事業譲渡と株式譲渡の違いを徹底比較！メリット・デメリットから税金、手続きの流れまでM&Aのプロが解説

事業譲渡と株式譲渡の一番の違いは、「何が売買の対象であるか」です。事業譲渡では「事業」を、株式譲渡では「株式」を売買します。事業譲渡と株式譲渡の違いをまとめると、以下のとおりです。

事業譲渡とは、会社が持つ事業の一部または全部を第三者に売却するM&Aの手法です。売り手は譲渡する資産や負債、契約、従業員などを個別に選択できるため、「ノンコア事業だけを切り離したい」「不採算事業を整理したい」といったニーズに対応しやすい特徴があります。売買の当事者は会社（法人）であり、譲渡の対価は会社が受け取ります。

事業譲渡には、すべての事業を譲渡する「全部譲渡」と、特定の事業のみを譲渡する「一部譲渡」があり、企業の戦略に応じて柔軟に使い分けられます。
 

株式譲渡とは、会社の株主が保有する株式を第三者に売却することで、会社の経営権を移転させるM&A手法です。中小企業ではオーナー経営者が株式の大部分を保有していることが多く、後継者不在時の事業承継などで広く活用されています。買い手は株式を取得することで、会社をそのまま引き継ぐことができます。

手続きが比較的シンプルで、事業に必要な許認可や従業員との契約なども原則としてそのまま引き継がれる点が大きな特徴です。譲渡対価は、株式を売却した株主個人が受け取ります。

相対取引（あいたいとりひき）とは、買い手と売り手の株主が直接、個別交渉を行い、株式譲渡する取引をいいます。非上場株式の場合は、相対取引でしか株式譲渡ができません。

また、株式譲渡制限を設けている企業の株式を売買するケースや、上場企業など有価証券報告書を提出している企業の株式を市場外で売買するケースなどで活用される取引方法です。

譲渡価額は、売り手の株主ごとに違った金額をつける可能性もあり、個別に対応すると、交渉や売買手続きなどに時間がかかってしまう可能性があります。株主間で不満が生じるおそれもあるでしょう。したがって、実務上は、同一価格で取引するのが一般的です。

市場買付けは、M&Aの対象会社が上場している場合、株式市場で株式を買い進める方法をいいます。株価が安いときに株式を取得する方法で、投資コストの圧縮が可能です。

ただし、発行済株式総数および潜在株式総数の5%を超えて取得した場合、5営業日以内に管轄の財務局へ「大量保有報告書」を提出する必要があります。その後、1%を超える保有割合の変動があった際は、変更報告書の提出が必要です。

大量保有報告書が開示されれば、買い手が対象会社の株式を買い進めていることが明らかになり、株価が高騰するおそれがあります。したがって、対象会社を連結子会社化したい場合、市場買付けを選択するケースはほとんどないでしょう。

TOB（Take Over Bit＝株式公開買付け）は、上場会社などの発行する株式に対して、不特定多数の株主から公告によって買付けの申込を勧誘し、市場外で株式を買い集める方法です。

TOBは、対象会社の経営権取得を目的として実施され、買付けの期間や株式数、買付け額などを事前に公告したうえで実施されます。一定以上の数の株式買付けが実施されるため、規制やルールが設定されており、それに従って実施しなければなりません。

具体例としては、市場外で5%を超える買付けを行う場合は「5%ルール」として、TOBで行うとする規制があります。TOBを行う場合、現時点の株価からプレミアム分を乗せた高い株価で申込を勧誘するのが一般的です。

事業譲渡と株式譲渡はよく用いられているM&Aスキームですが、それ以外にもさまざまな手法があります。それぞれの手法にメリット・デメリットが存在するので、それらを勘案して最適な手法を選ばなければなりません。ここでは、以下のM&Aスキームの概要を説明します。

• 第三者割当増資
• 株式交換
• 株式移転

第三者割当増資とは、既存株主以外の特定の第三者に対し、新株の引受権を与えるM&Aスキームをさします。ここでいう第三者とは、会社の役員・従業員・取引している金融機関、取引先など、会社と関係のある特定の主体のことです。

第三者に対して新株の引受権を与える第三者割当増資は、縁故募集というケースもあります。第三者割当増資は、特定の株主の影響力を強める目的で利用されるケースがほとんどです。

