株式譲渡の税金まとめ!税金の種類と計算方法を徹底解説!

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取締役
矢吹 明大

株式会社日本M&Aセンターにて製造業を中心に、建設業・サービス業・情報通信業・運輸業・不動産業・卸売業等で20件以上のM&Aを成約に導く。M&A総合研究所では、アドバイザーを統括。ディールマネージャーとして全案件に携わる。

株式譲渡は事業譲渡などのM&A手法において、中小企業で最も多く用いられます。しかし、譲渡価額によっては、税金が多くかかる場合があります。本記事では、事業譲渡との違いや株式譲渡で発生する税金の種類、譲渡所得税を解説します。

目次

  1. 株式譲渡とは
  2. 株式譲渡にかかる税金とは
  3. 株式譲渡によるM&Aで発生する譲渡所得税の計算方法
  4. 株式譲渡によるM&Aで発生する税金と税率
  5. 株式譲渡で発生する税金の納付時期
  6. 買い手側にかかる株式譲渡の際の税金
  7. 株式譲渡で発生する税金の注意点
  8. 困ったときは専門家へご相談
  9. まとめ
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1. 株式譲渡とは

株式譲渡とは

株式譲渡とは、株式を譲渡することで経営権を引き継ぐM&A手法のことです。株式譲渡の手続きは事業譲渡会社分割など他のM&A手法よりも簡便なことから、M&Aで最も多く用いられます。

株式譲渡は企業規模の拡大やグループ企業の組織再編、事業承継など、さまざまな目的で用いられています。

事業譲渡との違い

事業譲渡とは、事業の一部または全部を譲渡先に引き継ぐ手法のことです。事業譲渡では譲渡する財産を個別に選択できるので、譲渡側は独立性を保ったまま事業の継続ができます。

また事業譲渡では、譲受側は債務を引き継ぐ必要がなく、必要な資産だけを取得できるのでリスクを抑えられます。

株式譲渡は経営権を持つ株主が変わるだけで、取引先や従業員との契約関係や許認可などはそのまま引き継がれます。一方、事業譲渡では、引き継いだ事業の契約関係や許認可などはいったん途切れるため、今一度契約や申請をする必要があります。

株式譲渡も事業譲渡も中小企業のM&Aでよく用いられますが、株式譲渡は規模の大きい会社でもよく用いられるのに対して、事業譲渡は個人事業主や小規模の会社でよく用いられます。

【関連】事業譲渡と株式譲渡の違いを解説!税務面などメリット・デメリットを徹底比較!

2. 株式譲渡にかかる税金とは

株式譲渡にかかる税金とは、どのようなものなのか確認しましょう。

株式譲渡は「譲渡所得」に税金がかかる

株式譲渡を行って利益を得たときにかかる税金について、知らない人は少なくありません。株式を売却して譲渡所得が出たときは、その譲渡所得に対する税金である譲渡所得税がかかります。

以下で、譲渡所得税を詳しく解説します。

M&Aで株式譲渡を行った利益は譲渡所得税に分類

個人株主が株式を譲渡すると、譲渡益に対して譲渡所得税が課税されます。譲渡所得は資産の種類に応じて、総合課税と分離課税に分けられます。以下で譲渡所得税、総合課税、分離課税について見ていきましょう。

譲渡所得税とは

個人が株式を譲渡した場合、譲渡益には譲渡所得税が課税されます。譲渡益は、株式の譲渡価額から、株式の取得価額や取得にかかった費用、株式譲渡にかかった費用を引いて算出します。

譲渡所得税は、15%の所得税と0.315%の復興特別所得税、そして5%の住民税を足した20.315%が税金として課税されます。そして株式譲渡における譲渡所得税は、他の税金と通算しない分離課税の対象です。

総合課税と分離課税について

所得税への課税方法は、所得の種類によって総合課税と分離課税に分けられます。総合課税は、事業所得、給与所得、配当所得、不動産所得など、総合課税の対象となる所得をまとめて税金をかける方法のことです。

一方、分離課税は、対象となる所得に対して別々に税金をかける方法です。譲渡所得税は、資産の種類によって総合課税の対象になる場合と分離課税の対象になる場合があります。

分離課税に該当する譲渡所得は、山林所得、退職所得、土地建物などの譲渡による譲渡所得などが挙げられます。株式譲渡の場合は株式の売買なので、総合課税ではなく分離課税です。

