株式譲渡の税金はいくら?種類、計算方法、特例制度を徹底解説!

取締役
矢吹 明大

株式会社日本M&Aセンターにて製造業を中心に、建設業・サービス業・情報通信業・運輸業・不動産業・卸売業等で20件以上のM&Aを成約に導く。M&A総合研究所では、アドバイザーを統括。ディールマネージャーとして全案件に携わる。

中小企業のM&Aで多く用いられている株式譲渡を実施すると売り手に税金が生じます。上場企業の株式取引で利益が出た場合も同様です。本記事では、株式譲渡で課される税金の内容、税率、税額計算方法、注意点、特例制度などをまとめて解説します。

目次

  1. 株式譲渡は「譲渡所得」に税金がかかる
  2. 株式譲渡における譲渡所得税の計算方法
  3. 相続した株式の取得費を算出する方法
  4. 株式譲渡の税金と確定申告の必要条件
  5. 株式譲渡にかかる税金の種類と納付時期
  6. 株式譲渡の税金に関する注意点
  7. 株式譲渡の税金と節税方法
  8. 株式譲渡の税金に関する特例制度
  9. 株式譲渡の税金に関する相談は専門家へ
  10. 株式譲渡の税金まとめ

1. 株式譲渡は「譲渡所得」に税金がかかる

株式譲渡、つまり株式を売却して獲得した利益(=譲渡所得)には、税金(=譲渡所得税)が課せられます。まずは、この譲渡所得税の概要を確認しましょう。

M&Aで株式譲渡を行った利益は譲渡所得税に分類

所得税は、総合課税と分離課税に分けられています。株式の譲渡所得税は、総合課税から切り離された分離課税です。

譲渡所得税とは

個人が株式を譲渡したとき、その譲渡益には譲渡所得税が課されます。譲渡益の計算方法は以下のとおりです。

  • 譲渡益=株式の譲渡価額-(株式の取得価額+取得に要した費用+手数料)

株式の譲渡所得税は分離課税であるため、税率は2022(令和4)年3月現在、20.315%に固定されており、その内訳は以下のとおりです。
  • 所得税:15%
  • 住民税:5%
  • 復興特別所得税:0.315%(2037(令和19)年までの時限税)

総合課税と分離課税について

所得税への課税方法は、所得の種類によって総合課税と分離課税に分けられています。総合課税は、事業所得、給与所得、配当所得、不動産所得などが対象で、これらの所得をまとめて課税する方法です。総合課税は金額に応じて税率が変わる累進課税方式になっています。

一方、分離課税は、対象となる所得に対して、個別に課税する方法です。譲渡所得税は、資産の種類によって総合課税の対象になる場合と分離課税の対象になる場合があります。分離課税に該当する譲渡所得は、山林所得、退職所得、土地・建物・株式などの譲渡による所得などです。

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2. 株式譲渡における譲渡所得税の計算方法

株式譲渡によって発生する譲渡所得税の計算方法と計算例について、上場株式と非上場株式の違いを説明した後にそれぞれ紹介します。

上場企業株式と非上場企業株式の主な違い

上場株式とは、証券取引所をとおして誰もが売買できる株式をさします。一方、非上場株式は限られた人しか取引できず、証券取引所に上場していない株式です。

証券取引所で売買する上場株式は別名「公開株式」、取引を公開していない非上場株式は別名「非公開株式」とも呼ばれます。多くの中小企業は非公開株式であり、経営者やその親族が非公開株式を保有しているのが一般的です。

上場株式の譲渡所得税計算方法

上場株式の譲渡益は、譲渡価額−必要経費(取得費用+委託手数料など)で算出します。取得費用とは、株式を取得した際にかかった費用、委託手数料とは証券会社などに支払った手数料です。この譲渡益に20.315%を乗じて譲渡所得税を算出します。