経営状態が悪化し株価が悪化している企業では、他のM&A手法の採用が難しい場合、経営支援を第三者から求めるために利用するケースもあります。

株式交換とは、完全親子会社関係になる前提で、買収企業（親会社）と被買収企業（子会社）の株式を交換するM&Aスキームです。つまり、子会社となる企業の株主から株式を取得する対価として、親会社の株式を交付します。現金を必要としないことが特徴のM&A手法です。

株式移転とは、持株会社（親会社）を新設するために、すでにある会社（複数社でもよい）の株式を、新設した持株会社の株式と交換するM&Aスキームです。子会社となる企業の株主は、持株会社の株主と変わります。

事業譲渡と株式譲渡では、以下の点で違いがあります。また、参考までに会社分割、合併との違いも記しました。

1. 取引
2. 売買対象
3. 契約
4. 譲渡手順
5. 目的
6. 会社分割との違い【参考】
7. 合併との違い【参考】

事業譲渡と株式譲渡では、誰が取引の当事者になるかが根本的に異なります。事業譲渡は「会社」が事業を売却するのに対し、株式譲渡は「株主」が株式を売却します。

 

事業譲渡と株式譲渡では、売買の対象物が異なります。事業譲渡では事業に関連する資産や負債を個別に選びますが、株式譲渡では会社そのもの（株式）が対象です。

• 事業譲渡：事業に関連する資産（土地、建物、在庫など）、負債、契約、従業員などを個別に選んで譲渡
• 株式譲渡：会社の株式（経営権を含む会社全体）

事業譲渡と株式譲渡では、契約と買収側に移転するものの違いがあるのです。
 

事業譲渡と株式譲渡では、最終契約の内容とその後の流れが少し異なります。

• ​​​​​​事業譲渡：事業譲渡契約締結→株主総会特別決議→譲渡効力発注→資産引渡し・代金受渡し
• 株式譲渡：株式譲渡契約締結→取締役会承認→名義変更手続き・代金受渡し

事業譲渡と株式譲渡では、それぞれで目的が異なります。
 

株式譲渡と事業譲渡では、課税対象や税率が大きく異なります。

**【株式譲渡にかかる税金】**
株主が個人の場合、譲渡所得に対して所得税・復興特別所得税15.315%と住民税5%を合わせた**合計20.315%**が申告分離課税として課されます。株主が法人の場合は、譲渡益は他の所得と合算され、法人税等が課税されます。

【事業譲渡にかかる税金】
事業譲渡では、取引の主体や対象資産によって複数の税金が発生します。

• 売り手側（法人）：事業の譲渡益に対して法人税等が課税されます。2024年4月1日以降に開始する事業年度における法人実効税率は、資本金1億円超の普通法人で約29.74%です。
• 買い手側：譲渡対象の資産に応じて消費税が課税されます（土地や有価証券などを除く）。買い手は消費税を支払いますが、仕入税額控除により相殺されるのが一般的です。また、不動産を取得した場合は不動産取得税や登録免許税も発生します。

株式譲渡では、買収側は取得の際、子会社株式として取得価格が簿価となり資産計上されるため、特にのれんは発生しないでしょう。ただし、連結会計を導入している会社は、連結時にのれんが生じる可能性があるので気を付けてください。

事業譲渡では、譲渡対価と引き継いだ事業における純資産価格との差額がのれんとして計上され、償却期間の間に減価償却します。のれん償却費用は、税法上も費用として計上できます。

事業譲渡と株式譲渡は、それぞれにメリット・デメリットがあり、どちらの手法を選択するかは売り手・買い手双方の目的に大きく影響します。

事業譲渡は、事業を個別に売買できる柔軟性が最大のメリットですが、手続きが煩雑になる点がデメリットです。

【売り手のメリット】
*   特定の事業だけを売却し、残したい事業や資産は手元に残せる
*   会社の法人格を維持できる
*   事業譲渡で得た資金を、残った事業の成長投資などに活用できる