3. 株式譲渡によるM&Aで発生する譲渡所得税の計算方法

株式譲渡によって発生する譲渡所得税の計算方法と計算例を、上場株式と非上場株式の違いを説明した後にそれぞれご紹介します。

上場企業と非上場企業の主な違い

まず上場株式とは、証券取引所をとおして誰もが売買できる株式です。一方、非上場株式は限られた人しか取引できず、証券取引所に上場していない株式です。

証券取引所で売買する上場株式は別名「公開株式」、取引を公開していない非上場株式は別名「非公開株式」とも呼ばれます。多くの中小企業は非公開株式であり、経営者やその親族が非公開株式を保有します。

上場株式などの計算方法

上場株式の譲渡益は、譲渡価額−必要経費(取得費用+委託手数料など)で算出します。

取得費用とは、株式を取得した際にかかった費用のことです。また、委託手数料とは、株式譲渡の際に仲介会社などに支払った手数料のことです。譲渡益に20.315%を乗じて譲渡所得税を算出します。

上場株式会社の譲渡所得計算例

譲渡価額が1,000万円、必要経費が300万円とすると、譲渡益は1,000万円−300万円=700万円、譲渡所得税は700万円×0.20315=1,422,050円で、1,422,050円の税金支払いが生じます。

非上場株式などの計算方法

非上場株式の場合も、上場株式と計算方法は同じです。

非上場株式の譲渡益は、譲渡価額−必要経費(取得費用+委託手数料など)で算出します。

株式の取得費用がわからないケースもありますが、その場合は譲渡価額の5%を取得費用として計算します。

非上場株式会社の譲渡所得計算例

譲渡価額が1,000万円、必要経費が200万円とすると、譲渡益は1,000万円−200万円=800万円、譲渡所得税は800万円×0.20315=1,625,200円で、1,625,200円の税金支払いが生じます。

株式譲渡により得た利益による確定申告の必要条件

株式譲渡の際に譲渡所得があった場合、1カ所だけから給与を受給し年間収入額が2,000万円以下の場合は、確定申告をする必要はありません。しかし、給与以外の所得が20万円を超える場合は確定申告の義務が生じます。

株式譲渡の際に所得が20万円を超えないケースはまれなので、株式譲渡を行ったときは、ほとんどの人が確定申告することになります。

【関連】会社売却、M&Aの税金まとめ!節税対策はできる?

4. 株式譲渡によるM&Aで発生する税金と税率

個人の株主が株式を譲渡すると、譲渡益に対して譲渡所得税が課税されます。譲渡所得税における税金の内訳は、所得税、住民税、復興特別所得税です。

これらの税金を合わせて譲渡所得税を支払います。以下で所得税、住民税、復興特別所得税について解説します。

所得税

所得には10種類あり、それぞれの所得で税金の計算方法が違います。株式譲渡で得た所得は譲渡所得税とみなされます。

譲渡所得税は総合課税になる場合と分離課税になる場合がありますが、株式は分離課税となります。これは、株式の場合は短期的に大きな利益が出る可能性があるので、総合課税で税金の負担が過剰に大きくなることを防ぐためです。

株式譲渡で譲渡益が出ると、国税として15%の所得税が課税されます。総合課税の場合、所得税は5%から45%の累進課税です。総合課税であると、株式譲渡の譲渡益が大きいほど課税額も大きくなります。

一方、法人が株主の場合は、譲渡益に対して法人税が課税されます。法人株主は約30%から40%の税金を支払います。

住民税

株式譲渡では、所得税の他にも地方税として住民税が課税されます。総合課税の場合住民税は10%ですが、株式譲渡では分離課税のため5%で、住民税に関しては総合課税よりも分離課税の方が優遇されます。

所得税の15%と住民税の5%を合わせると20%です。総合課税の場合、課税される所得税が695万円以下であると税率が20%なので、695万円を超えると総合課税よりも分離課税の方がメリットはあります。

復興特別所得税について

2013年から2037年までの間、東日本大震災の復興財源に充てる目的で、所得税と住民税の他に復興特別所得税が課税されます。

復興特別所得税は、所得税に対して2.1%の復興特別所得税が課税されます。所得税が15%なので、実質税率0.315%が譲渡所得税に加わります。

所得税15%+復興特別所得税0.315%+住民税5%で、合計20.315%の譲渡所得税が課税されます。

5. 株式譲渡で発生する税金の納付時期

株式譲渡で発生した税金の納付時期は、所得税と住民税で違います。所得税と住民税の納付時期について解説します。

所得税

所得税と復興特別所得税は、翌年の3月15日までに確定申告を行って納税します。例えば2019年分の所得税と復興特別所得税の納税をする場合は、2020年の3月15日までに確定申告を行います。