上場株式の譲渡所得税計算例

譲渡価額が1,000万円、必要経費が300万円だった前提で具体的な計算例を示します。

  • 譲渡益は、1,000万円−300万円=700万円
  • 譲渡所得税は、700万円×0.20315=142万2,050円

非上場株式の譲渡所得税計算方法

非上場株式の場合も、上場株式と計算方法は同じです。非上場株式の譲渡益は、譲渡価額−必要経費(取得費用+委託手数料など)で算出します。M&Aで株式譲渡した場合に仲介会社を起用していれば、その際に支払った手数料は必要経費です。

非上場株式では、相続や贈与などの過程を経ていると株式の取得費用が判明しないケースもあるため、その場合は譲渡価額の5%を取得費用として算出します。

非上場株式の譲渡所得税計算例

譲渡価額が1,000万円、必要経費が200万円だった前提で具体的な計算例を示します。

  • 譲渡益は、1,000万円−200万円=800万円
  • 譲渡所得税は、800万円×0.20315=162万5,200円

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3. 相続した株式の取得費を算出する方法

ここでは、相続で取得した株式の取得費を計算する方法を説明します。

取得費は被相続人の取得価額

株式の取得費用は、株式を保有していた被相続人が購入した取得価額です。相続により取得した株式を、相続開始日の翌日から相続税申告書提出期限の翌日以後3年以内に譲渡した場合、納付した相続税の一部を取得費に加算するのも可能です。これを取得費加算の特例と呼びます。

一般に、株式の取得費は、株式を取得したときに支払った払込代金や購入代金です。例えば、100万円で購入していると100万円が株式の取得費です。

しかし、株式を譲渡によって取得したのではなく、相続により取得した場合、被相続人がその株式を取得したときの取得費を引き継ぐでしょう。ただし、株式を取得した時期が古いなどの事情により、取得費がわからないケースもよくあります。

そうしたケースでは、譲渡価額の5%相当額を取得費にできると規定されており、その場合の呼称は「概算取得費」です。仮に実際の取得費が売却金額の5%相当額を下回る場合も、同様の取扱いができます。

取得費を算出する方法

株式の取得費は取得原価+購入時の手数料などで計算します。株式の取得費は、株式を取得した際に支払った購入対価と購入代金で計算するのが原則です。購入時の手数料には、購入時の名義書換料といったその株式を取得するのに必要となった費用に加えて、消費税も含まれます。

なお、被相続人の取得原価がわからず、取得費がわからなくなっているケースでは、前述した概算取得費を用いましょう。

取得費を調査する手段

上場株式の取得費がわからないケースでは、通常、譲渡所得を計算できません。こうしたケースでは以下のような手順で、取得費の根拠となる書類を探します。

  • 「取引報告書」で確認してみる
  • 証券会社の「顧客勘定元帳」で取得費を調査してもらう(過去10年以内に購入したものであれば取引した証券会社などで確認可能)
  • 相続人の日記、手帳、預金通帳などから取得価額を探す(取得時期がわかればOK)
  • 株式の名義書換日を調査し取得の時期を確認し、その時期の相場に基づいて取得費を算定する

不明な場合の取得費は譲渡対価✕5%

上で説明したような手順で調査しても、株式の取得費が判明しないケースも少なくありません。こうした場合には「譲渡対価×5%」を取得費とします。これは、実際の取得費が判明しているにもかかわらず、その取得費が「譲渡対価×5%」を下回るケースでも適用可能です。

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4. 株式譲渡の税金と確定申告の必要条件

給与以外の所得が20万円を超えている場合、確定申告を行わなければなりません。株式譲渡の際、所得が20万円を超えないケースはまれなので、株式譲渡を行ったときは、ほとんどの人が確定申告をする必要があると言えるでしょう。

譲渡損であれば確定申告に節税効果あり

上場株式を売却して譲渡損が発生していれば、分離課税制度をうまく利用して確定申告すると、所得額を減らせるので節税効果があります。

具体的には、特定口座で発生した譲渡損を、他の特定口座で得た配当益や譲渡益と一緒に申告すると、損失と利益を相殺できて所得額を下げられるでしょう。このとき、損失が残ってしまうケースでは、繰越欠損制度を利用できます。