【買い手のメリット】
*   必要な事業や資産だけをピンポイントで取得できる
*   意図しない負債（簿外債務など）を引き継ぐリスクを低減できる

【売り手・買い手共通のデメリット】
*   資産や負債、契約などを個別に移転させる必要があり、手続きが煩雑
*   取引先との契約や従業員の雇用契約を再度結び直す必要がある
*   事業に必要な許認可は、買い手が新たに取得し直さなければならない場合が多い

株式譲渡は、手続きが比較的シンプルで、会社を包括的に承継できる点がメリットですが、簿外債務などのリスクも引き継ぐことになります。

【売り手のメリット】
*   手続きが事業譲渡に比べてシンプルで、短期間でM&Aを完了できる
*   会社を丸ごと譲渡するため、従業員の雇用や取引先との関係も包括的に引き継がれる
*   株主個人の税負担が、事業譲渡で法人が利益を得る場合より軽くなることが多い

【買い手のメリット】
*   会社の経営権を完全に取得できる
*   許認可や契約関係、従業員をそのまま引き継げるため、スムーズに事業運営を開始できる

【売り手・買い手共通のデメリット】
*   売り手は一部の事業だけを手元に残すことができない
*   買い手は会社の資産・負債をすべて引き継ぐため、簿外債務や偶発債務のリスクを負う

自社の状況に合わせて最適な手法を選ぶことが、M&A成功の鍵となります。

【事業譲渡が向いているケース】
* 売り手：ノンコア事業を整理し、主力事業に経営資源を集中させたい場合
* 売り手：会社は手元に残し、後継者がいない事業だけを売却したい場合
* 買い手：特定の事業のノウハウや資産だけが欲しい場合
* 買い手：簿外債務を引き継ぐリスクを徹底的に排除したい場合

【株式譲渡が向いているケース】
* 売り手：後継者不在のため、会社全体を信頼できる相手に引き継ぎたい場合
* 売り手：早期にM&Aを完了させ、リタイア後の資金を得たい場合
* 買い手：迅速に事業規模を拡大し、市場でのシェアを高めたい場合
* 買い手：対象企業のブランドや許認可、取引先をそのまま活用したい場合

ここからは事業譲渡のメリット ・デメリットについて、譲渡側・譲受側に分けて解説します。
譲渡側・譲受側のそれぞれの立場において。、異なるメリットやデメリットが生じるので事業承継時の参考にしてください。

事業譲渡の譲渡側のメリットとして挙げられるのは、以下の5点です。
 

• 主要事業への集中
• 譲渡益の獲得
• 後継者問題の解決
• 将来的なリスクを軽減
• 従業員の雇用維持

事業譲渡の譲渡側のメリットとして、非主力事業や不採算事業を売却し主要事業へ資源を集中することができます。
その結果として、経営資源を中核事業に集中させ、事業の効率化や収益性の向上を図ることも可能です。
 

事業譲渡によってまとまった資金を獲得し、それを新たな事業投資や債務の返済に充てることができます。

後継者不足の場合、事業譲渡は事業承継の有効な手段となり、従業員の雇用や取引先の維持を図ることができます。

事業譲渡により将来性の低い事業やリスクの高い事業を譲渡することで、将来的な損失を回避することができます。

譲渡先の企業によっては従業員の雇用維持を条件とする場合があり、従業員の雇用を維持できる可能性があります。

事業譲渡の譲渡側の主なデメリットは、以下の2つです。

• 手続きが面倒
• 競業避止義務

譲渡側が事業譲渡を決定するには、ほとんどのケースで株主総会の特別決議が必要です。これは会社法に定められており、特別決議では、議決権を行使できる過半数の株主が出席し、かつ出席した株主における議決権の3分の2以上の多数をもってなされる決議をしなければなりません。

この特別決議は、時間および手間の両面で大きな負担がかかります。

事業譲渡を行うと、譲渡側には競業避止義務が課せられます。これは会社法で規定されていることです。競業避止義務により、同一市区町村および隣接市区町村内にて、20年間、事業譲渡したものと同種の事業を行えません。

事業譲渡の譲受側の主なメリットは、以下の2つです。

• 必要な事業のみを取得できる
• 負債へのリスク回避

事業譲渡は、譲渡側の企業全体を買収するのではなく、事業だけを取得できます。会社法上、個別の財産などに関する単なる売買取引となるので、会社の買収と比べて、コストをかけずに特定の事業を展開できるのです。