住民税

確定申告の際に所得税は納税しますが、住民税は後から納付します。確定申告を行った年の4月〜5月頃に住民税の納付書が送られてくるので、一括または4分割で納税します。住民税は納付期限を過ぎると延滞税が追徴課税されるので注意が必要です。

6. 買い手側にかかる株式譲渡の際の税金

株式譲渡を時価で行う場合、買い手が個人でも法人でも、買い手には税金が課せられません。また、株式譲渡が外部者の場合は、基本的に時価での取引となるので問題ありません。

しかし、中小企業の同族会社では、親族間で株式を時価よりも安く譲渡したり、無償で譲渡したりすることがあります。その場合、同族会社の親族に贈与税が課税されたり、譲渡所得ではなく給与所得や一時所得とみなされたりする場合があります

また、親族が経営する会社間で株式譲渡を行った際に、同族会社間での税負担が大きくなることもあります。以下では、中小企業の同族会社が低廉譲渡や無償譲渡をする際、買い手側に発生する税金について解説します。

個人から個人への株式譲渡

個人から個人への株式譲渡では、時価で譲渡する場合、売り手には譲渡益に対して譲渡所得税が課税され、買い手に税金は課税されません。

しかし、中小企業の事業承継で、オーナー社長が親族へ株式を低廉譲渡や無償譲渡するケースなどでは、買い手に贈与税が発生する場合があります。

また、オーナー社長が亡くなった後に株式を親族へ譲渡する場合、相続税が発生します。以下では個人から個人への株式譲渡で、贈与税が課税される場合と相続税が課税される場合について解説します。

贈与税に該当する場合

時価の1/2未満で株式譲渡した場合、買い手には時価と譲渡価額の差額に対して贈与税が課税されます。また、無償で株式譲渡した場合は、買い手は株式の時価に対して贈与税が課税されます。この際、売り手には譲渡益が出ないので課税されません。

相続税に該当する場合

相続によって株式を取得した場合、取得額によって10%から55%の相続税が課税されます。相続税は累進課税なので、相続した株式の評価額に応じて相続税額も変わります。

非上場の中小企業が相続で株式譲渡する場合は、株式の評価額を算定しなければなりません。贈与に比べて手間がかかり、お金の負担も大きくなります。

時価と譲渡価額の差額 個人から個人への株式譲渡
時価で株式譲渡した場合 ・売り手 = 譲渡所得税
・買い手 = 課税なし
時価の1/2未満で株式譲渡した場合 ・売り手 = 課税なし、または差額に譲渡所得税
・買い手 = 差額に贈与税
無償で株式譲渡した場合 ・売り手 = 課税なし
・買い手 = 時価に対して贈与税
時価よりも高い譲渡価額で株式譲渡した場合 ・売り手 = 贈与税と譲渡所得税
・買い手 = 課税なし

個人から法人への株式譲渡

中小企業のオーナー社長が節税などの目的で、同族会社に保有株式を譲渡することがあります。個人から法人への株式譲渡では、時価の場合売り手には譲渡所得税が課税され、買い手には税金が課せられません。

しかし、同族会社内で低廉譲渡や無償譲渡する場合、買い手の法人に法人税が課税されることがあります。以下では個人から法人へ株式譲渡する際に、法人税が課税される場合と寄付金などになる場合を解説します。

法人税に該当する場合

株式の譲渡価額が時価1/2未満の場合、時価と譲渡価額の差額は受贈益となり、買い手法人には法人税が課税されます。また、無償の株式譲渡の場合、買い手は時価で株式を取得したとみなされ、時価に対して法人税が課税されます。

このときに売り手側の個人は譲渡益を得ません。しかし、株式を時価で譲渡したとみなされ、譲渡株式の時価に対してみなし譲渡所得課税が課税されます。みなし譲渡所得課税は、譲渡所得税と同じく20.315%の税率で税金がかかります。

寄付金などになる場合

個人から法人へ時価よりも高い譲渡価額で株式譲渡した場合、買い手の法人は差額によって賞与や寄付金とみなされます。売り手の個人が買い手の法人と雇用関係にある場合は賞与となり、雇用関係にない場合は寄付金とみなされます。