この制度を活用すれば、欠損金を翌年以降3年間引き継げるので、確定申告をすれば損失を繰り越せるでしょう。つまり、繰り越した損失を将来の譲渡益や配当益と相殺できます。なお、上場株式と一般株式(非上場株式)の損益通算はできません。

上場株式の配当所得の取り扱い

上場株式の配当所得は、総合課税と分離課税の選択が可能です。総合課税を選んだ場合は、配当控除といった特例を得られます。しかし、株式譲渡の譲渡損との損益通算はできません。累進税率なので、所得の合計額で税率が決まります。

一方、分離課税を選択すれば譲渡損との損益通算ができる代わりに、配当控除は受けられません。税率は20.315%(2022年3月現在)で固定です。

総合課税の現在の累進税率から考えると、年間所得695万円以上(税率23%)、または株式譲渡の譲渡損があるケースでは、配当所得は分離課税で申告した方が節税できます。

株式譲渡で確定申告が不要となるケース

以下のケースでは、株式譲渡の確定申告が不要です。

  • 1年間の通算で譲渡損状態の場合
  • 上場株式取引用の特定口座で「源泉徴収あり」を選択している場合
  • NISA口座での取引で譲渡益が出ている場合

年間通算の譲渡所得が赤字であれば課税を受けないので確定申告の必要はありません。しかし、赤字でも確定申告しておけば3年間、赤字を繰り越して譲渡益と損益通算できるので、確定申告しておいた方がよいでしょう。

特定口座で「源泉徴収あり」であれば証券会社側で源泉徴収されるので、確定申告は不要です。NISA口座の取引は非課税と決まっているので、やはり確定申告はいりません。

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5. 株式譲渡にかかる税金の種類と納付時期

個人の株主が株式を譲渡すると、譲渡益に対して譲渡所得税が課されます。譲渡所得税における税金の内訳は、所得税、住民税、復興特別所得税(2022年3月現在)です。以下で所得税、住民税、復興特別所得税を解説します。

所得税

所得には10種類あり、それぞれの所得で税金の計算方法が違います。株式譲渡で得た所得の税金は譲渡所得税です。譲渡所得税は総合課税になる場合と分離課税になる場合がありますが、株式は分離課税となります。

これは、株式の場合は短期的に大きな利益が出る可能性があるので、総合課税で税金の負担が過剰に大きくなるのを防ぐためです。株式譲渡で譲渡益が出ると、国税として15%の所得税が課税されます。なお、総合課税の場合、所得税は5%から45%の累進課税です。

所得税と復興特別所得税は、翌年の3月15日までに確定申告を行って納税します。一方、法人が株主の場合は、譲渡益に対して法人税が課税され、その場合の税率は約31%(2022年3月現在)です。

株式譲渡を時価で行う場合、買い手が個人でも法人でも、買い手には税金が課せられません。株式譲渡が外部者の場合は、基本的に時価での取引となるので問題ありません。

しかし、中小企業の同族会社では、親族間で株式を時価よりも安く譲渡したり、無償で譲渡(=贈与)したりするケースがあります。その場合、同族会社の親族に贈与税が課税されたり、譲渡所得ではなく給与所得や一時所得とみなされたりするので注意しましょう。

親族が経営する会社間で株式譲渡を行った際は、同族会社間での税負担が大きくなる場合もあります。

住民税

株式譲渡では、所得税の他にも地方税として住民税が課税されます。総合課税の場合、住民税は10%ですが、株式譲渡は分離課税のため5%で、住民税は総合課税よりも分離課税が優遇されています。

所得税の15%と住民税の5%を合わせると20%です。しかし、総合課税の場合、課税される所得税が695万円未満であると税率が20%なので、所得が695万円を超えていると総合課税よりも分離課税にメリットがあります。