事業譲渡の場合、譲渡側の持つ債権・債務は、自動的に譲受側へ移転しません。譲渡対象を選別することで、不要な負債の引き継ぎを回避できます。

事業譲渡の譲受側の主なデメリットは以下のとおりです。

• 煩雑な手続きを求められる
• 許認可の譲渡不可
• 従業員の再契約が必要

事業譲渡は会社法上、個別の財産などに関する売買取引に過ぎません。したがって、譲渡する資産・負債などは個別に契約を結んで移転する必要があります。包括契約を結べないので、個別に手続きをしなければならず、その手続きに手間と時間を取られてしまうのです。

特に、従業員との雇用契約や取引先との契約を一から結び直す手間は煩雑となります。

事業譲渡では、その事業の事業主に対して有効である許認可を、譲受側は引き継ぎ出来ません。許認可が必要な事業を買収した場合は、譲受側で新たに許認可を取り直す必要があります。

事業譲渡では、従業員との契約を譲渡後に改めて結ぶことになります。契約を締結する際に既存の従業員が離職を選ぶ可能性があり、これまで主力だった従業員が離れてしまうケースも考えられます。スムーズな事業譲渡を行うためにも、事前に従業員との交渉を進めておくことが重要です。

ここでは、株式譲渡のメリット・デメリットを、譲渡側・譲受側に分けて解説します。

株式譲渡の譲渡側の主なメリットは以下のとおりです。

• 社名を含めた会社の存続
• 株式保有率の調整が可能
• 売却益

後継者不在や、経営が行き詰まり会社存続の危機である場合、株式譲渡で買い手に経営を委ねることで会社は存続します。売却後の社名の決定権はあくまで譲受した側にありますが、歴史や伝統、ブランド力のある社名であれば、引き続き継続されることも多いでしょう。

株式譲渡では、株式の全部を譲渡しないことも可能です。これは、譲渡側が経営に対する影響力を残しておきたい場合に行われます。過半数の株式を譲渡すると経営権は譲受側に移りますが、3分の1以上の株式を保有し続けていれば、株主総会での特別決議を単独で否決可能です。

中小企業経営者が、株式譲渡で自社株式を売却すれば当然、対価を受け取ります。老後の生活費や新事業の立ち上げなど自由使途の資金を手にできるのです。

譲渡側における株式譲渡のデメリットは、株式分散時の取りまとめに手間がかかる点です。

中小企業の株式譲渡において株式が経営者以外の第三者などに分散している場合、買い手は個別交渉をしません。経営者自身が取りまとめを求められます。しかし、多くの中小企業では株主に関する情報が記録されておらず、経営者が記憶しているだけの状態であるのが実情です。

このような場合、株式の取りまとめだけでかなりの労力を割かなくてはなりません。

株式譲渡における譲受側の最大のメリットは、許認可の引き継ぎが可能なことです。

譲受側にとって、事業譲渡では許認可を引き継ぐことが出来ず、買収後に再取得する必要がありました。株式譲渡は包括承継ですから、この許認可も譲受側が引き継ぐことが出来ます。許認可が必要な事業でも、再取得せずそのまま事業を続けられるのです。

譲受側の株式譲渡のデメリットは、包括承継であるため負債を引き継がなければならない点が挙げられます。

株式譲渡では、譲渡側が持っている債権・債務は自動的に譲受側に引き継がれます。問題なのは、譲渡側も気づいていない偶発債務などの簿外債務を引き継いでしまう可能性があることです。帳簿に載っている負債であれば、金額も債務の相手もはっきりしています。

しかし、簿外債務の場合、債務の内容について、債務が明らかになるまでわからず、内容次第では大きな経営ダメージを負う可能性があるのです。

M&Aにはさまざまな手法があるので、それぞれの手法を使い分ける必要があります。特に、事業譲渡と株式譲渡では、譲渡対象の範囲の違い、課税額の違い、雇用移転における同意の有無の違い、取引対象企業における負債状況の違いを踏まえた選択が肝要です。

事業譲渡は、譲渡側が所有している一部、もしくは全ての事業を譲渡するのに対し、株式譲渡では、譲渡企業の株式のうち、一定割合の株式を譲渡します。事業譲渡が事業を譲渡するのに対し、株式譲渡は株式＝経営権を譲渡するといった大きな違いがあるのです。