この際、売り手の個人は、時価と譲渡価額の差額が給与所得や一時所得とみなされます。買い手の法人と雇用関係にある場合は給与所得、雇用関係にない場合は一時所得です。給与所得も一時所得も総合課税方式なので、他の所得と通算されて累進課税が適用されます。

時価と譲渡価額の差額 個人から法人への株式譲渡
時価で株式譲渡した場合 ・売り手 = 譲渡所得税
・買い手 = 課税なし
時価の1/2未満で株式譲渡した場合 ・売り手 = 譲渡所得税
・買い手 = 差額に法人税
無償で株式譲渡した場合 ・売り手 = 時価に対して譲渡所得税
・買い手 = 時価に対して法人税
時価よりも高い譲渡価額で株式譲渡した場合 ・売り手 = 差額が給与所得・一時所得
・買い手 = 差額が賞与・寄付金

法人から個人への株式譲渡

法人から個人へ時価で株式譲渡する場合、売り手の法人には譲渡益に対して法人税が課税されます。買い手に税金は課税されません。しかし、中小企業の同族会社で法人から役員へ低廉譲渡や無償譲渡する場合などは、買い手にも税金が課せられます。

譲渡価額が1/2未満の場合、買い手の個人は時価と譲渡価額の差額が給与所得か一時所得とみなされます。売り手と買い手が雇用関係にある場合は給与所得、雇用関係にない場合は一時所得です。

また、無償譲渡の場合は時価による譲渡とみなされ、給与所得か一時所得となります。このとき、売り手の法人は、賞与または寄付金とみなされ、法人税が課税されます。

時価と譲渡価額の差額 法人から個人への株式譲渡
時価で株式譲渡した場合 ・売り手 = 法人税
・買い手 = 課税なし
時価の1/2未満で株式譲渡した場合 ・売り手 = 差額に賞与・寄付金
・買い手 = 差額に給与所得・一時所得
無償で株式譲渡した場合 ・売り手 = 時価に賞与・寄付金
・買い手 = 時価に給与所得・一時所得
時価よりも高い譲渡価額で株式譲渡した場合 ・売り手 = 譲渡益と差額に法人税
・買い手 = 課税なし

法人から法人への株式譲渡

法人から法人へ時価で株式譲渡する場合、売り手の法人には譲渡益に対して法人税が課税され、買い手の法人に税金はかかりません。しかし、親族が経営する同族会社間で低廉譲渡や無償譲渡をする場合などは、買い手の法人に法人税が課税されます。

また、譲渡価額が時価よりも高い場合は、買い手法人は差額が寄付金とみなされます。以下で買い手法人に法人税が課税される場合と、寄付金とみなされる場合を見ていきましょう。

法人税となる場合

中小企業の同族会社間などの譲渡で、譲渡価額が時価の1/2未満である場合、買い手の法人は時価と譲渡価額の差額が受贈益とみなされて法人税が課税されます。無償譲渡の場合は、時価での株式譲渡として扱われ、受贈益とみなされて法人税が課税されます。

売り手側は、時価で株式譲渡したことになり寄付金とみなされ、法人税が課税されます。

寄付金になる場合

親族が経営する同族会社間などの譲渡で、譲渡価額が時価よりも高い場合、買い手法人は時価と譲渡価額の差額が寄付金とみなされます。

このとき、売り手の法人は、時価に対して法人税が課税され、時価との差額分に対しては受贈益とみなされて法人税が課税されます。

時価と譲渡価額の差額 法人から法人への株式譲渡
時価で株式譲渡した場合 ・売り手 = 法人税
・買い手 = 課税なし
時価の1/2未満で株式譲渡した場合 ・売り手 = 譲渡益に法人税
・買い手 = 法人税
無償で株式譲渡した場合 ・売り手 = 時価に対して法人税
・買い手 = 時価に対して法人税
時価よりも高い譲渡価額で株式譲渡した場合 ・売り手 = 時価と差額に法人税
・買い手 = 寄付金

7. 株式譲渡で発生する税金の注意点

株式譲渡では、上場企業か非上場の中小企業かによって税務に違いがあります。また、第三者との株式譲渡か、親族間での株式譲渡かによって税金が変わります。株式譲渡によって発生する税金の注意点を見ていきましょう。

株式譲渡の際は過去の申告の適正性に注意

買い手は株式譲渡で株式を取得した際に、売り手側が過去に過少申告や過大申告をしていないか注意する必要があります。

申告ミスなどによる過少申告を放置すると、申告漏れが発覚して追徴課税を支払わなければならないかもしれません。修正申告は買い手側が行う必要があるため注意が必要です。

繰越欠損金に注意

繰越欠損金を目的に赤字会社を株式譲渡などのM&Aによって買収する場合は、注意してください。M&Aで会社の50%を超える株式を取得した後、一定の条件に該当すると、繰越欠損金の通算ができません。