確定申告の際に所得税は納税しますが、住民税の納付は別です。確定申告を行った年の4月〜5月頃に住民税の納付書が送られてくるので、一括または4分割で納税します。住民税は納付期限を過ぎると延滞税が追徴課税されるので注意が必要です。

復興特別所得税について

2013(平成25)年から2037年までの間、東日本大震災の復興財源に充てる目的で、所得税と住民税の他に復興特別所得税が課税されています。復興特別所得税は、所得税に対して2.1%の税率です。株式の譲渡所得税率が15%なので、実質税率0.315%です。

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6. 株式譲渡の税金に関する注意点

株式譲渡では、上場企業か非上場企業かによって税務に違いがあります。第三者との株式譲渡か、親族間での株式譲渡かによって税金が変わるため、それらの注意点を見ていきましょう。

株式譲渡の際は過去の申告の適正性に注意

買い手は株式譲渡で株式を取得した際に、売り手側が過去に過少申告や過大申告をしていないか注意する必要があります。申告ミスなどによる過少申告を放置すると、申告漏れが発覚して追徴課税を支払わなければならないかもしれません。

修正申告は、買い手側が行う必要があるため注意が必要です。

繰越欠損金に注意

繰越欠損金を目的に赤字会社を株式譲渡などのM&Aによって買収する場合は、注意しましょう。M&Aで会社の50%を超える株式を取得した後、一定の条件に該当すると、繰越欠損金の通算ができません

条件はいくつかありますが、M&Aによって取得した目的が明らかに繰越欠損金である場合は、繰越欠損金の通算は認められなくなっています。

損益通算ができない点に注意

株式譲渡の損失は、2016(平成28)年以降、上場株式と非上場株式間で損益通算できなくなりました。非上場株式同士の損益通算は、単年であれば可能です。上場株式であれば3年間の損失繰り越しが可能ですが、非上場株式は損失の繰り越しができません。

同族会社の中小企業は株式譲渡価額に注意

株式譲渡を行う株式が上場株式であれば、株価は市場で公開されている価額を用います。非上場株式を株式譲渡する場合でも、売買当事者が第三者である場合は、最終的に合意に至った譲渡価額が時価とみなされるケースがほとんどなので問題ありません。

しかし、株式譲渡を同族会社の親族間で行う場合、株価譲渡価額と時価の差額によっては、時価における株式譲渡の場合とは違う税金が発生する場合があります。

同族会社で親族間の株式譲渡を行う場合は、交渉や契約手続きがしっかりと行われないまま進むケースも少なくありません。後日、親族や同族会社に想定外の税金が発生したり、同族会社内でトラブルが起きたりしないためにも、専門家に依頼して対策を取りましょう。

相続税とみなされる場合に注意

株式譲渡では、譲渡所得に税金が生じるので、基本的には売り手に税金が課されます。しかし、親族へ株式譲渡する際は、相続とみなされるのか気を付けなければなりません。相続とみなされると、買い手も取得額に10~55%の相続税が課されるからです。

株式を時価の2分の1未満の額で譲渡する際は、買い手に時価との差額に対する贈与税が生じ、無償で譲渡するケースでも同じことです。買い手にも税金が生じるのかどうか、前もって専門家に確認するようにしましょう。

確定申告の必要書類

個人が株式譲渡を行って得た所得を確定申告する場合、確定申告書作成のために以下の書類を手元に用意する必要があります。

  • 源泉徴収票(給与所得、公的年金など)
  • 特定口座年間取引報告書(上場企業の株式取引を行っている場合)
  • 医療費に関する領収証(医療費控除を申告する場合)
  • 本人名義の金融機関の口座番号(還付金がある場合)

上場株式の取引にあたって一般口座しか解説していない場合は、年間の取引金額を自分で集計する必要が生じます。e-Taxでの電子申告を行わない場合は、確定申告書への押印のため認印も必要です。