この点をきちんと区別しましょう。

事業譲渡と株式譲渡では、税金の支払額が異なります。事業譲渡では、事業を譲り渡して得られた利益に対し、会社に法人税（実効税率約31%）が課税されます。また、事業譲渡の譲受側は消費税、不動産取得税、登録免許税が発生する場合があります。

一方、株式譲渡では、譲渡側が個人であれば譲渡所得（利益額）に対して20.315%の課税です。譲渡側が法人であれば、法人税（実効税率約31%）が課されます。株式譲渡では、譲受側に対する課税はありません。

事業譲渡では、資産に対する個別の契約の結び直しが必要であるのと同様に、一人ひとりの従業員と雇用契約の結び直しをしなければなりません。雇用契約を結ぶにあたって本人の同意が得られない場合は、譲受側に雇用を移転できないでしょう。

一方、株式譲渡の場合は、従業員が働いていた会社は存続しているので、従業員に対して個別に雇用契約を結び直す必要はありません。

事業譲渡では、個別に引き継ぐ財産の契約を結ぶので、契約を結んだ財産以外は引き継ぎせん。したがって、簿外債務を引き継がないですみます。一方、株式譲渡は包括承継であるため、買収後、簿外負債が発見された場合、それを引き継がなければなりません。

事業譲渡では、許認可は引き継がれません。再取得が困難な許認可があれば、事業譲渡を用いるのは難しいでしょう。具体的な許認可を挙げると、産業廃棄物処理や酒造の許認可などです。

再取得が困難な許認可があれば、株式譲渡を選ぶことをおすすめします。

個人株主の場合、税率は20.315％です。事業譲渡では、対象会社へお金が支払われるので、個人株主がお金を受け取るときは、配当金で受け取るか会社を清算します。得た所得は総合課税となるので、住民税を足して最大55％となり、かなり高い税率となってしまいます。

法人株主は、事業譲渡した子会社が100％子会社で完全支配関係の場合、受け取った配当金は益金不算入となるので課税されません。事業譲渡のときに生じた利益は、対象会社がその利益に応じた税金を払います。

株式譲渡では、買収側が対象会社の法人格をそのまま引き継ぐことが出来ます。将来対象会社に利益が出ても、過去の繰越欠損金により利益を相殺できるでしょう。

事業譲渡では、買収側は繰越欠損金を引き継ぐことが出来ませんが、対象会社が繰越欠損金を抱えていれば譲渡で獲得した利益と過去の繰越欠損金を相殺し、利益を圧縮できます。事業譲渡では、課税対象の資産に消費税が生じるので、気を付けましょう。

ここでは、事業譲渡、株式譲渡が成立した際の譲渡側・譲受側それぞれの仕訳方法を解説します。

譲渡側の事業譲渡の会計処理は、一般的に簿価ではなく時価で譲渡価格を決定します。一方、譲渡側が譲渡する資産は簿価で計上されているため、時価総額から簿価総額を引いた額が「事業譲渡益」です。借方には譲渡価額、貸方には売却した資産・事業譲渡益が入ります。
　　　　　　　　　　　　　　　　　

譲渡側が法人の場合、株式譲渡の会計処理は、売却価格と売却する株式簿価の差額を「株式売却益」として計上します。売却代金を5,000万円、株式簿価を2,500万円とした場合の会計処理は以下のとおりです。
 

事業譲渡と株式譲渡は、取引で発生する税金が異なります。税務の違いをそれぞれ見てみましょう。

事業譲渡で発生する税金および2022（令和4）年11月現在の税率は以下のとおりです。
 

事業譲渡では、譲渡益に対し法人税が売却側に課税されます。ただし、事業譲渡益単体に課税を受けるわけではなく、同一年度内の会社の全損益が通算され、その益金に対しての課税です。したがって、損益通算後、赤字であれば課税を受けません。