条件はいくつかありますが、M&Aによって取得した目的が明らかに繰越欠損金である場合は、繰越欠損金の通算は認められません。

損益通算ができない点に注意

株式譲渡の損失は、2016年以降上場株式と非上場株式間で損益通算できなくなりました。非上場株式同士の損益通算は、単年であれば可能です。また、上場株式であれば3年間の株式譲渡における損失繰り越しが可能ですが、非上場株式は損失の繰り越しができません。

同族会社の中小企業は株式譲渡価額に注意

株式譲渡を行う株式が上場株式であれば、株価は市場で公開されている価額を用いることができます。

また、中小企業の非上場株式を株式譲渡する場合でも、売買当事者が第三者である場合は、最終的に合意に至った譲渡価額が時価とみなされることがほとんどなので問題ありません。

しかし、株式譲渡を同族会社の親族間で行う場合は、本記事で紹介したように、株価譲渡価額と時価の差額によって時価における株式譲渡の場合とは違う税金が発生することがあります。

同族会社で親族間の株式譲渡を行う場合は、交渉や契約手続きがしっかりと行われないまま進むことも少なくありません。

後々親族や同族会社に想定外の税金が発生したり、同族会社内でトラブルが起きたりしないためにも、専門家に依頼してトラブルを防ぎましょう。

相続税とみなされる場合に注意

株式譲渡では、譲渡所得に税金が生じるので、基本的には売り手に税金が生じます。

しかし、親族へ株式譲渡する際は、相続税とみなされるかどうかについて気をつけなければなりません。上記でも述べたように、相続税とみなされると、買い手も取得額の10%から55%が税金として課税されるからです。

また、株式を時価1/2未満の額で譲渡する際は、買い手に時価との差額に対する贈与税が生じ、無償で譲渡するケースでも同じです。

そのため、買い手にも税金が生じるのかどうか前もって専門家に確認することをおすすめします。

【関連】無償の株式譲渡の税金や手続き・契約書の書き方を解説!

8. 困ったときは専門家へご相談

株式譲渡は事業譲渡や合併などのM&A手法に比べて手続きが簡便なため、中小企業で最も多く用いられるM&A手法です。しかし、非上場の中小企業が、事業承継のために親族間で株式譲渡する場合などは、税務面が複雑になることがあります。

また、親族間の株式譲渡では契約書をきちんと作成しなかったり、交渉をしっかりと行わなかったりするケースもあり、後々のトラブルにつながることもあります。

そのようなトラブルを防ぐためにも、M&AアドバイザーなどのM&A専門家に相談しましょう。M&Aアドバイザーは幅広い知識を持ち、株式譲渡の業務を一貫して行います。

M&A総合研究所には、豊富な知識と経験を持つM&Aアドバイザーが在籍しており、培ったノウハウを生かして案件をフルサポートいたします。また、料金体系は成約するまで完全無料の「完全成功報酬制」です(※譲渡企業様のみ。譲受企業様は中間金がかかります)。

無料相談を行っておりますので、どうぞお気軽にM&A総合研究所へお問い合わせください。

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9. まとめ

株式譲渡とは、株式を譲渡することで経営権を引き継ぐM&A手法のことです。株式譲渡は事業譲渡などのM&A手法に比べて手続きが簡便なので、中小企業のM&Aでよく用いられます。

個人の株主が株式譲渡で譲渡益を得ると、譲渡所得税が課税されます。譲渡所得税は分離課税なので、他の所得税と損益通算ができません。譲渡所得税の内訳は、所得税15%+復興特別所得税0.315%+住民税5%で、合計20.315%です。

株式譲渡では、売り手側と買い手側が個人か法人か、時価に対して譲渡価額が低いか高いかによって税金が変わります。

上場株式の株式譲渡や第三者との株式譲渡であればあまり問題になりませんが、同族会社内など親族間での株式譲渡の場合、低廉譲渡や無償譲渡で税金が複雑になる場合があります。

また、親族間での事業承継目的で株式譲渡を行う場合、契約書などの手続きをしっかりと行わなければ、後々トラブルになるケースもあります。株式譲渡のトラブルを防ぎ極力節税するためにも、事前にM&Aアドバイザーに相談しましょう。

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