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7. 株式譲渡の税金と節税方法

株式譲渡は課せられる税金も高額です。M&Aで株式譲渡を実施すると、ほかの手法に比べて税金を大幅に節税できるでしょう。

例えば、事業譲渡は31~35%程度の税金が課せられますが、株式譲渡を個人で行った場合は所得税・住民税・復興特別所得税を合わせた約20%の税金で済みます。

他にも株式を譲渡する対価の一部を退職金として受け取ると、節税が可能です。退職金は課せられる税金が通常の半分になるため、一部を退職金にすると節税が可能となります。ただし、節税となるのは条件を満たした場合のみであり注意が必要でしょう。

上場株式の売却で損失が生じた場合は、分離課税で確定申告をすれば節税ができます。損失が出た場合は翌年から3年間繰り越せるため、繰り越した損失を将来の譲渡益や配当益と相殺できるでしょう。

8. 株式譲渡の税金に関する特例制度

株式譲渡に課される税金には、2つの特例制度があります。内容を確認してみましょう。

取得費加算の特例

取得費加算の特例とは、譲渡した株式に対応している相続税額を取得費に加算できる制度です。取得費が増加すると譲渡所得は減少します。相続株式を譲渡するケースで、この取得費加算の特例が利用可能です。

取得費加算の特例は、上場株式・非上場株式のどちらでも利用できます。ただし、相続税の申告期限の翌日から3年以内に株式を譲渡する必要があり、確定申告も必要です。

事業承継税制

事業承継税制とは、中小企業の株式を後継者が相続や生前贈与などで承継した場合に、本来、支払わなければならない相続税や贈与税の納付を猶予する制度です。そして、猶予された税金は、将来的には、免除されるのが想定されています。

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9. 株式譲渡の税金に関する相談は専門家へ

株式譲渡は事業譲渡合併などのM&A手法に比べて手続きが簡便なため、中小企業で最も多く用いられるM&A手法です。しかし、非上場の中小企業が事業承継のために親族間で株式譲渡する場合などは、税務面が複雑になる場合があります。

親族間の株式譲渡では契約書をきちんと作成しなかったり、交渉をしっかりと行わなかったりするケースもあり、後々のトラブルにつながりかねません。そのようなトラブルを未然に防ぐためにも、M&AアドバイザーなどのM&A専門家に相談しましょう。

M&Aアドバイザーをお探しでしたら、M&A総合研究所にご連絡ください。M&A総合研究所には、豊富な知識と経験を持つM&Aアドバイザーが在籍しており、培ったノウハウを生かして案件をフルサポートします。

料金体系は、成約するまで完全無料の「完全成功報酬制」です(※譲渡企業様のみ。譲受企業様は中間金がかかります)。随時、無料相談を行っていますので、株式譲渡などのM&Aをご検討の際は、お気軽にお問い合わせください。

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10. 株式譲渡の税金まとめ

株式譲渡とは、株式を譲渡して経営権を引き継ぐM&A手法です。株式譲渡は事業譲渡などのM&A手法に比べて手続きが簡便なので、中小企業のM&Aでよく用いられます。個人の株主が株式譲渡で譲渡益を得たとき課税されるのが、譲渡所得税です。

譲渡所得税は分離課税なので、他の所得税と損益通算ができません。譲渡所得税の内訳は、所得税15%+復興特別所得税0.315%(2037年まで)+住民税5%、で合計20.315%です。

株式譲渡では、売り手側と買い手側が個人か法人か、時価に対して譲渡価額が低いか高いかによって税金が変わります。特に親族間での株式譲渡の場合、低廉譲渡や無償譲渡で税金が複雑になるので注意が必要です。

親族間での事業承継目的で株式譲渡を行う場合、契約書などの手続きをしっかりと行わなければ、後日、トラブルになるケースもあります。株式譲渡のトラブルを防ぎ極力、節税するためにも、事前にM&Aアドバイザーに相談しましょう。

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