また、税務としては、譲受側の対価支払い時に預かる消費税を納付する義務を負うのは譲渡側です。

譲渡対象に消費税課税資産が含まれている場合、譲受側に消費税が発生します。課税対象は、以下のとおりです。消費税は、対価支払い時に合わせて譲渡側に渡します。

• 消費税課税資産：土地以外の有形固定資産、無形固定資産、棚卸資産、営業権（のれん代）
• 消費税非課税資産：土地、有価証券、債権

株式譲渡では、譲受側に課税はありません。譲渡側に発生する税金は、個人か法人かで以下のように異なります。

• 個人：譲渡益に対して20.315%の課税（所得税15%、住民税5%、復興特別所得税0.315%）
• 法人：法人税（実効税率約31%）

ここでは、事業譲渡のM&A事例を2つ紹介します。

• 事業譲渡の事例①：ブランドの事業譲渡
• 事業譲渡の事例②：外食の事業譲渡

アパレルブランドの事業が、同業他社に事業譲渡された事例です。
 

複数のブランドを保有していましたが、その中に収益力の悪いブランドがありました。このブランドを自社のリソースだけで立て直すことは困難と判断し、他社に事業譲渡したのです。

売却側と同業で、こちらも多数のブランドを保有していました。マーケティング力・販売力に定評があり、これまでも他社からブランドを買収し、事業を拡大してきています。

売却側の対象ブランドは、自社がすでに保有しているブランドと競合関係になく、むしろ補完関係にあると考えられたことから取得を決めました。

ある会社の外食事業が、食品小売の会社に事業譲渡された事例です。
 

本業は建設業で、外食事業も行っていました。しかし、本業が不振で資金繰りも楽ではない状態となったため、外食事業を事業譲渡して本業に資源を集中させる決断をしています。

外食事業の経営に意欲を持つ社員がいたため、取得に至っています。ただし、外食事業は未経験でノウハウがないので、最初は譲渡側を本部とするフランチャイズとして運営をはじめ、ノウハウを学んだ段階で譲受側が完全に運営する形にしました。

ここでは、株式譲渡の事例を2件、紹介します。

• 株式譲渡の事例①：調剤薬局の株式譲渡
• 株式譲渡の事例②：空調設備工事会社の株式譲渡

調剤薬局が、上場大手のドラッグストアに株式譲渡をした事例です。
 

地元密着で11店舗の調剤薬局を運営していましたが、経営者には後継者がいないため、事業承継問題を抱えていました。薬剤師の確保にも苦戦しており、会社を売却する決断をしたのです。

上場大手の譲受側はドラッグストアと調剤薬局を運営していましたが、もともと譲渡側が展開する地域への出店に強い関心を持っていました。11店舗とまとまった店舗を一気に得られるのが非常に魅力であったため、当初から良い条件を提示しての買収に至っています。

空調設備資材販売・工事と人材派遣を行う会社が、空調設備関連の事業に近い事業を行う他社に株式譲渡をした事例です。
 

空調設備資材販売・工事と人材派遣の2つの事業を行っており、会社設立以来、増収を続けるなど、好調な業績を維持していました。一方で、業績が好調であったために、会社の借入金が増え、それに対する経営者の個人保証も膨らむ一方で、それが心理的負担にもなっていたのです。

経営者は、まだ経営を続けられる年齢ではありましたが、後継者がいないことと、早く心理的負担から逃れてリタイアしたいとの思いから、会社を売却する決断をしました。

譲渡側の業績は好調でした。譲渡側の主要事業である空調設備資材販売・工事事業は、譲受側のメンテナンス事業とは少し異なるものの、人材や資産とともに買収すれば引き継ぐのはさほど難しくなく、むしろサービスの強化につなげられると考え、買収を決断しています。

人材派遣業は買収側で全くノウハウはありませんが、収益も出ており設備投資などもかからない事業であることから、譲渡側の希望どおり株式譲渡で買収しました。

事業譲渡と株式譲渡の一番の違いは、「何が売買の対象であるか」です。事業譲渡では「事業」を、株式譲渡では「株式」を売買します。事業譲渡とは、会社における事業、資産、権利義務などを選別して売買取引するM&Aスキームです。

一方、株式譲渡とは、株主が会社の株式を売却して、新たな株主に会社の経営権を移転させます。事業譲渡と株式譲渡では、取引の相手、売買の対象、契約、譲渡手順、税務などが相違点です。それらの違いやメリット・デメリットを理解したうえで、どの手法がベストなのかを見極めましょう。