく、自前で設備投資を行いたい企業もあるでしょう。そういった企業は、設備投資の補助金を活用するのがおすすめです。申請できるものがないかをチェックしておくとよいでしょう。

近年、申請できる設備投資の主な補助金には以下の4つがあります。

• ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金
• 事業再構築補助金
• IT導入補助金2025

ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金とは、新しい商品やサービスのための設備投資を支援する補助金です。実際の活用事例としては、果樹園による急速冷凍機の購入、寝具店による寝心地を計測する機器の購入などがあります。

M&Aや事業承継を行う必要はなく、要件を満たす中小企業なら申請できます。

参考：ものづくり補助金総合サイト

事業再構築補助金とは、新型コロナ対応をきっかけに、大胆な事業再構築を行おうとする事業者を支援する補助金です。こちらもM&Aや事業承継は関係なく、自社単独での事業転換などに活用できます。

例えば、デジタル化の促進やオンライン営業の強化、新たな商品やサービスの開発・導入、生産プロセスの見直しや効率化のための設備投資などに対して補助金が支給されることがあります。

参考：事業再構築補助金

IT導入補助金2025とは、ITツールを導入する中小企業を支援する補助金制度です。ITの導入により、中小企業の業務を効率化することを目的としています。

この補助金は、生産性の伸び率が1年後3%以上、3年後9%以上と具体的に決められており、これを満たすような数値目標の計画を提出する必要があります。導入できるツールは、この補助金制度に登録されているものだけとなっているので注意が必要です。

参考：IT導入補助金2025

設備投資の補助金を活用する際は、メリットとデメリットの両面を見て判断することが大切です。

設備投資の補助金は、どれも原則として返済不要なのが大きなメリットです。借入と違って返済計画を立てなくてよいので、積極的な設備投資を行えます。公的な補助金の審査に通った実績は、ほかからの融資を受けるときにプラスになることもあります。

設備投資の補助金のデメリットは、長い期間かけて複雑な手続きと審査を行わなければならないことです。審査の条件、事業計画の立案や書類の作成などは、初めて申請する場合は分かりにくい部分もあります。

審査は必ず通るわけではないので、申請に使った労力が無駄になる可能性があるのもデメリットです。

補助金は原則返済不要ですが、条件によっては返済しなければならない場合もあるのも注意点です。そのほか、補助金には法人税がかかることや、入金は事業開始後になるので事業資金は別に用意する必要があるでしょう。

M&Aや事業承継に活用できるのは補助金だけでなく、税金を軽減できる制度もあります。補助金以外の制度も活用していくことで、より有利なM&A・事業承継を行えます。中小企業M&Aで活用したい主な制度は以下の3つです。

【M&Aや事業承継に活用したい制度】

• 事業承継税制
• 中小企業・小規模事業者の再編・統合等に係る税負担の軽減措置
• 中小企業の経営資源の集約化に資する税制（経営資源集約化税制）

事業承継税制とは、中小企業が相続や贈与で株式を後継者に譲渡する際に、相続税や贈与税を猶予・免除する制度です。事業承継税制は平成30年に条件を緩和した特例措置が追加され、大変使いやすい制度となりました。一般措置と特例措置の主な違いは下表の通りです。

事業承継税制の注意点としては、猶予の条件を満たし続けているかを確認するために、数年に一度書類の届出などをしなければならないことです。もし条件を満たさなくなったら猶予が取り消されるだけでなく、利息が上乗せされて課税されます。事業承継税制を利用する際は、こういったデメリットも踏まえて判断することが大切です。

【事業承継税制の一般措置と特例措置の違い】

事業承継税制の一般措置とは、特例措置が創設される前から行われている制度で、こちらが事業承継税制の基本となります。一般措置は特例措置と違い、猶予・免除の対象となる株式が3分の2まで、相続税は80%までしか猶予されないなどのデメリットがあります。

一方、特例承継計画の提出が不要だったり、適用期限がなかったりなどのメリットもあるでしょう。

事業承継税制の特例措置とは、一般措置のデメリットを踏まえ、活用しやすいように改良された制度です。一般措置と比べると、全株式が猶予・免除の対象となり、相続税も100%猶予されるなどのメリットがあります。

そのほか、後継者が複数人でも申請可能であることや、雇用の確保要件が弾力化しているのもメリットです。デメリットは、特例承継計画の提出が必要な点と、2023年3月31日までに特例承継計画を提出しなければならない点が挙げられます。

中小企業や小規模事業者がM&Aや事業承継を行う際に生じる、登録免許税や不動産取得税を軽減する制度です。

全額控除ではありませんが、条件によって税金の一部を控除できます。申請には経営力向上計画の提出が必要なので手間がかかりますが、M&A・事業承継の際に不動産の売買を伴う場合は申請したほうが有利です。

登録免許税とは、登記や認可などの手続きの際に収める税金のことです。この制度では、合併・分割・事業譲渡を使って事業承継を行った場合に、不動産の所有権の移転登記の登録免許税が減税されます。

減税率はどのM&A手法を使ったかによって変わってきます。具体的には、事業譲渡が2%から1.6%へ減税、合併が0.4%から0.2%、分割が2%から0.4%へ減税となるでしょう。

不動産取得税とは、不動産を取得した際にかかる税金のことです。この制度では、事業譲渡の場合のみ不動産取得税の軽減を受けられます。軽減の内容は、不動産価格の6分の1相当額を課税標準から控除となっており、納める税金がおおむね6分の5になります。

合併と分割の場合は軽減措置がありませんが、合併はそもそも不動産取得税がかからないので問題ありません。分割も一定の要件を満たすと非課税になる制度があるので、こちらの軽減措置は適用されません。

中小企業の経営資源の集約化に資する税制（経営資源集約化税制）とは、M&Aの際に税制優遇やリスクヘッジを行える制度です。特に、準備金の積立てはこの制度の特色といえるので、積極的な活用が期待されます。

参考：中小企業庁「中小企業の経営資源の集約化に資する税制 概要・手引き」

経営資源集約化税制の内容は主に以下の3点です。株式の取得価額を準備金として損金にできるのが特色で、もし売り手に簿外債務などが発覚した場合、準備金を取り崩して対応できるようになります。

【経営資源集約化税制の内容】

• 取得価額の一部を準備金にしてリスクに備えられる
• 設備投資の一部を税額控除または全額即時償却
• 給与の引き上げに対する税額控除

取得価額を準備金とするための要件としては、経営力向上計画の認定を受けることや、株式の取得価額が10億円以下であることなどがあります。

【準備金制度を利用するための要件】

• 経営力向上計画の認定
• 取得価額が10億円以下
• 取得した株式を事業年度終了日まで継続保有する
• 青色申告をしている中小企業者である

準備金の適用期間は5年間のみで、これを過ぎると6年目から10年目にかけて準備金を取り崩すことになるのが注意点です。つまり、準備金の制度はあくまでリスクヘッジのためのもので、売り手に何も問題がなければ最終的に損も得もしないでしょう。

この制度の申請は基本的にM&Aの手続きと同時進行で行う必要があるので、スケジュールをしっかり立てておくことが重要になります。

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M&Aや事業承継に関する補助金制度は、2025年においても注目されています。特に、経済状況の変化や新たな課題に対応するため、中小企業が安定した成長を遂げるための重要な手段とされています。

事業承継・引継ぎ補助金や経営革新事業など、さまざまな補助金制度が設けられており、それぞれが事業再編や統合に必要な経費の一部を支援します。

これらの補助金を有効に活用すれば、低コストでM&Aを実現することが可能です。そのため、制度の動向を常にチェックしておくことが重要となります。